不同壳色菲律宾蛤仔转录组分析及壳色相关基因克隆与表达研究
发布时间：2021-12-11 14:17
菲律宾蛤仔（Ruditapes philippinarum）,是我国重要的海产经济贝类之一,壳色可以作为选择育种的一种重要指标,研究壳色的形成和表达机制对贝类的遗传育种有重要意义。本研究利用高通量测序技术分析了菲律宾蛤仔橙蛤,斑马蛤,白斑马蛤和白蛤外壳颜色多态性的相关基因。结果表明,共测序得到492,780,414 raw reads,通过过滤得到456,080,414 clean reads,组装成480,552,960转录本,注释在7种数据库中。选出18个与壳色相关基因进行荧光定量PCR验证,其中ptyr,mitf1,mitf2,mitf4,adc3和ras在黑色素合成通路中,证明黑色素的合成在贝壳色素沉着中起重要作用,与壳表面颜色的形成密切相关。橙蛤相比于其他壳色蛤仔,在卟啉和叶绿素代谢结合钙信号通路中有较多的差异基因,我们推测橙色的形成与卟啉和叶绿素代谢结合钙信号通路有关。同时利用高通量测序技术分析了菲律宾蛤仔稚贝壳色出现前后差异转录组,结果表明,共得到215,232,470个raw reads,过滤得到169,573,742个clean reads,拼接得到212,107,6...
【文章来源】：大连海洋大学辽宁省
【文章页数】：76 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
RNA完整性检测注：WZ:白斑马蛤；Z：斑马蛤；O：橙蛤；W：白蛤；M:DL2000DNAMarker.
7图 2. cDNA 建库原理图Figure 2. The schematic diagram of construction of cDNA库检验合格后，把不同壳色文库按照有效浓度及目标下机数据量ng 后使用 Illumina HiSeq 测序。对于无参考基因组的项目，获得 后，需要对 clean reads 进行拼接以获取后续分析的参考序列ty[40]对 clean reads 进行拼接。4 测序数据的生物信息学分析获得全面的基因功能信息，诺禾进行了七大数据库的基因功能注释t，Pfam，KOG/COG，Swiss-prot，KEGG，GO。
和代谢过程（图 3）。表 7. 四种壳色菲律宾蛤仔转录组基因注释结果Table 7. The result of gene annotation of four shell color R. philippinarum transcriptome基因注释数据库 注释数量 比例 (%)Annotated inNR 47622 11.77Annotated in NT 38734 9.57Annotated in KO 24342 6.01Annotated in SwissProt 48759 12.05Annotated in PFAM 57630 14.24Annotated in GO 58344 14.42Annotated in KOG 25146 6.21Annotated in all Databases 5410 1.33Annotated in at least oneDatabase92818 22.94Total Unigenes 404462 100
【参考文献】：
期刊论文
[1]低温对3种壳色菲律宾蛤仔幼贝耗氧率和排氨率的影响[J]. 胥贤,杨凤,朱恒涛,张云野,刘连会,张瑜,赵力强. 大连海洋大学学报. 2015(06)
[2]长尾草金鱼成熟期雌雄性腺RNA-Seq转录组分析[J]. 张升利,付成东,梁拥军,李文通,孙砚胜,史东杰,张欣. 水产科学. 2014(12)
[3]绵羊黑色素合成相关基因的研究进展[J]. 孟浩浩,许瑞霞,代蓉,李辉,李良远,万鹏程,石国庆. 生物技术通报. 2014(08)
[4]基于高通量测序的凡纳滨对虾的转录组分析[J]. 曾地刚,陈秀荔,谢达祥,赵永贞,杨春玲,马宁,李咏梅,陈晓汉. 基因组学与应用生物学. 2013(03)
[5]菲律宾蛤仔3种壳色群体低盐耐受能力的比较研究[J]. 丁鉴锋,王锐,闫喜武,赵立强,杨凤,王连顺. 大连海洋大学学报. 2013(03)
[6]藏羊刺鼠信号蛋白基因（Agouti）的多态性及不同颜色被毛皮肤组织中Agouti与小眼畸形相关转录因子基因（MITF）表达的定量分析[J]. 韩吉龙,岳耀敬,裴杰,郭婷婷,刘建斌,郭健,孙晓萍,冯瑞林,杨博辉. 农业生物技术学报. 2013(03)
[7]黏着斑激酶低表达黑色素细胞株的构建及其初步性质研究[J]. 兰燕,华子春. 药学学报. 2012(09)
[8]不同花纹文蛤外套膜的显微及亚显微结构的初步研究[J]. 张安国,李太武,苏秀榕,袁秀堂. 水产科学. 2011(03)
[9]菲律宾蛤仔两道红与白斑马品系的三元杂交[J]. 闫喜武,张跃环,孙焕强,霍忠明,孙欣,杨凤,张国范. 水产学报. 2010(08)
[10]烟酰胺对人皮肤黑素细胞黑素转运作用研究[J]. 帕它木·莫合买提,阿尔孜古丽·吐尔逊,热沙来提·阿不都瓦衣特,金锡鹏,沈光祖. 环境与健康杂志. 2009(08)
博士论文
[1]红鳍笛鲷皮肤转录组分析及体色相关基因克隆、表达与进化研究[D]. 张艳苹.湖南师范大学 2016
[2]转录组与蛋白质组联合分析影响鸡蛋蛋壳褐色的遗传因素[D]. 李光奇.中国农业大学 2015
本文编号：3534829
【文章来源】：大连海洋大学辽宁省
【文章页数】：76 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
RNA完整性检测注：WZ:白斑马蛤；Z：斑马蛤；O：橙蛤；W：白蛤；M:DL2000DNAMarker.
