灵芝属真菌常用DNA条形码基因核苷酸多态性的研究

发布时间：2022-01-27 07:58

　　灵芝属真菌具有重要的经济价值,很多种类是重要的药用真菌,而有些种类是重要的林木病原真菌,能够引起林木腐朽病害。在灵芝属系统学研究中,ITS作为真菌的通用DNA条形码被广泛应用,而EF1-α及RPB2基因在用于分子鉴定研究中具有更高的特异性,然而这些基因直接测序有时会出现双峰或杂合现象,在这些基因片段上可能存在一定的核苷酸多态性,而扩大种内的变异。本研究利用ITS,EF1-αα和RPB2基因对508份灵芝属标本进行PCR扩增和直接测序,对挑选出存在杂合或双峰现象的36份标本进行克隆和测序,挑选至少30个克隆子,所得序列比对后,对其样品内、样品间、种内的核苷酸多态性进行分析,进一步评估灵芝属三个基因片段的种内和种间变异范围,筛选出能够对灵芝属物种有效区分的DNA条形码。在PCR扩增和测序结果中,ITS基因中出现杂合或双峰现象的标本数量最多可达148份（29.13%）,测序成功率仅有69.96%,而EF1-α和RPB2基因的杂合率分别为11.22%和5.71%,其测序成功率分别为87.55%和88.74%。序列核苷酸多态性分析后发现,灵芝属的ITS,EF1-α和RPB2序列中存在核苷酸多态性... 

【文章来源】：北京林业大学北京市211工程院校教育部直属院校

【文章页数】：72 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
ABSTRCT
引言
1. 文献综述
    1.1 DNA条形码及应用于灵芝属物种多样性研究现状
        1.1.1 DNA条形码
        1.1.2 DNA条形码应用于灵芝属物种鉴定和多样性研究现状
    1.2 常用DNA条形码基因样品内核苷酸的多态性研究现状:
    1.3 本研究目的和意义
    1.4 本研究创新点和技术路线
2. 材料与方法
    2.1 研究标本
    2.2 主要仪器及型号
    2.3 主要试剂
    2.4 主要溶液的配制
    2.5 主要软件
    2.6 实验方法
        2.6.1 子实体基因组DNA的提取
        2.6.2 基因组DNA的琼脂糖凝胶电泳检测
        2.6.3 PCR扩增
        2.6.4 PCR产物检测及测序
        2.6.5 克隆测序
        2.6.6 序列比对及多态性分析
        2.6.7 序列种内种间差异分析
3. 实验结果
    3.1 DNA条形码的PCR扩增和测序
    3.2 常用DNA条形码核苷酸多态性分析
        3.2.1 ITS核苷酸序列多态性分析
            3.2.1.1 ITS序列样品内和样品间多态性
            3.2.1.2 ITS序列种内多态性分析
            3.2.1.3 ITS序列种间多态性
            3.2.1.4 小结和讨论
        3.2.2. EF1-α序列核苷酸多态性分析
            3.2.2.1 EF1-α序列样品内和样品间多态性
            3.2.2.2 EF1-α序列种内多态性
            3.2.2.3 EF1-α序列种间多态性
            3.2.2.4 小结和讨论
        3.2.3 RPB2核苷酸序列多态性分析
            3.2.3.1 RPB2序列样品内和样品间多态性
            3.2.3.2 RPB2序列种内多态性分析
            3.2.3.3 RPB2序列种间多态性
            3.2.3.4 小结和讨论
    3.3. 灵芝属DNA条形码的种内和种间差异分析
        3.3.1 灵芝属DNA条形码的种内差异
        3.3.2 灵芝属DNA条形码的种间差异
4 结果与讨论
    4.1 结论
    4.2 讨论
参考文献
个人简历
导师简历
获得成果目录
致谢


【参考文献】：
期刊论文
[1]灵芝的分子生物学鉴定[J]. 杨涛,刘宇,周均亮,赵爽,李华敏,宋爽,荣成博.  生物技术. 2018(06)
[2]基于ITS序列的灵芝遗传多样性与群体遗传分化研究[J]. 刘雪莹,韩玉立,司静,李春道,崔宝凯.  菌物学报. 2018(05)
[3]基于ITS系列分析鉴定野生灵芝属菌种[J]. 袁滨,严俊杰,柯丽娜,张志鸿,赖碧梅.  中国食用菌. 2018(02)
[4]一种白肉灵芝的快速鉴定方法[J]. 黄龙花,贺凤,刘远超,黄志勇,钟元茂,史钏,胡惠萍.  农业生物技术学报. 2017(01)
[5]松杉灵芝分离纯化及ITS分子鉴定[J]. 邹莉,孙婷婷,王旭彤,方释慧,王世新,崔嵘.  江苏农业科学. 2016(08)
[6]灵芝种质资源研究进展[J]. 才晓玲,何伟,安福全.  现代农业科技. 2016(06)
[7]一株海南野生灵芝的rDNA-ITS鉴定与系统发育分析[J]. 范平杰,姜芳燕,李珍,马红梅,陈永敢.  安徽农学通报. 2016(02)
[8]海南岛7种野生灵芝的形态与分子鉴定[J]. 文庭池,邓春英,吴兴亮.  贵州科学. 2015(06)
[9]灵芝盆景造型新技术[J]. 林佳,李昌发,唐利华.  食用菌. 2015(04)
[10]真菌DNA条形码技术研究进展[J]. 周均亮,赵瑞琳.  微生物学通报. 2013(08)

博士论文
[1]新疆野生羊肚菌分子系统学和遗传多样性研究[D]. 武冬梅.中国农业大学 2015



本文编号：3612093