基于全基因组测序的粘绿木霉Gv29-8中分泌蛋白预测

发布时间：2018-01-05 10:15

  本文关键词：基于全基因组测序的粘绿木霉Gv29-8中分泌蛋白预测　出处：《河南师范大学学报(自然科学版)》2016年06期 　论文类型：期刊论文

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【摘要】：粘绿木霉Gv29-8作为木霉属中重要的生防菌之一,对该菌分泌蛋白进行预测及其特征进行明确具有重要的理论意义。利用SignalP、ProtComp等预测程序对该菌中12427条蛋白质序列进行分泌蛋白找寻,并对上述分泌蛋白的氨基酸分布、信号肽长度大小及切割位点等性质进行分析。粘绿木霉含有分泌蛋白为377个,其氨基酸长度、信号肽长度与植物病原菌不同;信号肽切割位点属于A-X-A类型,与其他已经报道的植物病原真菌、卵菌中分泌蛋白信号肽切割位点一致。
[Abstract]:As one of the important biocontrol Trichoderma in green Trichoderma Gv29-8, the bacteria secrete protein clearly has important theoretical significance for predicting their characteristics. By using SignalP, ProtComp prediction program for 12427 protein sequences of the bacteria for protein secretion and distribution of the search, secretory protein amino acid signal peptide the size of the length and cutting site properties were analyzed. Green Trichoderma containing secretory protein of 377 amino acid, its length, length of signal peptide and plant pathogens; signal peptide cleavage site belongs to the type of A-X-A, and other plant pathogenic fungi has been reported, oomycetes in secretory protein signal peptide cleavage site.

【作者单位】： 西南林业大学林学院;云南省森林灾害预警与控制重点实验室;
【基金】：国家自然科学基金项目(31560211) 云南省森林灾害预警与控制重点实验室开放基金项目(ZK150004) 云南省林学一流学科建设项目(51600625) 云南省优势特色重点学科生物学一级学科建设项目(50097505) 云南省高校林下生物资源保护及利用科技创新团队(2014015)
【分类号】：S476.1
【正文快照】： 一般而言,真菌的分泌蛋白具有N-端含有信号肽、无跨膜结构域、无GPI锚定位点、不具有将蛋白输送至线粒体或其他胞内细胞器的预测定位信号等四个基本特征[1].目前,学术界对于化学药剂的替代品生防菌的研究逐年增加,主要涉及木霉属(Trichoderma ssp.)、芽孢杆菌属(Bacillus spp.，

本文编号：1382656