基于转录组测序对LASP1调控的肝癌细胞基因及相关功能的分析
发布时间：2021-12-15 22:49
目的检测LASP1在肝癌细胞中导致的基因表达变化,为深入研究LASP1介导肝癌发生发展的分子机制提供更多生物学依据。方法构建LASP1的真核表达质粒并转染肝癌细胞Hep G2,建立过表达LASP1的肝癌细胞及相关的对照细胞。利用转录组测序技术检测2组细胞的基因表达谱。通过生物信息学方法比较2组细胞间的差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs）。通过GO、KEGG pathway和Wiki Pathway富集分析,探讨LASP1调控的DEGs参与的生物学过程及相关通路。通过STRING数据库构建DEGs编码蛋白的相互作用网络,寻找LASP1调控的潜在关键基因。结果与对照细胞相比,在过表达LASP1的肝癌细胞中筛选出410种DEGs。其中308种DEGs表达上调,102种DEGs表达下调。GO富集分析结果显示,DEGs与离子跨膜转运、阳离子转运等生物学过程有关。DEGs的KEGG pathway富集结果主要与化学致癌等有关,Wiki Pathway富集的结果与组蛋白修饰等有关。DEGs编码蛋白之间能够形成复杂的蛋白相互作用网络,并且HIST1H1...
【文章来源】：徐州医科大学学报. 2020,40(10)
【文章页数】：7 页
【部分图文】：
LASP1调控的DEGs的KEGG pathway和Wiki Pathway富集分析结果
我们将pc DNA-3.1-Flag-LASP1质粒和对照质粒转染Hep G2细胞，48 h后，获取细胞总蛋白。利用Flag标签抗体，通过Western blot检测，我们发现经pc DNA-3.1-Flag-LASP1质粒转染的Hpe G2细胞能够表达含Flag标签的LASP1蛋白(Flag-LASP1)，而转染对照质粒的Hep G2细胞没有目的蛋白的表达(图1B)。以上实验结果表明，过表达LASP1的Hep G2细胞模型(Hep G2-FlagLASP1)及相关对照的细胞模型(Hep G2-Flag)构建成功。2.2 DEGs分析
通过对上调的DEGs和下调的DEGs进行GO富集分析，我们发现，上调的DEGs与67种GO富集条目有关。其中，上调的DEGs参与的生物过程(BP)与离子跨膜转运(ion transmembrane transport)、阳离子转运(cation transport)、细胞阳离子稳态(cellular cation homeostasis)等有关;上调的DEGs主要位于核染色质(nuclear chromatin)、阳离子通道复合体(cation channel complex)、肌原纤维(myofibril)等细胞位置(CC);上调DEGs的分子功能(MF)与底物特异性通道活性(substrate-specific channel activity)、金属离子跨膜转运蛋白活性(metal ion transmembrane transporter activity)和阳离子通道活性(cation channel activity)等有关。下调的DEGs与24种GO富集条目有关。其中，下调的DEGs参与的生物过程与横纹肌细胞分化(striated muscle cell differentiation)、天然免疫反应调节(regulation of innate immune response)、机械刺激感觉(sensory perception of mechanical stimulus)等有关;下调的DEGs主要位于氯通道络合物(chloride channel complex)上;下调DEGs的分子功能与阴离子通道活性(anion channel activity)、氯跨膜转运蛋白活性(chloride transmembrane transporter activity)、类固醇硫转移酶活性(steroid sulfotransferase activity)等有关。见图3。2.4 KEGG pathway和Wiki Pathway富集分析
【参考文献】：
期刊论文
[1]Liver cancer incidence and mortality in China: Temporal trends and projections to 2030[J]. Rongshou Zheng,Chunfeng Qu,Siwei Zhang,Hongmei Zeng,Kexin Sun,Xiuying Gu,Changfa Xia,Zhixun Yang,He Li,Wenqiang Wei,Wanqing Chen,Jie He. Chinese Journal of Cancer Research. 2018(06)
本文编号：3537284
【文章来源】：徐州医科大学学报. 2020,40(10)
【文章页数】：7 页
【部分图文】：
LASP1调控的DEGs的KEGG pathway和Wiki Pathway富集分析结果
我们将pc DNA-3.1-Flag-LASP1质粒和对照质粒转染Hep G2细胞，48 h后，获取细胞总蛋白。利用Flag标签抗体，通过Western blot检测，我们发现经pc DNA-3.1-Flag-LASP1质粒转染的Hpe G2细胞能够表达含Flag标签的LASP1蛋白(Flag-LASP1)，而转染对照质粒的Hep G2细胞没有目的蛋白的表达(图1B)。以上实验结果表明，过表达LASP1的Hep G2细胞模型(Hep G2-FlagLASP1)及相关对照的细胞模型(Hep G2-Flag)构建成功。2.2 DEGs分析
通过对上调的DEGs和下调的DEGs进行GO富集分析，我们发现，上调的DEGs与67种GO富集条目有关。其中，上调的DEGs参与的生物过程(BP)与离子跨膜转运(ion transmembrane transport)、阳离子转运(cation transport)、细胞阳离子稳态(cellular cation homeostasis)等有关;上调的DEGs主要位于核染色质(nuclear chromatin)、阳离子通道复合体(cation channel complex)、肌原纤维(myofibril)等细胞位置(CC);上调DEGs的分子功能(MF)与底物特异性通道活性(substrate-specific channel activity)、金属离子跨膜转运蛋白活性(metal ion transmembrane transporter activity)和阳离子通道活性(cation channel activity)等有关。下调的DEGs与24种GO富集条目有关。其中，下调的DEGs参与的生物过程与横纹肌细胞分化(striated muscle cell differentiation)、天然免疫反应调节(regulation of innate immune response)、机械刺激感觉(sensory perception of mechanical stimulus)等有关;下调的DEGs主要位于氯通道络合物(chloride channel complex)上;下调DEGs的分子功能与阴离子通道活性(anion channel activity)、氯跨膜转运蛋白活性(chloride transmembrane transporter activity)、类固醇硫转移酶活性(steroid sulfotransferase activity)等有关。见图3。2.4 KEGG pathway和Wiki Pathway富集分析
【参考文献】：
期刊论文
[1]Liver cancer incidence and mortality in China: Temporal trends and projections to 2030[J]. Rongshou Zheng,Chunfeng Qu,Siwei Zhang,Hongmei Zeng,Kexin Sun,Xiuying Gu,Changfa Xia,Zhixun Yang,He Li,Wenqiang Wei,Wanqing Chen,Jie He. Chinese Journal of Cancer Research. 2018(06)
本文编号：3537284
本文链接：https://www.wllwen.com/kejilunwen/jiyingongcheng/3537284.html
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