药用蒲公英低温和高温胁迫下内参基因筛选与相关基因表达分析
发布时间：2022-01-23 20:54
为研究不同温度胁迫下药用蒲公英最适内参基因与温度响应相关基因的表达,分别以低温（4℃）和高温（38℃）胁迫0、3、6、12、24和48 h共12个处理的叶片为材料,选取10个候选内参基因18S、EF1α、TUB、40S、GAPDH、β-actin、ACT11、TUA、60S和SKIP,利用RT-qPCR技术以及geNorm、NormFinder和BestKeeper软件评价其稳定性。利用筛选出的最适内参基因对药用蒲公英12个温度响应基因（AP2/ERF、Dof、ICE1、MYB、b ZIP、NTL6、HSF、Gols、HSP、NAC、XCT和WRKY）的表达水平进行定量分析。结果显示:温度胁迫下药用蒲公英最适内参基因为18S和GAPDH;药用蒲公英AP2/ERF、HSF、Glos、HSP、NAC、XCT基因在低温和高温胁迫下均为先上调后下调表达,bZIP、NTL6在温度胁迫下波动变化,Dof、ICE1、MYB在低温胁迫下先上调后下调表达,高温胁迫下持续下调表达,WRKY在高温胁迫下表达量远远高于低温胁迫。依据基因表达量推测,药用蒲公英低温和高温胁迫的响应机制存在差异,AP2/ERF、D...
【文章来源】：园艺学报. 2020,47(06)北大核心CSCD
【文章页数】：12 页
【部分图文】：
药用蒲公英RNA(A）和候选内参基因琼脂糖电泳图谱（B)
CT值是反映基因表达丰度的重要参数。对各处理10个候选内参基因的CT值进行统计（图2),10个基因CT值在17～38之间，18S和GAPDH的CT比较小，其基因表达丰度高，ACT11、TUA、60S、SKIP的CT比较大，基因表达丰度低，EF1α、TUB、40S、β-actin的CT处于中间范围。简单从CT值可以看出18S在不同胁迫时期表达较为稳定，且表达较高，可以作为内参基因。2.3 药用蒲公英温度胁迫下候选内参基因的表达稳定性
geNorm软件V值（配对变异值，Pairwise variation value）可以确定筛选内参基因的数量，M值（表达稳定值，Expression stability）可以判断基因稳定性，M值越小越稳定。由图3,A可知，配对变异值V2/3小于0.15，所以2个基因作为温度胁迫下内参基因组合便可满足要求。由图3,B可知，M值以18S和GAPDH最小，稳定性最好，因此选择18S和GAPDH组合作为药用蒲公英温度胁迫下内参基因。2.3.2 NormFinder
【参考文献】：
期刊论文
[1]核桃不定根发生阶段内参基因筛选与关键基因表达分析[J]. 宋晓波,常英英,刘昊,徐慧敏,裴东. 园艺学报. 2019(10)
[2]西南鸢尾花色变异实时定量PCR内参基因的筛选与验证[J]. 马璐琳,崔光芬,王祥宁,贾文杰,段青,杜文文,王继华,陈发棣. 核农学报. 2019(09)
[3]银杏实时荧光定量PCR分析中内参基因的选择与验证[J]. 苏西娅,石元豹,杨晓明,汪贵斌,曹福亮. 植物生理学报. 2019(06)
[4]零上低温胁迫对药蒲公英亚显微结构和生理特性的影响[J]. 乔永刚,王勇飞,陈亮,崔芬芬,曹亚萍,宋芸. 草地学报. 2018(06)
[5]作物耐热生理基础与基因发掘研究进展[J]. 吴昊,李燕敏,谢传晓. 作物杂志. 2018(05)
[6]朱顶红实时荧光定量PCR中不同组织器官内参基因的筛选[J]. 刘晓婷,王顺利,薛璟祺,薛玉前,吕英民,张秀新. 园艺学报. 2018(05)
[7]蔬菜作物应答非生物逆境胁迫的分子生物学研究进展[J]. 郭仰东,张磊,李双桃,曹芸运,齐传东,王晋芳. 中国农业科学. 2018(06)
[8]干旱、高盐及低温胁迫下植物生理及转录因子的应答调控[J]. 王冰,程宪国. 植物营养与肥料学报. 2017(06)
[9]模拟增温下短花针茅实时荧光定量内参基因的筛选及验证[J]. 高金玉,郭慧琴,曹路,韩冰. 草地学报. 2017(05)
[10]药用植物有效成分生物合成途径解析及其应用[J]. 马莹,郭娟,毛亚平,曾雯,詹志来,孟繁蕴,黄璐琦. 中华中医药杂志. 2017(05)
博士论文
[1]大豆苗期干旱和高温胁迫应答机制研究及关键转录因子的筛选[D]. 王利彬.东北农业大学 2018
[2]甘蓝型油菜低温诱导的转录组和蛋白组分析[D]. 杜春芳.华中农业大学 2016
