乙酰胆碱酯酶AChE与1,7-二氮杂咔唑抑制剂的作用机理的分子动力学模拟

发布时间：2018-06-17 00:47

  本文选题：阿尔茨海默症 + 乙酰胆碱酯酶　； 参考：《无机化学学报》2017年11期

【摘要】：通过分子对接、分子动力学(MD)模拟以及成键自由能分析方法,从原子水平上模拟研究了3种1,7-二氮杂咔唑衍生物(分别记为M1、M2和M3)与ACh E的结合模式及相互作用机理,分析和讨论了研究体系的静电相互作用和范德华相互作用(vd W)。用MM-PBSA方法计算的3种抑制剂与ACh E之间的结合自由能与抑制剂的实验生物活性数据(IC50值)相对应。分析结果表明,残基S286与抑制剂之间形成的氢键作用有利于抑制剂与ACh E之间的结合。范德华相互作用,尤其是抑制剂与关键残基W279和Y334的作用,对抑制剂与ACh E之间的结合自由能有较大的贡献,在区分抑制剂M1(或M2)和M3的生物活性上发挥着重要的作用。
[Abstract]:By means of molecular docking, molecular dynamics (MDD) simulation and bond free energy analysis, the binding modes and interaction mechanisms of three derivatives (M _ 1M _ 2 and M _ 3) with ach were simulated at atomic level. The electrostatic interaction and van der Waals interaction are analyzed and discussed. The binding free energy between the three inhibitors and ache calculated by the MM-PBSA method corresponds to the experimental bioactivity data (IC50) of the inhibitors. The results show that the hydrogen bond between S286 residue and inhibitor is favorable to the binding between the inhibitor and ache. Van der Waals interaction, especially the interaction of inhibitors with key residues W279 and Y334, contributes greatly to the binding free energy between inhibitors and ach, and plays an important role in distinguishing the biological activities of inhibitors M1 (or M2) and M3.
【作者单位】： 南京工业大学化工学院材料化学工程国家重点实验室;
【基金】：国家自然科学基金(No.21276122);国家自然科学基金重大研究计划培育项目(No.91434109)资助
【分类号】：O626;TQ460.1

【相似文献】

相关期刊论文 前10条

1 ;Preparation of AChE Inhibitors From Jujubogenin[J];Chinese Chemical Letters;2000年08期

2 CHEN ZhenZhen;REN XiangLing;TANG FangQiong;;Optical detection of acetylcholine esterase based on CdTe quantum dots[J];Chinese Science Bulletin;2013年21期

3 赵立峰,丁晓琴,丁俊杰,陈冀胜;梭曼与乙酰胆碱酯酶(AChE)受体的对接研究[J];计算机与应用化学;2005年02期

4 徐英武,王存新,施蕴渝;环孢霉素A分子的随机动力学模拟[J];中国科学(B辑 化学 生命科学 地学);1993年07期

5 王慧娟;陈成;邓联文;江建军;;硅晶体中点缺陷结合过程的分子动力学模拟[J];材料科学与工程学报;2007年02期

6 David Chicheong Wan;;Design,synthesis characterization and in vitro biological activity of a series of 3-aryl-6-(bromoarylmethyl)-7H-thiazolo[3,2-b]-1,2,4-triazin-7-one derivatives as the novel acetylcholinesterase inhibitors[J];Chinese Chemical Letters;2012年07期

7 赵慧霞;马云霞;杨晓峰;;分子动力学模拟的计算及应用[J];硅谷;2012年04期

8 孙炜;陈中;黄素逸;;外电场作用下柔性模型水的分子动力学模拟(英文)[J];Journal of Shanghai University;2006年03期

9 邓平晔;张冬海;田亚峻;陈运法;丁辉;;自组装的分子动力学模拟[J];化学进展;2007年09期

10 张翠娟;程岳山;;二氧化硅表面稠密的二氧化碳分子动力学模拟[J];计算机与应用化学;2007年09期

相关会议论文 前10条

1 ;Synthesis and Biological Evaluation of 3,6-Diaryl-7H-thiazolo[3,2-b][1,2,4]triazin-7-one Derivatives as Acetylcholinesterase Inhibitors[A];有机合成创新—产业化的新动力——中国化学会全国第三届有机合成化学与过程学术讨论会论文摘要集[C];2010年

