中国春小麦肌醇磷脂依赖的磷脂酶C基因的全基因组鉴定及表达分析
发布时间：2021-11-28 10:05
【目的】探知小麦基因组序列中肌醇磷脂依赖的磷脂酶C（PLC）的编码基因,解析小麦中PLC基因的结构与进化特征,揭示Ta PLC基因在小麦各组织中的表达模式及其响应盐胁迫和干旱胁迫过程中的表达规律,以便深入分析小麦Ta PLC基因调节小麦应答盐或干旱胁迫中的生理作用。【方法】基于Ensembl Plants全基因组数据库,以水稻和拟南芥PLC基因为参考序列,检索小麦Ta PLC基因家族（http://plants.ensembl.org/index.html）,并利用在线蛋白结构分析工具（Pfam、CDD和SMART）对TaPLC基因进行结构分析和鉴定;运用ExPASy（http://cn.expasy.org/tools）分析Ta PLC基因的分子和生化特征;使用Wo LF PSORT（https://www.genscript.com/wolf-psort.html）预测Ta PLC基因的亚细胞定位;运用MEGA 7.0软件进行系统进化树分析;并利用实时荧光定量PCR分析Ta PLC基因在不同组织以及幼苗期在盐或干旱胁迫下的表达特征。【结果】在小麦基因组中鉴定了11个Ta PLC基因...
【文章来源】：中国农业科学. 2020,53(24)北大核心CSCD
【文章页数】：68 页
【部分图文】：
小麦TaPLC蛋白质的功能结构域分析
为了进一步了解TaPLC基因的发育关系，分析比较TaPLC基因的DNA序列和氨基酸序列的结构，及其外显子-内含子结构。发现同一组的基因（如TaPLC2A/TaPLC2B/TaPLC2D）彼此之间不仅核酸序列和氨基酸序列相似性都达到98%以上（电子附表1），而且外显子-内含子结构也具有高度同一性（图3),表明小麦TaPLC基因每组的部分同源基因是经历了基因复制而形成的。TaPLC2组的3个基因均有8个外显子和7个内含子，其他组的基因均有9个外显子和8个内含子，与目前发现的其他植物的PLC基因有着相似的剪接方式。图3 TaPLC基因的系统发育关系、基因结构和基序
图2 PLC基因家族蛋白的系统发育分析利用MEME，在Ta PLC基因家族中找到了14个不同的motif（图3-C）。亲缘关系较近的成员具有相似的motif组合。Ta PLC基因共同具有10个motif,Ta PLC1A/Ta PLC1D特有motif 13,Ta PLC3A/Ta PLC3B/TaPLC3D特有motif 12,Ta PLC4A/TaPLC4B/TaPLC4D特有motif 13。14个motif的图示和序列在电子附表3和电子附图2中列出。
【参考文献】：
期刊论文
[1]Plant abiotic stress response and nutrient use efficiency[J]. Zhizhong Gong,Liming Xiong,Huazhong Shi,Shuhua Yang,Luis R.Herrera-Estrella,Guohua Xu,Dai-Yin Chao,Jingrui Li,Peng-Yun Wang,Feng Qin,Jigang Li,Yanglin Ding,Yiting Shi,Yu Wang,Yongqing Yang,Yan Guo,Jian-Kang Zhu. Science China（Life Sciences）. 2020(05)
[2]干旱和高盐胁迫下钙离子依赖核酸酶基因CDD对银腺杨84K生长发育的影响[J]. 江成,周厚君,赵岩秋,何辉,楚立威,宋学勤,卢孟柱. 林业科学. 2019(02)
[3]表观遗传调控植物响应非生物胁迫的研究进展[J]. 杜康兮,沈文辉,董爱武. 植物学报. 2018(05)
[4]播期、播量对旱作小麦‘小偃60’生长发育、产量及水分利用的影响[J]. 张明明,董宝娣,乔匀周,赵欢,刘孟雨,陈骎骎,杨红,郑鑫. 中国生态农业学报. 2016(08)
[5]GS旱地小麦新品种——洛旱7号[J]. 吴少辉,张学品,杨洪强,冯伟森. 中国农业科技导报. 2009(S2)
[6]DNA chip-based expression profile analysis indicates involvement of the phosphatidylinositol signaling pathway in multiple plant responses to hormone and abiotic treatments[J]. Wen Hui LIN, Rui YE, Hui MA, Zhi Hong XU, Hong Wei XUE National Laboratory of Plant Molecular Genetics, Institute of Plant Physiology and Ecology, Shanghai Institutes for Biological Sciences (SIBS), Chinese Academy of Sciences; and Partner Group of Max-Planck-Institute of Molecular Plant Physiology (MPI-MP) on "Plant Molecular Physiology and Signal Transduction", 300 Fenglin Road, 200032 Shanghai, China. Cell Research. 2004(01)
