葡萄泛素结合酶E2基因家族全基因组鉴定及功能结构分析

发布时间：2022-01-13 17:43

　　葡萄（Vitis vinifera）是我国,也是世界上广泛栽培的具有重要经济价值的果树。葡萄在生长过程中容易遭受各种非生物胁迫,如炎热、干旱、寒冷、高盐等。此外,葡萄果实成熟过程受到诸多因素调控,并且其成熟过程对葡萄及葡萄酒品质至关重要。泛素化是真核生物中一种普遍存在的蛋白质修饰途径。泛素结合酶E2是泛素化过程中的一个重要参与者,其典型特征是含有UBC结构域。本研究在葡萄全基因组（PN40024）测序完成的基础上,对泛素结合酶E2基因家族进行了全基因组鉴定与功能结构分析,并对其在葡萄果实成熟过程中及非生物胁迫下的表达模式进行了探究,以期为研究泛素结合酶E2在葡萄生长发育中的功能奠定基础,主要研究成果如下:1、通过BLAST比对,结合HMM模型检索及保守结构域鉴定,在葡萄的全基因组数据库中鉴定出43个泛素结合酶E2基因家族成员。将葡萄与番茄中的E2基因家族成员构建进化树,依据进化树将葡萄中的泛素结合酶E2分为5个亚家族,并根据进化树上的位置关系将葡萄E2家族命名为VvUBC1a–VvUBC52。2、根据UBC结构域之外有无蛋白延长,将VvUBCs分为四类:Class I只包含UBC结构域... 

【文章来源】：中国科学院大学(中国科学院武汉植物园)湖北省

【文章页数】：73 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

乙烯的生物合成及信号转导图解（Gapperetal.,2013）

第 2 章 葡萄泛素结合酶 E2 基因家族鉴定及生物信息学分析交到 Pfam 和 NCBI-CDD 数据库验证，最终 43 个基因符合 HMUBC 结构域，被确定为葡萄泛素结合酶 E2 基因家族成员。这的 41 条（Kraft et al., 2005）、水稻的 37 条（Zhiguo et al., 20152 条（Wang et al., 2014）、玉米的 75 条（Dengwei et al., 2015）到基因 ID、每个基因在染色体上的位置、蛋白及基因序列长度 1.1。萄泛素结合酶 E2 基因的进化树构建与命名

不同的亚家族之间用不同的颜色区分。不同颜色的矩形代表了一个 motif 的图例见附图 2。Figure 2.3 The conserved motifs analysis of 43 VvUBC members. group was indicated by different color. Different motif was represented by b

【参考文献】：
期刊论文
[1]园艺作物基因组测序研究进展[J]. 倪晓鹏,高志红.  江苏农业科学. 2016(02)
[2]生长素合成途径的研究进展[J]. 王家利,刘冬成,郭小丽,张爱民.  植物学报. 2012(03)



本文编号：3586870