狼疮肾炎中基因表达芯片的生物信息学分析

发布时间：2023-12-12 19:34

　　目的采用生物信息学方法探讨狼疮肾炎(lupus nephritis,LN)发生的潜在机制。方法通过GEO数据库获得正常肾组织和LN肾组织的基因表达谱,分析二者基因表达情况,寻找差异基因,利用DAVID数据库对LN发生发展过程中的差异基因进行富集分析,使用STRING数据库和Cytoscape对差异基因进行可视化分析。结果筛选出146个上调基因和28个下调基因。在细胞通路方面,差异基因主要参与I型干扰素信号通路等;在细胞定位方面,差异基因主要分布在胞外体等;在分子功能方面,差异基因主要与MHCⅡ类受体活性等相关。KEGG分析结果表明,差异基因与甲型流感病毒感染、金黄色葡萄球菌感染、单纯疱疹病毒感染、利什曼病和哮喘等通路有关。筛选发现IFI35、MX2、OAS3、IFI6、IRF7、OAS2、IFIT2、RSAD2、OAS1、MX1是LN发生风险相关蛋白相互作用网络中的核心基因。结论通过对数据集的分析,利用生物信息学方法找出了LN发生过程中的关键基因,为寻找有价值的LN标志物提供了依据。

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【文章目录】：
资料与方法
    一、研究资料的获取
    二、方法
        1.差异基因数据筛选
        2.差异基因富集分析
        3.蛋白质相互作用分析
结 果
    一、LN发生风险相关差异表达基因分析
    二、LN发生风险相关差异基因富集分析
    三、构建LN发生风险相关基因的蛋白网络及寻找核心基因
讨 论



本文编号：3873508