基于加权基因共表达网络分析挖掘舌鳞状细胞癌的关键基因

发布时间：2022-02-12 11:30

　　目的:舌鳞状细胞癌（TSCC）是头颈部最常见的恶性肿瘤之一,其分子机制尚不清楚。挖掘与舌鳞状细胞癌（TSCC）密切相关的hub基因,为揭示TSCC发病机制提供理论依据。方法:从基因表达综合数据库（GEO）下载GSE34105数据,通过WGCNA筛选关键模块,Cytoscape计算模块网络中节点的拓扑参数筛选hub基因,生存分析用于hub基因的外部验证,通过GO和KEGG富集分析和GSEA分析获取hub基因参与的生物过程。结果:获得与TSCC最密切相关的turquoise模块（Cor=0.88,P<0.05）。cytoscape筛选获得2个hub基因分别为CAP1和TMBIM6,是预后的不良因素,它们的高表达与患者生存期缩短显著相关（P<0.05）。GSEA分析它们高表达组主要参与了半胱氨酸和蛋氨酸代谢、霍乱弧菌感染、氧化磷酸化、DNA复制、基底切除修复、细胞减数分裂、蛋白质生成、果糖和甘露糖代谢、幽门螺杆菌感染中的上皮细胞信号转导。结论:本研究通过构建基因共表达网络筛选出2个hub基因,可能成为潜在的TSCC基因基因生物标志物,影响TSCC的发生及预后。 

【文章来源】：口腔医学研究. 2020,36(05)北大核心

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【部分图文】：

1a:基于GSE54236表达数据的软阈值的确定。1b:基因聚类树状图。基于adjacency-based dissimilarity的层次聚类获得的基因聚类状图,树形图下方的色块表示由动态树切割方法识别的模块

图1 1a:基于GSE54236表达数据的软阈值的确定。1b:基因聚类树状图。基于adjacency-based dissimilarity的层次聚类获得的基因聚类状图,树形图下方的色块表示由动态树切割方法识别的模块图3 turquoise模块基因与TSCC相关性散点图

turquoise模块基因与TSCC相关性散点图

【参考文献】：
期刊论文
[1]长链非编码RNAHOTAIR对舌鳞状细胞癌增殖及迁移侵袭能力的影响[J]. 代梦莹,张洋,张照楠,宿伟鹏,张宋安,刘攀,赵化荣.  口腔医学研究. 2018(06)
[2]Hedgehog信号通路效应蛋白在舌癌组织中的表达及意义[J]. 孙国文,张笑佛,李田,胡勤刚,唐恩溢.  口腔医学研究. 2015(04)



本文编号：3621638