电场及电解质溶液作用下蛋白质分子动力学行为研究

发布时间：2021-08-23 16:42

　　蛋白质是机体生命活动的主要物质承担者,在生物体中具有营养存储、收缩运动、防御、识别、催化、运输和调节等功能。近年来对蛋白质的研究日益成熟并获得了一些很有意义的成果,但由于常规的实验方法对蛋白质样品本身的性质有严格的要求,尤其无法真实反映蛋白质在活体内的演变过程。随着计算机技术和大规模超大规模并行运算的发展,越来越多的科学家开始利用计算机模拟的手段来研究蛋白质体系。计算机模拟成为继实验和理论后科学研究的第三种方法并获得了广泛应用。本文首先概述了本课题的背景以及研究现状,然后对动力学模拟的理论基础、模拟方法、模拟软件、模拟步骤以及常见的模拟结果表征方法作一介绍。最后,采用分子动力学模拟的方法,对蛋白质体系进行研究。主要研究内容包括:（1）通过施加不同强度和不同方向的静电场,模拟研究蛋白质在电场影响下的动力学行为。结果表明蛋白质的均方根偏差和回转半径值都在电场强度足够大时发生跃变,然后稳定在某一数值,且结构转变需要的时间即特征时间随电场强度的增加而减少;蛋白质沿电场方向的电偶极矩随电场强度的增加而增加,垂直电场强度方向的电偶极矩减小,表明内部蛋白质带电氨基酸的分布存在明显的取向;蛋白质分子内... 

【文章来源】：中国计量大学浙江省

【文章页数】：57 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

蛋白质的结构层次

中国计量大学硕士学位论文据库每年可增加亿个碱基序列，数据库更是以每 14 个月翻一番的是通过 XRD 技术和 NMR 技术得到的蛋白质三维结构数据库依然止 2018 年，蛋白质数据库[8]Protein Data Bank （PDB）积累的蛋 13 万，如图 1.2 所示，这使得蛋白质三级结构的预测成为蛋白质题。

中国计量大学硕士学位论文适用范围。力场函数和参数的选取及优化主要和量子力学计算结果进行拟合。目前模拟工作类，第一类包括 AMBER，CHARMM，OPLS力场，这些精度能达到要求但是计算效率低F，COMPASS 等，这些力场使用高阶项或交叉。在本课题的研究中我们选取了 CHARMM 力

【参考文献】：
期刊论文
[1]二次通用旋转设计优化电场处理高粱种子萌发条件[J]. 张作伟,杜慧玲.  山西农业科学. 2018(01)
[2]专题:软物质研究进展[J]. 欧阳钟灿,刘向阳.  物理学报. 2016(17)
[3]不同处理方式对鹰嘴豆分离蛋白乳化性质的影响[J]. 顾楠,张子沛,吴锦波,赵国华.  食品工业科技. 2011(12)
[4]蛋白质提纯的研究进展[J]. 蒋梅,杨仕标,王秀琼,赵俊,张念祖.  黑龙江畜牧兽医. 2008(03)
[5]电场处理小麦种子对幼苗生长抗盐性的影响[J]. 吕剑刚,杨体强,苏恩光,邓一兵,那日.  内蒙古大学学报(自然科学版). 2001(06)



本文编号：3358226