应用ABEEMσπ/MM方法探究不同类型有机小分子及苏氨酸二肽分子稳定构象

发布时间：2021-01-26 00:56

　　探究分子的稳定构象可以为其热力学动力学性质的研究提供理论指导。构象分析对于生物体系的计算模拟具有重要意义,而对于分子力场方法计算精度进行校准和各类体系的参数构建,是本文的主要研究工作,主要分为两部分。（一）选取具有不同化学性质的17个有机小分子（包括烷烃、烯烃、醚、醇、醛、胺、酸等）作为研究对象,对其进行稳定构象快速搜寻。应用Gaussian09软件,采用高水平B3LYP/6-311++G（d,p）方法,对能反映出不同分子结构特性的两个二面角进行势能面扫描,并对获取的稳定构象结构优化。以从头算获得的稳定构象相关性质为基准,采用ABEEMσπ/MM浮动电荷极化力场、AMOEBA极化力场、OPLS/AA、AMBER99sb、CHARMM27固定电荷力场同样对分子进行构象搜寻,通过结构参数的比较,ABEEMσπ/MM力场与从头算方法计算结果有很好的一致性,可以准确找到所有构象,优化得到的有机小分子的骨架二面角与从头算的平均绝对偏差MAD（mean absolute deviation）是所采用的不同力场中最小的,与高水平从头算数据拟合一致性最佳。（二）以极性氨基酸苏氨酸二肽作为模型分子,因其... 

【文章来源】：辽宁师范大学辽宁省

【文章页数】：75 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

乙烷构象典例Fig.1.1Typicalconformationsoftheethanemolecule

图 1.2 乙烷能量走势图Fig. 1.2 The energy curve of the ethane molecule.1 中典型构象对比，可观察到在交叉式中，乙烷的两端甲基上的存在，该状态下两个氢原子离得最远，相互作用最弱，能量最低在，这些结构存在于图 1.2 位能最低点附近。重叠式略有差异，位置相邻，相互对应，氢原子距离最短，恰好与交叉式对立，该稳定，易发生构象转化。丁烷，任意两个C-C单键均可旋转，由此可获得多种无规律可循于说明，本文未考虑两端的碳原子形成的C-C单键旋转情况，只转动获得的构象，示于如图1.3。

对于正丁烷，任意两个C-C单键均可旋转，由此可获得多种无规律可循的构象排布方式。为便于说明，本文未考虑两端的碳原子形成的C-C单键旋转情况，只研究链中碳原子C-C单键转动获得的构象，示于如图1.3。图1.3 正丁烷构象典例Fig. 1.3 Typical conformations of u-butane


本文编号：3000195