胃癌相关基因的生物信息学分析及蛋白互作网络构建

发布时间：2017-08-15 17:23

  本文关键词：胃癌相关基因的生物信息学分析及蛋白互作网络构建

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【摘要】：目的分析胃癌和癌旁组织间差异表达基因的功能及其编码蛋白的相互作用,筛选出胃癌相关的关键基因。方法从NCBI(美国国立生物技术信息中心)公共数据平台GEO(Gene Expression Omnibus)下载胃癌基因芯片数据GSE79973,采用R Bioconductor3.2.4软件对数据进行处理和分析,输出差异表达基因,并通过生物信息学工具DAVID、String、Cytoscape对差异表达基因进行生物学功能及其编码蛋白的互作分析。结果通过分析GSE79973芯片数据,一共获得567个表达差异明显的基因,其中表达上调的有384个,表达下调的有183个,这些基因主要富集于细胞外区、细胞外基质、胶原蛋白、基底膜等,主要参与细胞增殖、周期以及粘附等生物学过程,并且在细胞外基质受体、局部粘附以及细胞色素P450代谢等肿瘤相关通路明显富集。初步鉴定了COL4A1、IL6、IL8、COL1A2、ITGA2、THBS1、COL5A1、COL3A1、ITGA1、COL2A1、COL4A2、BIRC5为胃癌相关的关键基因。结论基因芯片结合生物信息学方法能够有效分析胃癌和癌旁组织间差异表达基因,并筛选出胃癌相关的关键基因,为进一步研究胃癌发病的分子机制提供指导。
【作者单位】： 广州医科大学附属第五医院;
【关键词】： 胃癌 基因芯片 差异表达基因 生物信息学
【基金】：广东省教育厅特色创新类项目(编号:2015KTSC0110);广东省教育厅青年创新人才类项目(编号:2015KQNCX127) 广州市科创委2014年科技惠民专项项目(编号:2014Y2-00092) 广州市健康医疗协同创新重大专项二期拟立项项目(编号:201508020262)
【分类号】：R735.2
【正文快照】： 胃癌是常见的恶性肿瘤之一,发病率和致死率居各种恶性肿瘤前列[1]。胃癌的发病是个复杂的生物学过程,包含多个基因共同作用、各种肿瘤相关通路的激活,并伴随着复杂的分子机制[2]。传统的针对单个或数个基因与肿瘤相关性及生物学功能的研究虽然能够发现某些基因在肿瘤形成过程

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