生物信息学分析筛选胆管癌新候选基因及其意义

发布时间：2025-02-09 19:55

　　 目的应用综合生物信息学分析、筛选胆管癌新候选基因,并探讨其在预测患者预后方面的价值。方法从The Cancer Genome Atlas(TCGA)数据库下载数据,通过与癌旁组织进行比较,筛选出差异表达基因,并通过生物信息学方法对其进行深入分析。结果共筛选出差异表达的信使RNA(messenger RNA,mRNA)3538个、长链非编码RNA(long nonco-ding RNA,lncRNA)1434个和微RNA(microRNA,miRNA)68个。建立一个包含127个lncRNA、15个miRNA和64个mRNA的竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)网络。生存分析发现,COL18A1-AS1、LINC00261、NEXN-AS1、SCRN1和SLC6A1-AS1基因对胆管癌预后具有预测价值,上述基因低表达患者的生存率均显著高于高表达患者。结论 COL18A1-AS1、LINC00261、NEXN-AS1、SCRN1和SLC6A1-AS1基因可作为评估胆管癌预后的标志物,可为胆管癌的治疗提供新的潜在靶点。

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【部分图文】：

图1 根据|log FC|值绘制的DEG的热图

从TCGA数据库中共提取出576个miRNA、17722个mRNA和7521个lncRNA。EdgeR软件包从45份样本中鉴定出DEG。通过比较胆管癌组织和癌旁组织,共发现差异表达的mRNA3538个,miRNA68个,lncRNA1434个(图1)。2.2miRNA的....

图3 Kaplan-Meier生存分析结果

胆管癌是一种相对少见的恶性肿瘤,预后差[13]。目前,负性生活方式、基因改变、环境暴露等被认为是胆管癌的致病因素。基于大数据分析的生物信息学在生物医学研究中得到了广泛的应用[14]。许多高通量信息,如用于基因表达谱的微阵列数据和用于计算基因预测的基因组数据,可以通过生物信息学进行....

图4 对上调和下调基因进行富集分析

图3Kaplan-Meier生存分析结果最近,许多新技术已证实非编码RNA,包括lncRNA在内,在细胞中发挥重要作用。非编码RNA与表观遗传疾病相关。lncRNA是指长度超过200个核苷酸的非蛋白编码转录子的一个亚群,它们没有或几乎没有蛋白质编码能力。根据基因组定位不同,可以....

本文编号：4032782