2 言天英;高学平;Gregory A．Voth;;分子动力学模拟离子液体的结构与动力学性质[A];中国化学会第九届全国量子化学学术会议暨庆祝徐光宪教授从教六十年论文摘要集[C];2005年

3 黄世萍;;分子筛中烷烃的甲基旋转动力学:分子动力学模拟研究[A];中国化学会第26届学术年会理论化学方法和应用分会场论文集[C];2008年

4 田国才;华一新;;分子动力学模拟研究离子液体中水分子的光谱和动力学[A];中国化学会第26届学术年会理论化学方法和应用分会场论文集[C];2008年

5 张辉;李全伟;李英;李志强;;泡沫液膜的分子动力学模拟及泡沫析液机制的研究[A];中国化学会第十二届胶体与界面化学会议论文摘要集[C];2009年

6 李慎敏;;利用伞形抽样技术的量子-经典混合法动力学模拟[A];中国化学会第九届全国量子化学学术会议暨庆祝徐光宪教授从教六十年论文摘要集[C];2005年

7 李非;袁俊生;李栋婵;李申予;;浓度对氯化钙水化作用影响的分子动力学模拟[A];中国化学会成立80周年第十六届全国化学热力学和热分析学术会议论文集[C];2012年

8 杜利凯;兰峥岗;;非绝热面跳跃动力学模拟[A];中国化学会第29届学术年会摘要集——第15分会：理论化学方法和应用[C];2014年

9 陈文多;陈继忠;安立佳;;微流体环境下受限大分子的动力学模拟研究[A];中国化学会第27届学术年会第07分会场摘要集[C];2010年

10 窦强;付海英;吴国忠;;石墨表面上离子液体扩散性质的分子动力学模拟[A];中国化学会第27届学术年会第14分会场摘要集[C];2010年

相关博士学位论文 前10条

1 牛余珍;基于增强采样分子动力学模拟的蛋白质和小分子相互作用热力学和动力学研究[D];兰州大学;2017年

2 于华;蛋白质—肽相互作用的分子动力学模拟研究[D];浙江大学;2015年

3 张仕通;层状复合金属氢氧化物理论模拟分子力场的建立及其结构拓扑转变研究[D];北京化工大学;2015年

4 刘金峰;发展和应用分块的量子化学方法进行生物大分子性质计算和动力学模拟[D];华东师范大学;2016年

5 冯伟;聚合物单晶纳米力学性质的受控分子动力学模拟研究[D];吉林大学;2017年

6 裴汉文;纤毛状表面材料浸润性的分子动力学模拟研究[D];吉林大学;2017年

7 王莹;基于分子动力学模拟的两种重要蛋白结构与功能研究[D];上海交通大学;2012年

8 薛峤;分子动力学模拟在生物大分子体系中的应用[D];吉林大学;2014年

9 徐钰;几类重要蛋白质的分子动力学模拟研究[D];吉林大学;2012年

10 杨华;高分子体系共混和结晶及正庚烷层在石墨表面熔化的分子动力学模拟[D];吉林大学;2005年

相关硕士学位论文 前10条

1 田姗;脱氧鸭嘴花酮碱衍生物的合成及对AChE、BuChE抑制活性研究[D];西北农林科技大学;2016年

2 段可可;黄酮类化合物Mannich碱衍生物的合成及其AChE抑制活性的研究[D];湖南大学;2014年

3 胡立梅;蛋白质在材料表面吸附的分子动力学模拟[D];山东大学;2015年

4 赵智博;两种与癌症相关的酶的结构与活性的分子模拟研究[D];哈尔滨工业大学;2015年

5 谌庄琳;双壁碳纳米管通水阻盐性能的分子动力学模拟[D];大连理工大学;2015年

6 张一明;微波加热水溶液及化学反应的分子动力学模拟研究[D];电子科技大学;2014年

7 刘晓光;分子动力学模拟研究1,4-二氢吡啶衍生物对钙离子通道的抑制机理[D];吉林大学;2016年

8 吕鹏飞;腰果酚系列阴—非离子表面活性剂的分子动力学模拟[D];东北石油大学;2016年

9 代倩;氯化物盐水溶液微观结构特征的动力学模拟[D];湖南大学;2015年

10 张燕;云母表面润湿性的分子动力学模拟[D];大连理工大学;2016年

，

本文编号：2028815