草菇GH61家族基因的生物信息学分析及金属离子对其表达水平的影响

发布时间：2017-08-11 17:23

本文关键词：草菇GH61家族基因的生物信息学分析及金属离子对其表达水平的影响

【摘要】：在前期工作中发现草菇含有30个GH61家族基因同源物(Vv_gh61_1至Vv_gh61_30),进一步分析了这些基因的结构特点以及其编码蛋白基本性质和系统进化关系,并研究了Cu~(2+)和Mn~(2+)对基因表达水平的影响。分析表明有17个草菇GH61基因串联成6个基因簇,存在明显的串联重复现象,系统发育树与基因外显子位置分析表明串联重复基因分布在同一进化分枝上并具有相似的基因结构,串联重复基因编码序列一致性在71% 94%之间。草菇GH61编码蛋白的氨基酸数目在217 442aa之间,分子量和等电点分别介于22.4 45.4k Da和5.2 9.3之间,绝大多数都含有信号肽并定位在细胞外,都含有Glyco_hydro_61功能域以及CBM1、peroxidase等多样化的功能域,系统进化树表明草菇GH61家族基因具有3个主要进化分枝,与灰盖鬼伞等的GH61基因有较近的进化关系。金属离子诱导作用显示,Mn2+对草菇GH61家族基因的表达水平存在诱导作用而Cu2+的诱导作用不明显。
【作者单位】：国家食用菌工程技术研究中心农业部南方食用菌资源利用专业重点实验室上海市农业遗传育种重点开放实验室上海市农业科学院食用菌研究所;上海海洋大学食品科学与工程学院;
【关键词】：草菇 GH家族 串联重复 基因表达
【基金】：上海市科技人才计划项目(13XD1424700)~~
【分类号】：S646.13
【正文快照】： 草菇Volvariella volvacea是一种源于热带、亚热带地区的大型草腐真菌,主要生长在稻草、废棉、麦秆等富含纤维素的基质上。草菇全基因组测序完成后,通过基因注释发现了30个GH61(glycosidehydrolases,GH)家族同源基因(Bao et al.2013)。GH61家族(现在划分为Auxiliary Activitie

【参考文献】

中国期刊全文数据库前3条

1 冯飞;王绍文;王娟;刘刚;;里氏木霉GH61家族糖苷酶的高效表达及酶学特性研究[J];微生物学通报;2014年07期

2 李娟;倪新江;樊守金;蔡德华;;金顶侧耳不同生长期几种胞外酶活性变化[J];吉林农业大学学报;2006年06期

3 李鸿健;谭军;;基因倍增研究进展[J];生命科学;2006年02期

【共引文献】

中国期刊全文数据库前10条

1 段超;孙璇;薛变丽;李波;陈丽;贾峥荣;南建福;;苹果枝屑栽培香菇胞外酶酶活变化的研究[J];食用菌;2015年05期

2 杨曼曼;侯绍郅;马帅;初洋;倪新江;董新伟;张正坦;刘伟;;醋糟栽培对杏鲍菇胞外酶活性的影响[J];湖北农业科学;2015年17期

3 任彩侠;周广麒;;碳源对虫草菌产生几种胞外酶活性的影响[J];工业微生物;2015年03期

4 张森翔;尹小燕;龚志伟;杨忠华;侯亚利;周卫;;纤维素酶降解秸秆特性及其基因工程研究进展[J];生物技术通报;2015年05期

5 饶佳;鲍大鹏;李燕;汪滢;程向阳;王莹;;草菇GH61家族基因的生物信息学分析及金属离子对其表达水平的影响[J];菌物学报;2016年05期