7图 2. cDNA 建库原理图Figure 2. The schematic diagram of construction of cDNA库检验合格后，把不同壳色文库按照有效浓度及目标下机数据量ng 后使用 Illumina HiSeq 测序。对于无参考基因组的项目，获得 后，需要对 clean reads 进行拼接以获取后续分析的参考序列ty[40]对 clean reads 进行拼接。4 测序数据的生物信息学分析获得全面的基因功能信息，诺禾进行了七大数据库的基因功能注释t，Pfam，KOG/COG，Swiss-prot，KEGG，GO。
和代谢过程（图 3）。表 7. 四种壳色菲律宾蛤仔转录组基因注释结果Table 7. The result of gene annotation of four shell color R. philippinarum transcriptome基因注释数据库 注释数量 比例 (%)Annotated inNR 47622 11.77Annotated in NT 38734 9.57Annotated in KO 24342 6.01Annotated in SwissProt 48759 12.05Annotated in PFAM 57630 14.24Annotated in GO 58344 14.42Annotated in KOG 25146 6.21Annotated in all Databases 5410 1.33Annotated in at least oneDatabase92818 22.94Total Unigenes 404462 100
【参考文献】：
期刊论文
[1]低温对3种壳色菲律宾蛤仔幼贝耗氧率和排氨率的影响[J]. 胥贤,杨凤,朱恒涛,张云野,刘连会,张瑜,赵力强. 大连海洋大学学报. 2015(06)
[2]长尾草金鱼成熟期雌雄性腺RNA-Seq转录组分析[J]. 张升利,付成东,梁拥军,李文通,孙砚胜,史东杰,张欣. 水产科学. 2014(12)
[3]绵羊黑色素合成相关基因的研究进展[J]. 孟浩浩,许瑞霞,代蓉,李辉,李良远,万鹏程,石国庆. 生物技术通报. 2014(08)
[4]基于高通量测序的凡纳滨对虾的转录组分析[J]. 曾地刚,陈秀荔,谢达祥,赵永贞,杨春玲,马宁,李咏梅,陈晓汉. 基因组学与应用生物学. 2013(03)
[5]菲律宾蛤仔3种壳色群体低盐耐受能力的比较研究[J]. 丁鉴锋,王锐,闫喜武,赵立强,杨凤,王连顺. 大连海洋大学学报. 2013(03)
[6]藏羊刺鼠信号蛋白基因（Agouti）的多态性及不同颜色被毛皮肤组织中Agouti与小眼畸形相关转录因子基因（MITF）表达的定量分析[J]. 韩吉龙,岳耀敬,裴杰,郭婷婷,刘建斌,郭健,孙晓萍,冯瑞林,杨博辉. 农业生物技术学报. 2013(03)
[7]黏着斑激酶低表达黑色素细胞株的构建及其初步性质研究[J]. 兰燕,华子春. 药学学报. 2012(09)
[8]不同花纹文蛤外套膜的显微及亚显微结构的初步研究[J]. 张安国,李太武,苏秀榕,袁秀堂. 水产科学. 2011(03)
[9]菲律宾蛤仔两道红与白斑马品系的三元杂交[J]. 闫喜武,张跃环,孙焕强,霍忠明,孙欣,杨凤,张国范. 水产学报. 2010(08)
[10]烟酰胺对人皮肤黑素细胞黑素转运作用研究[J]. 帕它木·莫合买提,阿尔孜古丽·吐尔逊,热沙来提·阿不都瓦衣特,金锡鹏,沈光祖. 环境与健康杂志. 2009(08)
博士论文
[1]红鳍笛鲷皮肤转录组分析及体色相关基因克隆、表达与进化研究[D]. 张艳苹.湖南师范大学 2016
[2]转录组与蛋白质组联合分析影响鸡蛋蛋壳褐色的遗传因素[D]. 李光奇.中国农业大学 2015
本文编号：3534829
本文链接：https://www.wllwen.com/kejilunwen/jiyingongcheng/3534829.html
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