葡萄LIM家族基因特征及表达模式分析

发布时间：2022-01-23 19:16

　　为了明确LIM家族基因在葡萄非生物胁迫下的表达特性,在生物信息分析的基础上,以‘黑比诺’葡萄（Vitis vinifera‘Pinot Noir’）试管苗为试验材料,利用q RT-PCR技术检测了不同逆境处理对葡萄LIM家族基因成员表达的影响。结果显示,葡萄LIM基因家族有14个成员,可分为4个亚族,各亚族编码蛋白氨基酸数量差异较大,但亚族内差异较小;分析葡萄基因和拟南芥基因间的选择压发现,二者存在钝化选择关系;多序列比对发现,该家族基因成员含有1或2个锌指结构的保守结构域;保守基序分析结果表明,所有基因均包含motif2;基因结构显示Vv LIM含有4～15个外显子;14个基因中有11个编码蛋白存在互作关系。该家族基因存在大量的光诱导元件和水杨酸等逆境胁迫相关元件。基因芯片表达数据表明,高表达的基因主要存在生长旺盛的组织中。q RT-PCR分析发现,Vv LIM1在100 mmol·L^-1NaCl、10%PEG和50 mg·L^-1 SA胁迫下表达量与对照相比显著上调,且随处理时间的延长表达量显著增加。 

【文章来源】：园艺学报. 2020,47(07)北大核心CSCD

【文章页数】：12 页

【部分图文】：

LIM家族7个物种进化分析

保守基序分析发现，各亚族基因编码蛋白间各基序高度相似（图2）。在所有编码蛋白中均含有motif2。在C端，共存在两种保守基序，分别为motif1和motif9；其中motif1含有C-20X-C-2X-C-2X-C-3X的保守结构域，该结构域为锌指结构，从而提高了C端的保守性。而在N端，共有3种motif2、motif9和motif10；因motif10含有大量保守氨基酸，从而提高N端的保守性。另外，从该基因家族中可看出，当C端具有锌指结构时，N端的保守性会相对降低，但序列整体的保守性差异不大，这是该家族基因的一个重要特征。2.6多序列比对分析

对LIM基因家族蛋白序列进行蛋白互作预测分析，发现该家族14个基因中有11个基因编码蛋白与其他基因编码蛋白之间可能存在互作。其中，VvLIM8与VvLIM1、VvLIM3、VvLIM7、VvLIM9和VvLIM12之间存在蛋白互作关系；VvLIM6和VvLIM14存在蛋白互作关系。2.9基因芯片表达数据分析

【参考文献】：
期刊论文
[1]葡萄砧木杂种的耐碱性鉴定[J]. 张星,张剑侠.  中外葡萄与葡萄酒. 2019(03)
[2]葡萄Trihelix转录因子家族生物信息及其基因表达分析[J]. 卢世雄,王萍,何红红,梁国平,马宗桓,乔亚丽,吴玉霞,陈佰鸿,毛娟.  园艺学报. 2019(07)
[3]葡萄SnRK2家族基因的鉴定与表达分析[J]. 马宗桓,毛娟,李文芳,杨世茂,吴金红,陈佰鸿.  园艺学报. 2016(10)
[4]棉花LIM蛋白基因家族的进化及表达特征分析[J]. 杨洋,李波,胡文冉,张经博,范玲.  植物生理学报. 2015(12)
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本文编号：3604998