基于基因表达谱的前列腺癌人种差异性的生物信息学研究

发布时间：2024-12-07 03:48

　　前列腺癌是男性生殖系统中最常见的恶性肿瘤,严重威胁男性健康。它的发生发展涉及多条信号通路,发病机制较为复杂。流行病学研究发现,前列腺癌的发病率和异质性存在种族差异,黑种人发病率最高,白种人次之,亚裔人最低,并且生活在西方的亚裔人比本土亚裔人发病率高。目前,对于前列腺癌种族和人群异质性的分子机制研究相对较少。本课题从分子和系统层次出发,探究不同种族人群前列腺癌基因、基因网络与生物功能的关系。首先,构建了包含5,629个节点、65,671条边的人类前列腺癌蛋白质相互作用网络(HPC-PPIN)。其次,分别将筛选出的黑种、白种、黄种人(主要是亚裔人)的差异表达基因数据映射到HPC-PPIN上,得到人种特异性前列腺癌蛋白质相互作用网络,并通过分析网络拓扑结构和生物学功能,发现黑种人网络中基因所富集的特有信号通路最多,白种人次之,亚裔人最少,三者共同的通路为74条,并且黑种人和白种人最显著的富集在癌症的分子机制、糖皮质激素受体等信号通路上,亚裔人种更多的富集在桩蛋白信号、白介素6等免疫相关的通路上。此外,基于对黑种人群和白种人群分析数据的进一步细化,研究了不同人种前列腺癌分期(Ⅱ期和Ⅲ期)的异质性...

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【学位级别】：硕士

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中文摘要
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第1章 引言
    第1.1节 研究背景
    第1.2节 国内外研究现状
    第1.3节 研究目的和意义
    第1.4节 本文的组织架构
第2章 多组学数据收集与处理
    第2.1节 基因表达谱
        2.1.1 不同人种前列腺癌数据收集与处理
        2.1.2 不同人种前列腺癌分期数据收集与处理
    第2.2节 蛋白质相互作用网络
        2.2.1 人类蛋白质相互作用数据收集与处理
        2.2.2 前列腺癌相关基因收集与整理
        2.2.3 人类前列腺癌蛋白质相互作用网络(HPC-PPIN)的构建
    第2.3节 本章小结
第3章 不同人种前列腺癌异质性研究
    第3.1节 不同人种前列腺癌差异表达基因分析
        3.1.1 基因本体论分析
        3.1.2 通路富集分析
        3.1.3 重叠度分析
    第3.2节 人种特异性前列腺癌蛋白质相互作用网络的构建
    第3.3节 人种特异性网络拓扑结构分析与生物功能研究
        3.3.1 网络拓扑结构分析
        3.3.2 基因本体论分析
        3.3.3 通路富集分析
    第3.4节 本章小结
第4章 不同人种前列腺癌分期异质性研究
    第4.1节 不同人种前列腺癌分期差异表达基因分析
        4.1.1 基因本体论分析
        4.1.2 通路富集分析
    第4.2节 人种分期特异性前列腺癌蛋白质相互作用网络的构建
    第4.3节 人种分期特异性网络拓扑结构分析与生物功能研究
        4.3.1 网络拓扑结构分析
        4.3.2 基因本体论分析
        4.3.3 通路富集分析
    第4.4节本章小结
第5章 结论与展望
    第5.1节 课题总结
    第5.2节 展望
参考文献
攻读硕士学位期间(待)公开发表的论文
附录
致谢



本文编号：4014749