基于web端可视化RNA-seq数据分析平台的开发

发布时间：2017-05-29 11:10

  本文关键词：基于web端可视化RNA-seq数据分析平台的开发，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：随着高通量二代测序技术的发展,越来越多的物种和样本完成测序。基于高通量二代测序的转录组学研究也得到了巨大的飞跃,如何高效合理地处理分析这些指数级增长的海量RNA-seq数据则成为了生物研究的瓶颈。RNA-seq的分析软件和平台近几年已有了很多,但这里面存在着很多问题,另外对于产业化而言,随着个性化测序、云计算、大数据时代的到来,分析软件工具本身可能不是技术的难点.本研究编写了一个基于java语言统一格式编写的用户友好型本地平台,平台整合了RNA-seq中针对转录本各个分析流程中较为主流优质的软件,并把这一平台进一步开发迭代至web端,实现了方便、快捷、高效、可视化的云端RNA-seq分析流程。该web端RNA-seq分析平台进一步使得生物科学家在做转录组学测序分析研究的时候不再被冗杂的软件操作所束缚,帮助他们实现远程一站傻瓜式可视化的RNA-seq及其他测序数据分析,让他们把更多精力集中到解决生物学问题和挖掘生物学意义上去。
【关键词】：RNA-seq数据分析 web平台 可视化
【学位授予单位】：上海交通大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：Q811.4;TP393.09
【目录】：

• 摘要3-4
• ABSTRACT4-7
• 第一章 绪论7-20
• 1.1 高通量测序技术7-8
• 1.2 RNA-Seq技术8-11
• 1.3 RNA-seq数据分析平台研究进展11-19
• 1.4 研究目的与意义19-20
• 第二章 本地版RNA20-34
• 2.1 引言20
• 2.2 研究材料20-23
• 2.3 方法与内容23-32
• 2.4 结果与讨论32-34
• 第三章 Web端RNA34-51
• 3.1 引言34-35
• 3.2 研究材料35-36
• 3.3 方法与内容36-42
• 3.4 结果与讨论42
• 3.5 案例分析42-51
• 第四章 总结与展望51-54
• 4.1 总结51
• 4.2 市场应用51-53
• 4.3 后期展望53-54
• 参考文献54-59
• 谢辞59-60
• 在读期间取得的研究成果60-62

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