小鼠核糖体蛋白基因中的组合转录调控元件分析

发布时间：2017-08-11 15:30

  本文关键词：小鼠核糖体蛋白基因中的组合转录调控元件分析

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【摘要】：研究表明,第一内含子可能参与基因转录调控。利用Markov链方法在小鼠核糖体蛋白(ribosomal protein)基因上游至第一内含子序列中抽提出一批高频出现模体(over-represented motifs),这些模体大部分与TRANSFAC中收集的小鼠基因转录因子结合位点吻合,是潜在的调控元件。将这些模体两两组合,利用超几何分布(hypergeometric distribution)和曼-惠特尼U检验(Mann-Whitney U test)获得了133对潜在转录调控模体对,其中一些与已知具有相互作用的转录因子对吻合,且大部分为协同作用。对抽提的模体对在不同区域中的出现情况进行分析,发现模体对主要出现在"上游-上游"(95.5%)和"上游-内含子"(57.9%)区域。结果进一步支持了内含子参与转录调控的假设,并且推测上游与内含子之间具有转录协同作用。
【作者单位】： 云南民族大学数学与计算机科学学院;云南大学生物资源保护和利用重点实验室;四川大学计算机学院;
【关键词】： 小鼠核糖体蛋白基因 内含子 组合调控 区域偏好 协同作用
【基金】：国家自然科学基金(31360277,31460297和11461083) 云南省教育厅基金重点项目(2013Z042)共同资助
【分类号】：Q78
【正文快照】： 明,650091Analysis of Combinatorial Transcriptional Regulatory Elements in MouseRibosomal Protein GenesLi Huimin1,3*Yang Zhigang2Jiang Shaoping11 School of Mathematics and Computer Science,Yunnan Minzu University,Kunming,650500;2 College of Computer Scien

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本文编号：656883