EGFR、ALK、KIT及KRAS基因Panel体细胞突变高通量测序检测法室内质量控制的建立

发布时间：2021-12-02 08:19

　　目的:利用由295个靶基因所组成的高通量测序Panel,试建立适用于包括表皮生长因子受体（epidermal growth factor receptor,EGFR）、间变淋巴瘤激酶（anaplastic lymphoma kinase,ALK）、酪氨酸激酶受体（tyrosine kinase receptor,KIT）及大鼠肉瘤病毒癌基因（Kirsten rat sarcoma viral oncogene,KRAS）体细胞突变高通量测序法日常检测的室内质量控制体系。方法:选择EGFR、ALK、KIT和KRAS 4种基因7个突变类型的患者样本,按比例稀释成5.00%、2.50%突变频率的样本作为外部质控品,对其均一性、稳定性及特异性进行评价。结果:均一性评价结果显示质控品均一性良好,稳定性评价结果表明质控品检测结果随时间延长无明显趋势变化,且经变异分析均显示变异系数<10%。结论:临床检测突变样本型模式的阳性混合标本制备定量检测的5.00%和2.50%的两个质控品均一性、稳定性及特异性良好,可有效用于基于探针捕获的包括EGFR、ALK、KIT及KRAS基因Panel体细胞突变高... 

【文章来源】：肿瘤预防与治疗. 2020,33(10)

【文章页数】：9 页

【部分图文】：

基于捕获高通量测序技术检测流程

质控品在不同温度下的短期稳定性验证，分别在第0、1、2、3、4周取同样的检测量200 ng进行检测，评价结果见图5;质控品在-20℃长期稳定性验证，分别在第0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12月取同样的检测量200 ng进行检测，评价结果见图6。5.00%、2.50%突变率质控品在不同温度下检测结果无明显变化，且经变异分析均显示CV<10%，表明质控品随保存时间延长不存在趋势变化。因此，质控品5.00%和质控品2.50%在4℃和25℃条件下短期保存1个月是稳定的，在-20℃长期保存12个月也是稳定的。将5.00%、2.50%阳性质控品分别进行3 000×、2 000×、900×、700×、500×、400×、350×及200×不同深度的高通量测序，每个深度分别取3次，结果显示500×以上，质控品的突变率不会随着测序深度出现明显的变异，均能测出低突变标本，说明质控品稳定性较好(图7、8)。根据连续20次日常质控品检测结果绘制的Levey-Jennings质控图显示，5.00%、2.50%质控品分别计算出均值(x)为5.11%和2.68%，标准差(s)为0.13%和0.10%,CV为2.61%和3.99%，可根据其质控趋势判断质控品比较稳定(图9、10)。图3 5.00%质控品的室内质控日内重复性分析(N=10)

5.00%质控品的室内质控日内重复性分析(N=10)

【参考文献】：
期刊论文
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本文编号：3528065