分子动力学模拟别构抑制剂Efavirenz对HIV-1逆转录酶的作用

发布时间：2017-12-17 03:18

  本文关键词：分子动力学模拟别构抑制剂Efavirenz对HIV-1逆转录酶的作用

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【摘要】：为了理解非核苷类逆转录酶抑制剂(NNRTIs)与HIV-1逆转录酶(RT)的相互作用机制,利用新力场ff12SB对未结合和结合Efavirenz(EFV)逆转录酶的三种RT大分子体系分别进行了100 ns的长时间动力学模拟。通过分析EFV对RT结构的影响、不同残基柔性和不同体系构象的动力学行为等,发现EFV的结合会导致RT结构变化,从而影响RT的活性;证实了EFV的"分子楔"作用;还发现EFV的结合不但引起"拇指关节炎",而且引起轻度"手指关节炎";整个模拟过程中没有出现不同构象间的跃迁,但是无别构分子时的RT张开构象表现出明显的闭合倾向。这些结果有助于理解NNRTIs的抑制机制和RT构象变化的动力学性质。另外,还比较分析了模拟方法对计算结果的影响,对大分子体系的动力学模拟具有重要借鉴意义。
【作者单位】： 山东师范大学物理与电子科学学院;
【基金】：国家自然科学基金(11274206)资助项目~~
【分类号】：O641.3
【正文快照】： 1引言逆转录酶(RT)在I型人体免疫缺陷病毒(HIV-1)复制过程中,可以催化病毒RNA基因组使之逆转录为双链DNA病毒前体,因此是发明抗艾滋病(anti-AIDS)新药的一个重要靶酶1。目前,以RT为靶治疗艾滋病的药物中,非核苷类RT抑制剂(NNRTIs)被认为是一类具有前景的特效药2-4。NNRTIs也称

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