近海水体环境DNA沉降对沉积物中纤毛虫分子多样性评估的影响

发布时间：2024-12-26 03:00

　　 在陆架海区沉积物中, DNA高通量测序技术可检获大量浮游寡毛类和舞毛类等非底栖纤毛虫,这些源于水体的环境DNA(eDNA)如何影响对沉积物中纤毛虫分子多样性的评估,以及影响程度如何尚不明确。本研究选取了黄海冷水团中的两个站位,通过提取水体和沉积物中DNA和RNA,并采用直接提取法和洗脱法提取沉积物DNA,结合DNA和cDNA测序技术,探讨了水体和沉积物中纤毛虫分子多样性的关系。研究表明,基于洗脱DNA法、直接提取DNA法和cDNA法获得的沉积物中纤毛虫OTUs数分别为451、312和324个,其中211个OTUs同时由三种方法检获;而164个OTUs仅通过洗脱DNA法检获,其中89%为相对丰度低于0.1%的稀有类群。直接提取DNA法所获的寡毛类和舞毛类序列数占比达46%,而在洗脱DNA法和cDNA法中占比仅为12%和10%。沉积物中检获的43%—71%的舞毛类和寡毛类OTUs与浅层水(<40m)共有,仅19%—29%与深层水(>40m)共有,且这些共有的OTUs可同时在浅层水中检获。本研究发现,对沉积物中纤毛虫分子多样性评价造成影响的浮游类群主要来自浅层水,洗脱DNA与cD...

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【部分图文】：

图1 每个水层环境因子聚类分析(红色显示差异不显著:P>0.05)

42个测序样本共获取1160205条纤毛虫的序列,每个样本平均序列数为27624。其中,DY2.30序列数最低,为6683条;SRY2＿1序列数最高,为77604条。稀释性曲线显示:除SRY1＿3样本外,其他所有样本测序深度趋于饱和;较之海水样本,沉积物样本饱和性较低(图2)。为....

图2 水体和沉积物中纤毛虫DNA和cDNA测序样本稀释性曲线

图1每个水层环境因子聚类分析(红色显示差异不显著:P>0.05)2.3基于DNA和cDNA测序的水体中纤毛虫多样性和群落结构

图3 共有和特有OTUs数(括号内数字显示舞毛亚纲和寡毛亚纲纤毛虫OTUs数)

DNA和cDNA测序所检获的纤毛虫均隶属于7个纲(图5a)。两种方法均显示旋唇纲相对丰度和OTUs数最高,且主要由舞毛亚纲和寡毛亚纲构成。比较分析40m以浅和40m以深样本,DNA和cDNA测序所揭示的不同纲/亚纲相对丰度和丰富度的变化规律一致:从40m以浅到40m以深,舞毛亚纲....

图4 42个测序样本聚类分析和SIMPROF分析(红色虚线显示差异不显著,P>0.05)

图3共有和特有OTUs数(括号内数字显示舞毛亚纲和寡毛亚纲纤毛虫OTUs数)2.4基于直接提取DNA、洗脱DNA和cDNA测序的沉积物中纤毛虫多样性和群落结构

本文编号：4020426