大豆基因组和转录组的核基因密码子使用偏好性分析.pdf全文

  本文关键词：大豆基因组和转录组的核基因密码子使用偏好性分析，由笔耕文化传播整理发布。

作物学报ACTAAGRONOMICASINICA 2011，37 6 ：965-974 ISSN TSHPA9 0496-3490；CODEN DoI：10．3724，SP．J．1006．2011．00965 大豆基因组和转录组的核基因密码子使用偏好性分析 张 乐1 金龙国1 罗 玲1 王跃平1 董志敏1 孙守红2 邱丽娟1，+ 1国家农作物基因资源与遗传改良重大科学T程，农、Ik部作物种质资源利用重点开放实验室，中国农业科学院作物科学研究所，北 京100081；2中国科学院遗传与发育研究所，北京100101 摘 要：研究大豆核基因密码子的使用模式，，探讨影响其密码子组成和编码特点的因素，为运用基因工程技术提高 改良大豆提供理论依据。以大豆基因组的46430个高置信编码基因和2071条大豆全长转录本序列为数据来源，应 用CodonW软件对大豆全基因组密码子组成、同义密码子使用频率和全长转录组编码区密码子使用各项参数的计算 和统计分析发现，基因的表达水平与编码区G+C和GC3s含量均呈极显著正相关，且G+C和GC3s含量越高的基因 密码子使用偏好性越高，并确定了UCC和GCC为大豆最优密码子。编码区长度分组分析表明，密码子使用偏好性 随编码区长度的增加而降低，编码区较长的基因则趋向于随机使用密码子，且在转录组数据范围内，编码区长度介 于400～600 bp的基因表达水平最高。大豆叶片和种子中特异表达基因的密码子使用偏好性和基因表达水平较为接近， 但种子特异表达基因的G+C和GC3s含量均显著高于叶片特异表达基因，而其芳香族氨基酸含量则极显著低于叶片 特异表达基因。 关键词：大豆；基因组；转录组；密码子 ofNuclearGeneCodonBiason Genomeand Analysis Soybean ZHANG Lel，JINLong―Gu01，LUOLin91，WANGYue．Pin91，DONGZhi―Minl，SUNShou―Hon92，andQIU Li―Juanl，+ 1 and of National for GeneResourcesGenetic Laboratoryof Utilization，M

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