鸭疫里默氏菌插入序列的鉴定和分布及对外排泵基因acrB的影响

发布时间：2021-12-31 20:53

　　鸭疫里默氏菌（Riemerella anatipestifer,RA）是黄杆菌科的革兰阴性菌,在世界范围内发生和流行,给养鸭业带来了巨大的经济损失。而抗生素作为预防和治疗的有效手段却因临床上的广泛应用出现了非常强的多重耐药性。插入序列（Insertion sequence,IS）是一种广泛存在于细菌基因组的移动遗传因子,通过不同的转座机制在基因组内或基因组之间进行水平移动从而诱导耐药、毒力和代谢等多类基因的突变、缺失、倒位。本研究通过生物信息学手段分析了28株鸭疫里默氏菌基因组的IS数量、分布及其对基因组的影响,最后通过构建缺失株和表型实验来验证IS对细菌耐药性的影响。本研究的主要结果如下:1.鸭疫里默氏菌草图基因组的重新拼接和菌株RCAD0133的重测序以菌株RA-CH-1为参考序列对18株草图基因组进行拼接得到新的基因组用于插入序列的预测。同时采用第三代SMRT测序技术对菌株RCAD0133进行重测序,结果表明菌株RCAD0133基因组由一条环状的染色体组成,全长2,509,140 bp,平均GC含量为34.85%。2.鸭疫里默氏菌插入序列的数量、分类及对基因组影响28株鸭疫里默氏... 

【文章来源】：四川农业大学四川省 211工程院校

【文章页数】：77 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

鸭疫里默氏菌草图基因组拼接结果

11表2.2过滤后的测序数据统计结果Table2.2FilteredsequencingdatastatisticsSubreads_numTotal_baselength（bp）Subreads_N50Mean_subreads_length(bp)134,7961,462,044,9482,509,14010,846注：Subreads_num:过滤后剩余subreads的数量；Total_baselength(bp):过滤后剩余subreads的总碱基数；Subreads_N50:对过滤后剩余subreads计算N50所得值；Mean_subreads_length(bp):过滤后剩余subreads的平均碱基个数。Note:Subreads_num:Thenumberofsubreadsremainingafterfiltering;Total_baselength(bp):Thetotalnumberofbasesremaininginthesubreadsafterfiltering;Subreads_N50:CalculatethevalueofN50fortheremainingsubreadsafterfiltering;Mean_subreads_length(bp):AverageoftheremainingsubreadsafterfilteringThenumberofbases.图2.2过滤后的测序subreads长度分布图Fig.2.2Filteredsequencingsubreadslengthdistribution3.4RCAD0133生物信息学分析测序结果表明，RCAD0133菌株基因组由一条环状的染色体组成（图2.3），全长2,509,140bp，平均GC含量为34.85％。在基因组中共预测到2480个CDS，CDS总长2.260,647bp，占全基因组序列的90.09％，每个基因平均长度为923bp。基因的平均长度为838bp。此外，基因组包含9个rRNA，40个tRNA基因以及4个ncRNA。

12图2.3RCAD0133基因组圈图Fig.2.3GenomiccirclediagramofRCAD0133注：最外面一圈为基因组大小的标示，每个刻度为5Kb；第二圈和第三圈分别为基因组正链和负链上的gene，不同颜色代表不同的COG功能分类；第四圈为重复序列；第五圈为tRNA和rRNA，蓝色为tRNA，紫色是rRNA；第六圈为GC含量，浅黄色部分表示该区域GC含量高于基因组的平均GC含量，峰值越高则与平均GC含量差异越大，蓝色部分则表示该区域GC含量低于基因组的平均GC含量；最内圈是GC-skew，深灰色代表G含量大于C的区域，红色代表C含量大于G的区域。Note:Theoutermostcircleisthesizeofthegenome,eachscaleis5Kb;thesecondandthirdcirclesarethegenesonthepositiveandnegativestrandsofthegenome,respectively,thedifferentcolorsrepresentdifferentCOGfunctionalclassification;thefourthcircleFortherepeatsequence;thefifthcircleistRNAandrRNA,theblueistRNA,thepurpleisrRNA;thesixthcircleistheGCcontent,andthelightyellowpartindicatesthattheGCcontentoftheregionishigherthantheaverageGCcontentofthegenome,andthehigherthepeakistheaverageThegreaterthedifferenceinGCcontent,thebluepartindicatesthattheGCcontentinthisregionislowerthantheaverageGCcontentofthegenome;theinnermostcircleisGC-skew,thedarkgrayrepresentstheregionwhereGcontentisgreaterthanC,andtheredcolorrepresentstheregionwhereCcontentisgreaterthanG.4讨论随着高通量测序的普及，细菌的全基因组测序（WGS）越来越普遍，目前NCBI数据库中已经公布了大量鸭疫里默氏基因组数据[63]。然而，大多数的基因组为草图基因组，它们存在不同数量的重叠群，且这些重叠群片段大多为插入序列、r

【参考文献】：
期刊论文
[1]细菌插入序列中的转座酶和转座机制[J]. 张孟思,朱德康,汪铭书.  中国生物化学与分子生物学报. 2018(10)



本文编号：3560958