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发布时间：2020-05-25 08:23

【摘要】：由于平台独立性和全球可访问性的不断提高,基于Web的信息系统的普及使得大量Web应用程序出现。本项目主要介绍并实现了一个用于搜索疾病、基因变异、药物之间关系的Web信息系统。我们使用Pharm GKB数据和CT数据库(Comparative Toxicogenomics Database)构建了一个基于Web应用的原型知识库,主要用于搜索疾病、基因变异和药物之间的关系。设计实现这一系统的主要目的是允许用户通过搜索疾病名称、药物名称或基因符号来方便地查询有关药物、疾病和基因关系的信息视图。本项目使用PHP-HTML脚本创建了具有10个数据表的My SQL数据库,相关数据从数据库中抽取并在Web界面上显示信息。其中,该关系以表格文本和网络这两种形式呈现。在表格中用于呈现关系的规则与在网络中使用的规则不同,主要体现在表格考虑了数据库中每个可用的搜索查询结果的展示方式,无论搜索结果与数据库中的另一项相关或不相关,均显示搜索结果。在智能可视化方面,Cytoscape Web插件使用了JQuery脚本文件进行网络演示。只有在搜索的对象与其他两个不同的查询实体相关的情况下才会展示网络,例如,搜索疾病时所展示的网络必须与药物和基因有关。本项目所建立的数据库包含了492380条疾病、变异基因和药物之间的关系。我们还利用igraph在R编程中进一步分析了可用数据,并使用Cytoscape软件进行可视化处理。使用随机网络模型,进行网络数据分析以链接药物,疾病和基因之间的关系。该方法可用于辅助疾病诊断、治疗和药物发现。网络特性表明,在大多数子网络中,节点的度大致遵循幂律分布。结果表明,如果基因在基因网络中占据重要的拓扑位置,其相关的药物和疾病分别在药物-药物网络和疾病-疾病网络中的作用起到关键作用。在今后的工作中,通过映射疾病本体,来自不同数据库的数据将大幅度增加,从而反映相关领域的新发展和进步。
【学位授予单位】：哈尔滨工业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2018
【分类号】：TP393.09

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本文编号：2679857