甲胎蛋白高表达和低表达肝细胞肝癌的基因表达谱差异分析

发布时间：2021-12-09 02:02

　　目的探讨甲胎蛋白(AFP)高表达和低表达肝细胞肝癌(HCC)中的差异表达基因表达谱, 为HCC的分子机制研究及预后判断提供理论依据。方法从肿瘤基因图谱计划(TCGA)公共数据库获得368例包含完整临床信息的HCC转录组数据, 根据组织AFP mRNA表达四分位数将样本分为AFP高表达组和AFP低表达组, 每组各92例。应用R软件中的DEseq2包进行差异表达基因分析, 应用ClusterProfiler包对差异表达基因进行基因本体论(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析, 应用String数据库和Cytoscape软件构建蛋白相互作用网络, 筛选关键基因。采用单样本基因集富集分析方法, 通过R软件GSVA包对特征基因进行富集评分, 根据得分定义特征基因集表达情况。利用RNAseq数据和实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)进行独立数据集验证和组织验证。结果 TCGA数据分析显示, AFP高表达与HCC低分化、患者人种有关(均P<0.05)。生物信息学分析共获得1 382个差异表达基因, 其中931个基因在AFP高表达组织中表达上调, 451个基因表达下...

【文章来源】： 中华肿瘤杂志. 2020,42(05)北大核心CSCD

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本文编号：3529694