使用随机突变碱基序列模拟脊索动物TF4基因内含子的演化

发布时间：2021-12-15 20:28

　　内含子序列的进化在过去几十年中引起了研究者们广泛的兴趣,“内含子早现假说（introns-early theory）”和“内含子晚现假说（introns-late theory）”是解释内含子的进化机制提出的两种相反的假设,两种假说至今仍在争论之中。面对不同生物内含子序列形成的系统进化树非常低的统计支持值,常规的系统进化方法无法得知内含子的进化模式,所以需要新的方法来研究。序列模拟是研究进化的一种重要手段,在本研究中我们设计了两种进化模型,即突变与缺失（MD,Mutation and Deletion）模型和突变与插入（MI,Mutation and Insertion）模型生成模拟序列来模拟内含子的进化,研究得出的主要结果如下:（1）以14条来自不同目（order）的脊索动物TF4（Transcription factor-like protein 4）基因的内含子序列为研究对象,构建ML（maximum likelihood）系统发育树并计算出内含子序列的五个特征值(TS_ML:ML进化树拓扑分值=28,L_MSA:多序列比对的长度=2139... 

【文章来源】：江苏大学江苏省

【文章页数】：73 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

TF4基因内含子序列的ML进化树

江苏大学硕士学位论文程序退出。需要说明的是祖先序列内含子主要是以“GT”作为开头，以“AG”作为结尾；该模型进行碱基的突变与缺失不涉及祖先序列的前两个碱基和后两个碱基。

使用随机突变碱基序列模拟脊索动物TF4基因内含子序列的演化20图2.3MI模型构建的流程图Figure2.3FlowchartofMImodelconstruction


本文编号：3537094