转录组解析白三叶根际溶磷菌株RW8的解磷机制

发布时间：2018-09-18 10:01

【摘要】：采用转录组测序的方法分析了白三叶根际溶磷菌RW8在含有难溶磷(A组)、可溶磷(B组)与无磷(C组)培养条件下差异基因表达。以可溶磷为对照,在难溶磷条件下,分别检测到4782个基因在RW8中上调表达,447个基因下调表达;在无磷组中,共检测到3630个基因上调表达,209个基因下调表达。GO基因注释发现RW8在A组和C组中的差异基因聚类基本相同。生物学过程主要聚类在代谢过程、细胞过程、单细胞过程、刺激应答、定位以及生物反应调节;细胞组分主要聚类在细胞组分、细胞膜、膜组分与高分子配合体等;分子功能主要聚类在催化活性、结合功能与转运功能。代谢途径分析发现2-α-氧代羧、α-亚麻酸、五碳二元酸、脂肪酸、甘氨酸-丝氨酸-蛋氨酸以及缬氨酸-亮氨酸-异亮氨酸等代谢途径的基因显著被富集。挑选10个差异基因并用荧光定量检测其在A、B、C 3种不同培养条件下的基因表达,发现所有挑选基因的表达变化与转录组结果变化趋势相同。液相色谱检测有机酸组成及含量,发现在A组和C组中乳酸、琥珀酸与柠檬酸显著高于B组,富马酸与苹果酸的含量在C组中显著升高,A组与B组差异不显著;α-酮戊二酸的含量在A组中显著增高,B组和C组差异不显著。
[Abstract]:The differential gene expression of phosphorus-lysing bacteria RW8 in the rhizosphere of white clover was analyzed by transcriptome sequencing under the conditions of insoluble phosphorus (group A), soluble phosphorus (group B) and non-phosphorus (group C). GO gene annotation showed that RW8 was clustered basically the same in group A and group C. Biological processes were mainly clustered in metabolic processes, cell processes, single cell processes, stimulus responses, localization and regulation of biological reactions; cell components were mainly clustered in cell components, cell membranes, and membrane. Metabolic pathway analysis revealed that genes in metabolic pathways such as 2-alpha-oxo-carboxylic acid, alpha-linolenic acid, pentadecanedioic acid, fatty acid, glycine-serine-methionine and valine-leucine-isoleucine were significantly enriched. Allogenes were detected by fluorescence quantitative analysis under three different culture conditions A, B and C. The results showed that the expression of all selected genes had the same trend as that of transcriptome. The composition and content of organic acids in group A and group C were detected by liquid chromatography. Lactic acid, succinic acid and citric acid in group A and group C were significantly higher than those in group B, and fumaric acid and malic acid were significantly higher than those in group B. The content of alpha-ketoglutarate in group A was significantly higher than that in group C, but there was no significant difference between group A and group B.
【作者单位】： 贵州省农业科学院草业研究所;
【基金】：贵州省科技支撑项目(黔科合支撑[2016]2504号) 贵州省农科院专项基金(黔农科院院专项[2013]03)资助
【分类号】：S154.3;S541.2

【参考文献】

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本文编号：2247554