通过共表达网络分析（WGCNA）探究前列腺癌发生与进展相关功能基因模块

发布时间：2023-10-07 19:47

　　前列腺癌是男性泌尿生殖系统最常见的恶性肿瘤之一,我国相较于欧美发达国家,是前列腺癌低发区,但是近年来中国男性的前列腺癌发病率呈明显上升趋势,已经成为了危害我国中老年男性的重要疾病之一。前列腺癌是一种由多基因多水平共同作用的复杂疾病。传统生物学研究无法在整体上揭示DNA、RNA和蛋白质组成的生物分子复杂网络在前列腺癌发生进展中的作用。近年来,海量高通量数据的产生和权重基因共表达网络等生物网络分析法的应用提供了一个从宏观而全面的角度解析疾病中复杂相互作用网络的解决方案。我们分别以权重基因共表达网络分析方法构建发生风险相关网络与进展风险相关网络,共得到七个发生风险模块和一个进展风险模块。其中,七个发生风险模块参与的通路和生物学过程主要是肿瘤血管生成、细胞信号转导、细胞周期与细胞修复、m RNA的加工处理、药物代谢、DNA修复、蛋白质的修饰加工、消化腺分泌调节。进展风险模块主要参与了细胞周期、细胞分裂和细胞修复过程。对比其差异表达基因的富集结果,模块富集到的通路和生物学过程更具体细致,有助于深入了解不同表达模式的基因在癌症中的具体作用。在七个发生风险模块中与癌症发生风险相关程度最高(cor=-...

【文章页数】：70 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
中文摘要
abstract
英文缩写词表
第一章 绪论
    1.1 前言
    1.2 前列腺癌与转录组学研究
        1.2.1 转录组学技术
        1.2.2 前列腺癌中的转录组研究进展
    1.3 WGCNA理论基础
    1.4 GO以及KEGG生物学富集分析
        1.4.1 GO功能注释
        1.4.2 KEGG通路分析
    1.5 论文结构和研究的目的
第二章 前列腺癌症RNA-seq数据预处理和差异分析
    2.1 数据来源
    2.2 数据预处理
    2.3 样本差异分析
    2.4 差异基因的富集分析结果
    2.5 小结
第三章 权重基因共表达网络分析
    3.1 权重基因共表达网络分析
        3.1.1 去除离群值
        3.1.2 选择无尺度分布参数
        3.1.3 计算拓扑重叠矩阵以及剪切模块
        3.1.4 权重基因共表达网络与临床信息的联系
        3.1.5 选定模块的枢纽基因
    3.2 发生风险相关权重基因共表达网络分析结果
        3.2.1 离群值剔除
        3.2.2 软阈值筛选
        3.2.3 基因模块确定
        3.2.4 发生风险权重基因共表达网络与临床信息的联系
        3.2.5 发生风险显著相关模块的富集分析
        3.2.6 模块显著性分析
        3.2.7 发生风险模块的基因显著性与模块身份的关联性
        3.2.8 发生风险模块的枢纽基因的筛选
        3.2.9 发生风险模块的枢纽基因的验证
        3.2.10 小结
    3.3 进展风险相关基因表达网络分析结果
        3.3.1 离群值剔除
        3.3.2 软阈值筛选
        3.3.3 基因模块确定
        3.3.4 进展风险权重基因共表达网络与临床信息的联系
        3.3.5 进展风险显著相关模块的富集分析
        3.3.6 进展风险显著相关模块枢纽基因的筛选
        3.3.7 进展风险显著相关模块枢纽基因的验证
        3.3.8 进展风险显著相关模块枢纽基因预后分析
        3.3.9 小结
    3.4 联合分析发生风险模块和进展风险相关模块
        3.4.1 前列腺癌发生和进展共有基因的富集分析结果
        3.4.2 小结
第四章 结论
参考文献
作者简介及在学期间所取得的科研成果
致谢



本文编号：3852387