人类肝癌细胞系与正常肝细胞系中的组蛋白修饰与基因表达的分析

发布时间：2022-01-03 21:16

　　肝细胞癌（hepatocellular carcinoma）简称HCC,是死亡率较高的一种癌症,已有研究报道发现组蛋白修饰的改变与HCC紧密相关,所以探究组蛋白修饰在HCC中的发病机制,找到与HCC发病相关的靶标基因,可以为HCC的诊断治疗提供理论依据。本文以肝癌细胞系（HepG2）和正常肝细胞系（hepatocyte）为研究对象。首先,从全基因集、高低表达基因集、致癌抑癌基因集、差异高低表达基因集和差异高低表达的致癌抑癌基因集这5种类型的基因集上对这两种细胞系在启动子（promoter）区域上的组蛋白修饰的信号强度和基因的表达水平做了计算和分析。结果表明在这些基因集上,具有激活基因表达的组蛋白修饰在HepG2细胞中比hepatocyte细胞中修饰信号强,表达水平高的基因比表达水平低的基因上的修饰信号强。其次,我们对不同的组蛋白修饰与基因表达间,以及不同的组蛋白修饰间的相关性做了分析。发现在高低表达的致癌抑癌基因集上组蛋白修饰与表达间的相关性更强,高低表达基因上的组蛋白修饰间的相关性也更强。最后,我们挑选差异高低表达的致癌抑癌基因集作为与HCC相关的基因,计算了这些基因在promote... 

【文章来源】：内蒙古大学内蒙古自治区 211工程院校

【文章页数】：56 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

基因的分层筛选流程图

图 3.1 全基因集上的组蛋白修饰的信号分布Figure 3.1 The distribution of histone modification signals in whole-genome.3.2 组蛋白修饰在高低表达基因集上的修饰情况3.2.1 高低表达基因集的选取为了研究在不同表达水平的基因上的组蛋白修饰的特征，我们将所有基因划分为高表达的基因（highly expressed genes，HEGs）和低表达的基因（lowly expressed genes，LEGs）进一步研究。首先我们将两种细胞系的 RNA-seq 数据转化为可视化的 bed 格式，然后根据公式（2-1）分别计算两种细胞系上每个基因的表达 RPKM 值，将 hepatocyte 和 HepG2 细胞中的RPKM 值以降序的方式排序，将 RPKM 值排前百分之十的基因作为 HEGs，RPKM 值为零的全部基因作为 LEGs，这样我们在 hepatocyte 细胞中得到 1915 个 HEGs 和 2922 个 LEGs，HepG2 细胞中得到 1915 个 HEGs 和 5352 个 LEGs。

图 3.2 正常细胞与癌症细胞中高低表达基因的组蛋白修饰的信号分布re 3.2 The distribution of histone modification signals for highly and lowly expressed geneand cancer cells.我们计算了 HEGs 和 LEGs 在 promoter 区域 80 个 bins 的组蛋白修饰的信了进一步说明这些基因上的组蛋白修饰在 promoter 区域的总的修饰水平 LEGs 在 promoter 区域 80 个 bins 内的组蛋白修饰的信号iHMS 取平均值，这修饰在 promoter 区域就得到了一个总的修饰信号，然后对两种细胞进行了看出，在 hepatocyte 细胞中组蛋白修饰明显在 HEGs 中比 LEGs 中修饰信H3K4me2 和 H3K27ac；而在 LEGs 比 HEGs 中修饰信号强的只有 H3K胞中，HEGs 上比 LEGs 上修饰信号强的组蛋白修饰包括 H3K9ac、He3、H3K4me3、H3K79me2 和 H3K4me2；在 LEGs 中比 HEGs 中修饰信e3 和 H3K9me3。比较发现在两种细胞中 H3K9ac、H3K27ac 和 H3K4me2 都


本文编号：3566994