凹线仙女蚬Cytb基因片段序列分析及系统进化树初步构建

发布时间：2023-04-28 00:38

　　初步探究凹线仙女蚬的系统发育地位,为凹线仙女蚬的分子遗传学研究提供前期数据。采用PCR方法扩增得到凹线仙女蚬Cyrenobatissa subsulcata线粒体细胞色素b (Cytb)基因片段序列,序列长为624bp,并在NCBI上使用NT数据库进行Blast比对分析,进而构建系统进化树,探讨凹线仙女蚬的分类地位。结果显示NT数据库中未见凹线仙女蚬的Cytb基因信息。研究扩增获得的序列与蚬属其他种的Cytb基因片段有88%的相似性,与其他帘蛤目贝类的相似度77.02%～78.53%,表明扩增出的片段是凹线仙女蚬所特有的Cytb基因片段。基于Kimura′s 2-Parameter模型计算得出,3个样本个体的遗传距离仅为0～0.001 6,远小于蚬属内种间遗传距离(0.002～0.114),与蚬属的遗传距离为0.127～0.144、与帘蛤目帘蛤科种类遗传距离为0.282～0.335。进化树显示,凹线仙女蚬样品独立聚为一支,与蚬属聚为一大支,支持度为99,表明仙女蚬属与蚬属的亲缘关系较近,与帘蛤科的遗传距离较远。

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【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 试验材料
        1.1.1 凹线仙女蚬样本信息
        1.1.2 试验仪器
        1.1.3 试验试剂
    1.2 试验方法
        1.2.1 形态学性状测定
        1.2.2 凹线仙女蚬基因组DNA的提取
        1.2.3 凹线仙女蚬Cytb基因片段的克隆和序列测定
    1.3 数据分析
2 结果与分析
    2.1 凹线仙女蚬形态学性状分析
    2.2 凹线仙女蚬Cytb基因片段分析
        2.2.1 凹线仙女蚬基因组DNA的提取
        2.2.2 凹线仙女蚬Cytb基因片段扩增
        2.2.3 凹线仙女蚬Cytb基因片段比对分析
        2.2.4 凹线仙女蚬Cytb基因片段序列
        2.2.5 凹线仙女蚬Cytb基因片段序列特征分析
        2.2.6 凹线仙女蚬种群内遗传距离
        2.2.7 凹线仙女蚬与参比种的属间遗传距离
        2.2.8 凹线仙女蚬的系统进化树
3 讨论



本文编号：3803392