线粒体COI基因作为根结线虫条形码的适用性分析

发布时间：2017-10-10 23:22

  本文关键词：线粒体COI基因作为根结线虫条形码的适用性分析

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【摘要】：为评估线粒体COI基因作为根结线虫(Meloidogyne spp.)DNA条形码的适用性,对收集的25个根结线虫群体的线粒体COI基因进行扩增、测序,检测其扩增和测序成功率。将测序获得的COI基因序列与Q-bank中下载的根结线虫COI基因序列共同进行比对分析,利用MEGA 6.0计算种内、种间遗传距离进行"Barcoding Gap"检验以及构建NJ系统进化树作聚类分析,检验COI基因对根结线虫的物种识别能力。结果表明:线粒体COI基因扩增和测序成功率极高,扩增成功率达96%,测序成功率为100%。种间平均遗传距离为0.126,远远超过种内平均遗传距离0.002的10倍,种内遗传距离与种间遗传距离存在明显的"Barcoding Gap"间隔区。系统发育分析显示,COI基因可有效分辨出本研究15种根结线虫中的10种,物种识别率约为67%。线粒体COI基因具有极高的扩增和测序成功率、较高的物种识别能力,且扩增片段长度适宜,符合物种鉴定DNA条形码基因的标准,可作为根结线虫候选条形码基因。
【作者单位】： 天津出入境检验检疫局;南京农业大学;宁波出入境检验检疫局;
【关键词】： 根结线虫 DNA条形码 线粒体细胞色素C氧化酶I基因 物种鉴定
【基金】：国家质检总局课题(2011IK176) 国家科技支撑计划项目(2012BAK11B03) 天津局科技项目(2013TK072)
【分类号】：S432.45
【正文快照】： 根结线虫(root-knot nematode,RKN)是一类严重危害农作物的专性固定内寄生线虫[1]。受根结线虫形态特征的不稳定性及性别和发育阶段限制,传统形态学对根结线虫分类鉴定有较大局限性[2]。而DNA序列的分子鉴定方法,如PCR-RFLP[3,4]、SCAR标记[5,6]、实时荧光PCR[7-9]、LAMP[10,1

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本文编号：1009194