转录组水平揭示水稻直系同源基因响应稻瘟病菌时的表达差异

发布时间：2024-04-18 22:52

　　水稻作为一种重要的经济农作物,为全世界超过百分之五十的人口提供粮作物。水稻在长期进化的过程中受到自然选择的作用,部分重要的优势性状得以保留并在不断的人工驯化过程中获得很好的提升,从而让水稻更好地抵御来自外界的生物或非生物胁迫。本研究利用转录组分析方法比较两种不同亚种的栽培水稻Nipponbare(粳稻,japonicarice cultivar)和 93-11(籼稻,indica rice cultivar)在响应子囊菌稻瘟病菌(Pyriculariaoryzae)的方式上的不同。从检测到的差异表达基因集中,我们发现两种水稻在响应稻瘟病菌侵染有很大差异,并且在进化上高度保守的直系同源基因所表现出的表达差异性是两种水稻对稻瘟病菌差异响应的一个重要因素。进一步分析结果表明直系同源基因上游启动子区域的高水平核酸多态性与它们的差异性基因表达模式呈现正相关,而由启动子区域的核酸多态性所造成的转录因子结合位点多态性是这些响应稻瘟病菌的直系同源基因在两种水稻中展现出差异表达模式的重要原因。从这些结果我们可以总结出粳稻和籼稻在受到长期自然选择和人工驯化的过程中可能进化出两种不同的机制来抵御稻瘟病菌的侵...

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【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图２－１实验材料处理的流程??Ｆｉｇ?２－１?Ｔｈｅ?ｗｏｒｋｆｌｏｗ?ｏｆ?ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔ??

２．２．１实验材料处理流程??所选取的Ｎｉｐｐｏｎｂａｒｅ和９３－１１水稻种子于田间栽培，待水稻长出适宜的叶??苗后放置黑暗环境下生长。实验材料的处理如图２－１所示。取一组未接种稻瘟??病菌的水稻苗并提取ＲＮＡ做为对照组。另取一组水稻苗分别接种ＦＪ８１２７８和??Ｇｕｙｌｌ两种稻....

图２－３?Ｒｅａｄｓ中每个位点的碱基分布及质量分布

鲁?Ｌｏｗ?Ｑｕａｌｉｔｙ：?０．６１％??？?Ｃｌｅａｎ?Ｒｅａｄｓ：?９８．９０％??图２－４原始测序数据中被过滤的数据??Ｆｉｇ．２－４?Ｔｈｅ?ｆｉｌｔｅｒｅｄ?ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ?ｒｅａｄｓ?ｉｎ?ｒａｗ?ｒｅａｄｓ?ｄａｔａ??１０??

图２－４原始测序数据中被过滤的数据??Ｆｉｇ．２－４?Ｔｈｅ?ｆｉｌｔｅｒｅｄ?ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ?ｒｅａｄｓ?ｉｎ?ｒａｗ?ｒｅａｄｓ?ｄａｔａ??

ｐｏｓｉｔｉｏｎ?ａｌｏｎｇ?ｒｅａｄｓ??Ｏ??图２－３?Ｒｅａｄｓ中每个位点的碱基分布及质量分布。横坐标为碱基在ｒｅａｄｓ中的位置，纵坐??标为減基的百分比，左右各半表示双端测序数据的ｌｅｆｔ?ｒｅａｄｓ和ｒｉｇｈｔ?ｒｅａｄｓ，Ｑ２０和Ｑ３０??分别表示碱基质量９９％和９９....

图３－２?３０个样本原始测序数据的过滤结果，其中ｘ轴代表三十个样本的名字，ｙ轴代表双??端ｒｅａｄｓ的数量，不同颜色代表不同类型的测序数据

?ｍｍｍｍ??ＦＪ８７：?ＦＪ８１２７８?ＧＹ１１：?Ｇｕｙ１１??图３－１两种菌株对两个水稻品种的致病性检测??Ｆｉｇ?３－１?Ｐａｔｈｏｇｅｎｉｃｉｔｙ?ｏｆ?ｔｗｏ?ｉｓｏｌａｔｅｓ?ｉｎ?ｔｗｏ?ｒｉｃｅ?ｃｕｌｔｉｖａｒｓ??４Ｅ？０７?ＢＨｉｇｈ?Ｑｕａｌｉｔｙ?■ｒ....

本文编号：3957850