基于数据库的胃癌相关差异表达基因筛选及生物学功能分析

发布时间：2023-01-03 12:00

　　目的基于数据库筛选胃癌相关差异表达基因,分析胃癌相关差异表达基因的生物学功能及相关信号通路,探索胃癌相关核心差异表达基因与胃癌预后的关系。方法从GEO数据库选取胃癌相关基因芯片GSE79973、GSE54129,应用GEO2R分别筛选出两组芯片胃癌组织与正常胃黏膜组织的差异表达基因,取交集后得到共有差异表达基因。应用DAVID对差异表达基因进行生物学功能及信号通路分析。采用STRING构建差异表达基因蛋白互作网络,应用Cytoscape软件的MCODE插件筛选胃癌相关核心差异表达基因。对核心差异表达基因与胃癌预后的关系进行分析。结果相对于正常胃黏膜组织,胃癌组织差异表达基因共164个,其中42个上调、122个下调,主要存在于胞外区、蛋白细胞外基质、细胞外基质、细胞外外泌体等部位,主要涉及细胞外基质受体相互作用、局部黏附、蛋白质消化和吸收、细胞色素P450代谢等相关通路。初步筛选出13个胃癌相关核心基因（COL1A2、BGN、THBS2、FN1、THBS1、COL1A1、COL4A1、SPARC、COL11A1、COL6A3、COL12A1、TIMP1、SPP1）,除THBS1外,其余1... 

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【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 胃癌相关基因芯片基本信息与质量分析
    1.2 两组差异表达基因筛选
    1.3 胃癌差异表达基因生物学功能与信号通路分析
    1.4 胃癌相关核心基因的筛选
    1.5 胃癌预后相关基因分析
2 结果
    2.1 胃癌组织与正常胃黏膜组织差异表达基因
    2.2 胃癌相关差异表达基因生物学功能与信号通路
    2.3 胃癌相关核心差异表达基因
    2.4 胃癌相关核心差异表达基因与胃癌预后的关系
3 讨论


【参考文献】：
期刊论文
[1]COL12A1在胃癌中的表达及其生物学功能研究[J]. 刘春梅,张印坡,杨娟.  中国普通外科杂志. 2019(04)
[2]中国早期胃癌筛查流程专家共识意见（草案）（2017年,上海）[J]. 杜奕奇,蔡全才,廖专,方军,朱春平.  胃肠病学. 2018(02)
[3]胃镜活检与外科病理检查对早期胃癌的诊断价值比较[J]. 孙鹤,黄体政,李洪德.  实用癌症杂志. 2018(01)
[4]腹腔镜辅助胃癌根治术联合新辅助化疗对机体免疫功能及炎性反应的影响[J]. 王磊,穆雷霞.  包头医学院学报. 2018(01)
[5]FGFR2、THBS1和THBS4在胃癌组织中的表达及临床意义[J]. 周潇,黄婷婷,邱红.  中国癌症防治杂志. 2017(05)
[6]乳腺癌中THBS-1表达及与EMT的相关性[J]. 廖雪洪,郑雄伟,朱伟峰,陈刚,胡丹,张和军,林洁琼,林贤东.  现代肿瘤医学. 2016(20)
[7]LMP2A、E-Cadherin和fibronectin在鼻咽癌中的表达及其临床意义[J]. 赵利容,饶洁,罗泊涛,陈小毅.  临床耳鼻咽喉头颈外科杂志. 2015(02)
[8]凝血酶敏感素-2在胃癌中的表达及其临床意义[J]. 力超,林贤东,蔡晓雯,林建银,郑雄伟.  中国肿瘤临床. 2013(20)
[9]COL1A1-shRNA表达载体的构建及对胃癌细胞增殖迁移的影响[J]. 李爱清,姒健敏,商燕,甘丽红,郭磊,周天华.  浙江大学学报(医学版). 2010(03)



本文编号：3727430