苋菜AmSPL基因家族转录组鉴定及表达分析

发布时间：2024-02-14 05:12

　　为明确SPL(Squamosa Promoter Binding Protein Like)在苋菜中的功能,基于‘全红’苋菜转录组数据库筛选获得17个SPL家族成员,并进行生物信息学分析预测。结果表明,17个AmSPL蛋白分别由186～777个氨基酸组成,相对分子量从20.53～88.27ku。构建AmSPL与拟南芥(Arabidopsis thaliana L.)16个AtSPL成员系统进化树,并根据AtSPLs基因家族的分类标准将AmSPL成员分为6组。实时荧光定量PCR分析表明,在黑暗条件下,AmSPLs的表达量均高于蓝光下,推测AmSPLs的表达可能通过某种方式受到蓝光的负调控。预测分析其中的8个AmSPL可能是miR156的靶基因。

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【部分图文】：

图4Am-miR156a-5p、Am-miR156-1与8个AmSPLs互补序列的序列比对

由图4可知，17个AmSPL家族成员中有8个成员含有与miR156成熟体互补序列，分别为AmSPL1,AmSPL2,AmSPL4,AmSPL5,AmSPL6,AmSPL7,AmSPL8和AmSPL13，初步表明这8个AmSPLs可能是miR156的靶基因。2.5AmSPL基因家....

图5苋菜AmSPLs的qRT-PCR定量结果与其对应的FPKM值

目前基于全基因组研究的深入，越来越多物种的SPL基因家族被鉴定出来，其中拟南芥中发现16个，水稻19个，小麦58个，番茄15个。然而对于没有全基因组的物种更多的是通过转录组进行分析鉴定。SPL是植物的特异性转录因子，含有高度保守的SBP结构域[35]，它能够与花分生组织中的特性基....

图1AmSPL家族进化树（a）及蛋白结构分析（b)

由图3可知，33个SPL成员共分为6个组，GroupⅠ含有9个AmSPL家族蛋白，分别为AmSP4,AmSPL12,AmSPL14,AmSPL17,AmSPL2,AmSPL1,AmSPL15,AmSPL3和AmSPL16，并含有4个AtSPL家族蛋白；GroupⅡ含有Am....

图2AmSPL家族蛋白SBP保守结构域

图1AmSPL家族进化树（a）及蛋白结构分析（b)图3‘全红’苋菜（Am）与拟南芥（At)SPL家族蛋白系统进化树

本文编号：3897796