基于信使核糖核酸和微型核糖核酸芯片分析进展期肝癌靶基因

发布时间：2022-07-07 13:59

　　目的筛选进展期原发性肝癌（HCC）相关靶基因。方法从Gene Expressed Omnibus （GEO）数据库下载信使核糖核酸（mRNA）和微型核糖核酸（miRNA）表达谱。通过limma函数包分析得出差异表达mRNA、miRNA。基于FunRich软件对差异表达的miRNA进行转录因子富集分析。利用TargetScan筛选由差异表达miRNA调节的靶基因,并用Cytoscape软件构建miRNA-mRNA网络图。基于R软件对miRNA-mRNA进行联合基因本体（Gene Ontology, GO）、京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG）富集进行分析。结果从进展期HCC样品中筛选出2382个差异表达mRNAs、213个差异表达miRNAs,对应的转录因子中以EGR1和SP1表达最为显著,miRNA-mRNA调控网络中具有较高节点度的基因为CPEB3、FERMT2。miRNA-mRNA富集于128个GO terms中,如蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶活性正调控等过程,通路主要富集在包括FoxO信号、MARK信号通... 

【文章页数】：5 页

【文章目录】：
资料与方法
    1 芯片数据预处理与差异表达基因筛选[4-6]
    2 miRNA转录因子富集分析[7]
    3 miRNA-mRNA调控网络构建[8-9]
    4 miRNA-mRNA联合功能富集分析[10]
    5 miRNA-mRNA联合京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)分析[10]
结 果
    1 差异表达的mRNA与miRNA
    2 miRNA转录因子富集分析
    3 miRNA-mRNA调控网络
    4 miRNA-mRNA联合的KEGG富集分析
    5 miRNA-mRNA联合GO富集分析
讨 论


【参考文献】：
期刊论文
[1]miRNA-223在肝癌中的研究进展[J]. 张蕾,龚泽众,李岩.  大连医科大学学报. 2019(03)
[2]MiR-641在肝细胞癌中的表达及其对HepG2细胞功能的影响[J]. 李文科,何佳.  海南医学. 2019(01)
[3]基于Cytoscape的miRNA调控网络的构建与研究[J]. 杨淼,杜菁,李冬果,杨秋英,刘文艳,姚红串.  中国医学装备. 2018(10)
[4]血清RBP、凝血四项和血小板指标检测在重症肝病辅助诊断中的应用[J]. 张红胜,张敏.  国际检验医学杂志. 2016(17)
[5]丝氨酸/苏氨酸激酶、Wnt2通路相关蛋白及C-myc基因在肝癌中的表达及诊断价值[J]. 韩丹,李炜,王倩.  中西医结合肝病杂志. 2016(03)
[6]COX-2 3’非翻译区8473T>C变异与肝癌发病风险的关系[J]. 邵莎莎,付占昭,王光霞,宋琴琴,饶娟,刘英文,张志.  河北联合大学学报(医学版). 2014(02)

博士论文
[1]VB1诱导肝癌Hep G2细胞生长抑制和凋亡的机制研究[D]. 王建刚.中南大学 2014

硕士论文
[1]转录因子Sp1和Sp3对肝癌中MALAT1转录调控的分子机制研究[D]. 黄子凌.广西医科大学 2015



本文编号：3656547