薄荷内生细菌的多样性及组成分析

发布时间：2017-12-15 23:29

  本文关键词：薄荷内生细菌的多样性及组成分析

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【摘要】：为了调查薄荷内生细菌种类多样性,应用高通量测序技术测定薄荷内生细菌的16S r DNA-V4变异区序列,采用Qiime和Mothur等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTUs)数量,分析物种的丰度、分布和α多样性,以及物种丰富度的差异。研究获得用于分析的有效序列和OTU数为60 034/226;稀疏曲线表明测序深度充分,OTU的数量接近于饱和。薄荷(样品名BH)的Chao 1指数为226.0,Shannon多样性指数为2.538。薄荷内生细菌分布于以下10个属:食酸菌属(Acidovorax,65.34%)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas,17.32%)、土地杆菌属(Pedobacter,5.88%)、甲基杆菌属(Methylobacterium,4.33%)、Luteolibacter属(1.94%)、土壤杆菌属(Agrobacterium,1.53%)、鞘氨醇杆菌属(Sphingobacterium,1.30%)、金黄杆菌属(Chryseobacterium,0.92%)、黄杆菌属(Flavobacterium,0.78%)、Dyadobacter属(0.67%);薄荷内生细菌优势菌属为食酸菌属(Acidovorax,65.34%)和鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas,17.32%)。Illumina Mi Seq高通量测序技术为植物内生细菌的研究提供了更加准确、科学的数据资源。
【作者单位】： 昆明学院农学院;云南省都市特色农业工程技术研究中心;中国科学院昆明动物研究所;昆明学院生命科学与技术系;
【基金】：国家自然科学基金项目(31460491) 云南省科技厅应用基础研究计划青年项目(2013FD040) 云南省教育厅科学研究项目(2014Y390) 昆明学院人才引进项目(YJL14005) 云南省高校优势特色重点学科(生态学)建设项目
【分类号】：S567.235;S182
【正文快照】： 现已从多种健康植物的根、茎、叶、果实、种子中分离出革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌的植物内生细菌,共达129种(隶属于54个属)[1]。目前研究比较系统的植物有棉花、小麦和花生。优势种类主要分布于假单胞属(Pseudommonas)、芽孢杆菌属(Bacillus)、肠杆菌属(Enterobacter)、土壤

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本文编号：1293846