[3]利用基因芯片技术发掘小麦内参基因及抗赤霉病相关基因[D]. 龙翔宇.四川农业大学 2011
硕士论文
[1]基于实时荧光定量PCR的忍冬内参基因筛选[D]. 刘霞宇.山西农业大学 2017
[2]近30年华北地区夏季极端高温天气事件及其影响机理研究[D]. 李小锋.兰州大学 2015
[3]拟南芥温度胁迫和红光响应基因XCT表观遗传机理探究[D]. 王玉晗.山东农业大学 2014
[4]盐碱胁迫对蒲公英种子萌发及幼苗生长影响的研究[D]. 张晓晖.新疆农业大学 2012
本文编号：3605133
【文章来源】：园艺学报. 2020,47(06)北大核心CSCD
【文章页数】：12 页
【部分图文】：
药用蒲公英RNA(A）和候选内参基因琼脂糖电泳图谱（B)
CT值是反映基因表达丰度的重要参数。对各处理10个候选内参基因的CT值进行统计（图2),10个基因CT值在17～38之间，18S和GAPDH的CT比较小，其基因表达丰度高，ACT11、TUA、60S、SKIP的CT比较大，基因表达丰度低，EF1α、TUB、40S、β-actin的CT处于中间范围。简单从CT值可以看出18S在不同胁迫时期表达较为稳定，且表达较高，可以作为内参基因。2.3 药用蒲公英温度胁迫下候选内参基因的表达稳定性
geNorm软件V值（配对变异值，Pairwise variation value）可以确定筛选内参基因的数量，M值（表达稳定值，Expression stability）可以判断基因稳定性，M值越小越稳定。由图3,A可知，配对变异值V2/3小于0.15，所以2个基因作为温度胁迫下内参基因组合便可满足要求。由图3,B可知，M值以18S和GAPDH最小，稳定性最好，因此选择18S和GAPDH组合作为药用蒲公英温度胁迫下内参基因。2.3.2 NormFinder
【参考文献】：
期刊论文
[1]核桃不定根发生阶段内参基因筛选与关键基因表达分析[J]. 宋晓波,常英英,刘昊,徐慧敏,裴东. 园艺学报. 2019(10)
[2]西南鸢尾花色变异实时定量PCR内参基因的筛选与验证[J]. 马璐琳,崔光芬,王祥宁,贾文杰,段青,杜文文,王继华,陈发棣. 核农学报. 2019(09)
[3]银杏实时荧光定量PCR分析中内参基因的选择与验证[J]. 苏西娅,石元豹,杨晓明,汪贵斌,曹福亮. 植物生理学报. 2019(06)
[4]零上低温胁迫对药蒲公英亚显微结构和生理特性的影响[J]. 乔永刚,王勇飞,陈亮,崔芬芬,曹亚萍,宋芸. 草地学报. 2018(06)
[5]作物耐热生理基础与基因发掘研究进展[J]. 吴昊,李燕敏,谢传晓. 作物杂志. 2018(05)
[6]朱顶红实时荧光定量PCR中不同组织器官内参基因的筛选[J]. 刘晓婷,王顺利,薛璟祺,薛玉前,吕英民,张秀新. 园艺学报. 2018(05)
[7]蔬菜作物应答非生物逆境胁迫的分子生物学研究进展[J]. 郭仰东,张磊,李双桃,曹芸运,齐传东,王晋芳. 中国农业科学. 2018(06)
[8]干旱、高盐及低温胁迫下植物生理及转录因子的应答调控[J]. 王冰,程宪国. 植物营养与肥料学报. 2017(06)
[9]模拟增温下短花针茅实时荧光定量内参基因的筛选及验证[J]. 高金玉,郭慧琴,曹路,韩冰. 草地学报. 2017(05)
[10]药用植物有效成分生物合成途径解析及其应用[J]. 马莹,郭娟,毛亚平,曾雯,詹志来,孟繁蕴,黄璐琦. 中华中医药杂志. 2017(05)
博士论文
[1]大豆苗期干旱和高温胁迫应答机制研究及关键转录因子的筛选[D]. 王利彬.东北农业大学 2018
[2]甘蓝型油菜低温诱导的转录组和蛋白组分析[D]. 杜春芳.华中农业大学 2016
[3]利用基因芯片技术发掘小麦内参基因及抗赤霉病相关基因[D]. 龙翔宇.四川农业大学 2011
硕士论文
[1]基于实时荧光定量PCR的忍冬内参基因筛选[D]. 刘霞宇.山西农业大学 2017
[2]近30年华北地区夏季极端高温天气事件及其影响机理研究[D]. 李小锋.兰州大学 2015
[3]拟南芥温度胁迫和红光响应基因XCT表观遗传机理探究[D]. 王玉晗.山东农业大学 2014
[4]盐碱胁迫对蒲公英种子萌发及幼苗生长影响的研究[D]. 张晓晖.新疆农业大学 2012
本文编号：3605133
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