基于生物信息学筛选肝细胞癌关键基因及信号通路

发布时间：2021-12-18 13:57

　　目的采用生物信息学方法分析肝细胞癌（HCC）基因表达特征,探索HCC发生、发展机制。方法由GEO数据库获取30个HCC组织样本（HCC组）及22个非HCC肝组织样本（对照组）的基因表达谱数据。应用基因集富集分析（GSEA）处理基因表达谱数据;使用GENECODIS软件对差异表达基因进行功能注释;应用Cytoscape软件对差异基因进行相互作用网络分析,筛选核心基因。结果 334个基因集在HCC组表型中表达上调,主要涉及细胞周期调控、RNA代谢、m RNA稳定性调控等生物过程;152个基因集在对照组表型中富集,主要涉及外源性物质代谢、细胞间信号传导等生物过程。通过Cytoscape软件进行相互作用网络分析筛选出HCC组核心基因6个,对照组核心基因5个。结论细胞周期调控、遗传物质代谢等基因的异常表达参与了HCC的发生与发展;HCC细胞的物质、能量代谢等生理功能减退。 

【文章来源】：临床医学研究与实践. 2020,5(34)

【文章页数】：4 页

【部分图文】：

HCC组上调基因形成的相互作用网络

图1 HCC组上调基因形成的相互作用网络HCC组表达上调基因的GO BP功能注释结果显示，微管的相关运动、胞浆运动两个生物过程可能参与了肿瘤的发生，为探索HCC的发生机制提供了一个研究方向。对照组表达上调的基因，均为参与正常肝细胞生理功能的基因。而在肿瘤细胞中上调表达的多为参与细胞增殖的基因，其正常生理功能有所下降或丧失。对这些基因调控机制的研究有助于阐明肝细胞恶变的分子机制。


本文编号：3542537