基于RNA-Seq技术的谷子新基因发掘及基因结构优化

发布时间：2017-08-23 20:40

  本文关键词：基于RNA-Seq技术的谷子新基因发掘及基因结构优化

  更多相关文章： 谷子 RNA-Seq 转录组 新基因发掘 基因结构优化

【摘要】：尽管谷子(Setaria italica)全基因组序列图谱已经公布,但其基因注释很不完善。为此,本文应用RNA-Seq技术开展了谷子新基因发掘和已注释基因结构优化工作。以‘晋谷21’谷子叶片为材料提取总RNA,构建测序文库并利用Illumina HiSeq2500测序平台进行双端测序,最终获得37 072 949条高质量的干净读段(clean reads)。将其进一步与‘豫谷1号’谷子参考基因组进行序列比对,鉴定出614个新基因。在此基础上,利用COG、GO、KEGG、Swiss-Prot和NR等数据库对其进行了功能注释,获得了438个新基因的注释信息。此外,还优化了7 175个已注释基因的结构,延伸了4 330个基因的5′端和5 362个基因的3′端。本研究旨在为后续谷子功能基因组学研究和其他生物基因组注释信息的完善提供有益的借鉴。
【作者单位】： 山西农业大学文理学院;山西农业大学生命科学院;山西农业大学农业生物工程研究所;杂粮种质资源发掘与遗传改良山西省重点实验室;
【关键词】： 谷子 RNA-Seq 转录组 新基因发掘 基因结构优化
【基金】：国家自然科学基金(31471502、31371693和31471556) 山西省回国留学人员科研资助项目(2015-067) 山西省留学回国人员科技活动择优资助项目(2014-11) 山西省自然科学基金(201601D011071)~~
【分类号】：S515
【正文快照】： 收稿2016-04-22修定2016-06-21资助国家自然科学基金(31471502、31371693和31471556)、山西省回国留学人员科研资助项目(2015-067)、山西省留学回国人员科技活动择优资助项目(2014-11)和山西省自然科学基金(201601D011071)。谷子(Setaria italica)是禾本科(Poaceae)狗尾草属一

【相似文献】

中国期刊全文数据库 前4条

1 殷亚娟;曹广力;黄茉莉;薛仁宇;贡成良;;基于RNA-Seq分析幼虫5龄期至化蛹初期家蚕卵巢发育中的细胞进程相关基因[J];蚕业科学;2013年06期

2 江南;谭晓风;张琳;;基于RNA-Seq的油茶种子油脂合成过程磷脂酰肌醇信号系统的基因分析[J];食品与生物技术学报;2014年06期

3 兰道亮;熊显荣;位艳丽;徐通;钟金城;字向东;王永;李键;;基于RNA-Seq高通量测序技术的牦牛卵巢转录组研究:进一步完善牦牛基因结构及挖掘与繁殖相关新基因[J];中国科学:生命科学;2014年03期

4 ;[J];;年期

中国重要会议论文全文数据库 前3条

1 赵西西;王成成;陈国华;林剑青;贺竹梅;;RNA-Seq揭示黄曲霉胞内氧化还原反应与黄曲霉毒素合成的关系[A];中国遗传学会第九次全国会员代表大会暨学术研讨会论文摘要汇编（2009-2013）[C];2013年

2 张玉刚;祝军;梁美霞;戴洪义;;利用RNA-Seq分析柱型和普通型苹果转录水平差异[A];中国园艺学会2011年学术年会论文摘要集[C];2011年

3 于安民;杨锦芬;;基于RNA-seq的阳春砂果实可溶性糖及萜类代谢的基因表达谱分析[A];生态文明建设中的植物学：现在与未来——中国植物学会第十五届会员代表大会暨八十周年学术年会论文集——第4分会场：资源植物学[C];2013年

中国博士学位论文全文数据库 前2条

1 李雪艳;基于RNA-Seq的兰州百合鳞茎淀粉-蔗糖代谢关键酶SuSy和INV基因的挖掘[D];沈阳农业大学;2015年

2 梁书利;基于RNA-Seq技术的毕赤酵母转录组学研究及其表达元件的挖掘[D];华南理工大学;2012年

中国硕士学位论文全文数据库 前10条

1 田巍;使用多种模拟和真实数据对常用的RNA-seq比对软件的测试与综合比较[D];华南理工大学;2015年

2 胡呈呈;基于RNA-seq的前列腺癌1ncRNA相关的分析研究[D];重庆医科大学;2015年

3 杨波;基于RNA-Seq技术的长江三角洲白山羊优质笔料毛性状研究及皮肤毛囊结构的观察[D];扬州大学;2015年

4 王sコ，

本文编号：727242