系统性红斑狼疮关键基因及通路的生物信息学分析

发布时间：2021-11-29 13:53

　　目的通过生物信息学方法探究系统性红斑狼疮患者的全血细胞差异表达基因及其相关信号通路,寻找潜在的系统性红斑狼疮特异性分子标志物。方法利用R语言软件校正、分析基因芯片GSE61635并筛选差异表达基因（DEGs）,利用一系列生物信息学大数据库分析DEGs并获得其GO富集分析和KEGG信号通路分析的结果。利用STRING数据库构建蛋白质互作网络,再将结果导入Cytoscape软件中筛选关键基因并绘制蛋白质互作网络图,并利用GSE72754芯片对关键基因进行验证。结果筛选获得了626个DEGs,其中表达上调的基因429个,表达下调的基因197个。GO富集分析显示,DEGs主要参与了细胞对Ⅰ型干扰素的反应、病毒基因组复制的负调控和Ⅰ型干扰素信号通路调节等生物学过程,KEGG信号通路分析主要包括了RIG-Ⅰ样受体信号通路、胞质DNA传感通路和单纯疱疹病毒感染通路。Degree算法分析获得了10个关键基因分别为OASL、OAS1、OAS2、OAS3、IFIT1、IFIT3、MX1、DDX58、RSAD2和IRF7,经验证证实上述关键基因在GSE72754芯片中表达仍明显上调。结论通过生物信息学分析获... 

【文章来源】：重庆医学. 2020,49(23)

【文章页数】：7 页

【部分图文】：

背景校正和归一化处理前后芯片数据值分布的箱体图

利用主成分分析使用正交变换法来对一系列可能相关的变量的观测值进行线性变换降维处理并绘制二维图显示两组整体数据之间存在显著性差异，见图2。初步筛选发现，GSE61635芯片共有626个表达改变明显的DEGs，含429个上调基因，197个下调基因，GSE61635芯片DEGs的火山图与聚类分析热图分别见图3、4。

初步筛选发现，GSE61635芯片共有626个表达改变明显的DEGs，含429个上调基因，197个下调基因，GSE61635芯片DEGs的火山图与聚类分析热图分别见图3、4。图4 DEGs的聚类分析热图

【参考文献】：
期刊论文
[1]基于高通量芯片和生物信息学筛选系统性红斑狼疮核心基因及通路[J]. 朱晴,蔡昕添,洪静,李南方.  新疆医学. 2019(07)



本文编号：3526624