博士论文
[1]水稻磷脂酰肌醇特异性磷脂酶C4（OsPLC4）调节水稻渗透胁迫响应及生长发育[D]. 邓先俊.华中农业大学 2018
本文编号：3524227
【文章来源】：中国农业科学. 2020,53(24)北大核心CSCD
【文章页数】：68 页
【部分图文】：
小麦TaPLC蛋白质的功能结构域分析
为了进一步了解TaPLC基因的发育关系，分析比较TaPLC基因的DNA序列和氨基酸序列的结构，及其外显子-内含子结构。发现同一组的基因（如TaPLC2A/TaPLC2B/TaPLC2D）彼此之间不仅核酸序列和氨基酸序列相似性都达到98%以上（电子附表1），而且外显子-内含子结构也具有高度同一性（图3),表明小麦TaPLC基因每组的部分同源基因是经历了基因复制而形成的。TaPLC2组的3个基因均有8个外显子和7个内含子，其他组的基因均有9个外显子和8个内含子，与目前发现的其他植物的PLC基因有着相似的剪接方式。图3 TaPLC基因的系统发育关系、基因结构和基序
图2 PLC基因家族蛋白的系统发育分析利用MEME，在Ta PLC基因家族中找到了14个不同的motif（图3-C）。亲缘关系较近的成员具有相似的motif组合。Ta PLC基因共同具有10个motif,Ta PLC1A/Ta PLC1D特有motif 13,Ta PLC3A/Ta PLC3B/TaPLC3D特有motif 12,Ta PLC4A/TaPLC4B/TaPLC4D特有motif 13。14个motif的图示和序列在电子附表3和电子附图2中列出。
【参考文献】：
期刊论文
[1]Plant abiotic stress response and nutrient use efficiency[J]. Zhizhong Gong,Liming Xiong,Huazhong Shi,Shuhua Yang,Luis R.Herrera-Estrella,Guohua Xu,Dai-Yin Chao,Jingrui Li,Peng-Yun Wang,Feng Qin,Jigang Li,Yanglin Ding,Yiting Shi,Yu Wang,Yongqing Yang,Yan Guo,Jian-Kang Zhu. Science China（Life Sciences）. 2020(05)
[2]干旱和高盐胁迫下钙离子依赖核酸酶基因CDD对银腺杨84K生长发育的影响[J]. 江成,周厚君,赵岩秋,何辉,楚立威,宋学勤,卢孟柱. 林业科学. 2019(02)
[3]表观遗传调控植物响应非生物胁迫的研究进展[J]. 杜康兮,沈文辉,董爱武. 植物学报. 2018(05)
[4]播期、播量对旱作小麦‘小偃60’生长发育、产量及水分利用的影响[J]. 张明明,董宝娣,乔匀周,赵欢,刘孟雨,陈骎骎,杨红,郑鑫. 中国生态农业学报. 2016(08)
[5]GS旱地小麦新品种——洛旱7号[J]. 吴少辉,张学品,杨洪强,冯伟森. 中国农业科技导报. 2009(S2)
[6]DNA chip-based expression profile analysis indicates involvement of the phosphatidylinositol signaling pathway in multiple plant responses to hormone and abiotic treatments[J]. Wen Hui LIN, Rui YE, Hui MA, Zhi Hong XU, Hong Wei XUE National Laboratory of Plant Molecular Genetics, Institute of Plant Physiology and Ecology, Shanghai Institutes for Biological Sciences (SIBS), Chinese Academy of Sciences; and Partner Group of Max-Planck-Institute of Molecular Plant Physiology (MPI-MP) on "Plant Molecular Physiology and Signal Transduction", 300 Fenglin Road, 200032 Shanghai, China. Cell Research. 2004(01)
博士论文
[1]水稻磷脂酰肌醇特异性磷脂酶C4（OsPLC4）调节水稻渗透胁迫响应及生长发育[D]. 邓先俊.华中农业大学 2018
本文编号：3524227
本文链接：https://www.wllwen.com/kejilunwen/jiyingongcheng/3524227.html
最近更新
教材专著
