两株2.1d新基因亚型猪瘟病毒的全基因组序列分析及其基因亚型分子特征

发布时间：2017-08-19 00:08

  本文关键词：两株2.1d新基因亚型猪瘟病毒的全基因组序列分析及其基因亚型分子特征

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【摘要】：为研究猪瘟病毒(CSFV)2.1d新基因亚型的基因组特征,本研究根据Gen Bank中登录的Zj0801株CSFV全基因组序列设计合成6对引物,通过RT-PCR方法对2014年分离自山东的两株2.1d亚型CSFV(SDSG1410和SDLS1410)进行全基因组测序,两株CSFV全长均为12 296 nt。全基因组遗传演化分析表明这两个分离株位于一个独立分支中,属于2.1d亚型,与E2基因分型结果一致。核苷酸和推导氨基酸同源性分析显示,分离株全基因组同源性与参考株相比差异较大,与Zj0801株的全基因组同源性最高为97.3%~97.5%,而与1.1亚型的Shimen和HCLV株的同源性仅为85.0%~85.1%和84.3%~84.4%;部分基因和非翻译区变异较大,如N~(pro)、C、E2、NS2、NS5A和3'UTR。对全基因组氨基酸序列分析,结果显示2.1d亚型CSFV在V~(640)、K~(992)、A~(1020)、M~(1090)、R~(1395)和D~(2374) 6处氨基酸上具有共同的分子特征。以上研究结果增加了CSFV 2.1d新基因亚型的分型依据。
【作者单位】： 长江大学生命科学学院;中国农业科学院哈尔滨兽医研究所兽医生物技术国家重点实验室;
【关键词】： 猪瘟病毒 .d亚型 分子特征
【基金】：国家自然科学基金(31001050/C1803)
【分类号】：S852.65
【正文快照】： 猪瘟病毒(Classical swine fever virus,CSFV)是引起猪瘟的病原,猪瘟是威胁我国养猪业的重要疫病,被OIE列入须通报的动物传染病[1]。CSFV属于黄病毒科瘟病毒属成员,为单链RNA病毒。全长约为12 300 nt,其5'端和3'端非编码区(UTR)之间是一个大的开放阅读框(ORF),编码一个由3 898

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1 祁小乐;高立;秦立廷;邓小芸;吴关;张礼洲;余飞;任宪刚;高玉龙;高宏雷;王永强;王笑梅;;一株鸡传染性法氏囊病病毒基因组测序及其分子特征(英文)[J];Agricultural Science & Technology;2011年12期

2 杨霖;何秀苗;yそ鸩，

本文编号：697528