EM对白及根际土壤微生物多样性及活性的影响
【图文】:
数量不同样本的物种丰富度和样本测序。4.2.11 物种分类分析在 Bergey’staxonomy 的基础上,通过运用 RDP classifier 将 OTU 在界、科、属 6 个层级上进行物种分类[77]。采用 Na ve Baysesian assignment 算法对不同层级水平上的概率值进行计算。根据分类学分析结果,统计在各个分类层级水平上不同样本的群落组成样本和物种单元分类的序列丰度;使用 R 的 vegan package 根据各样本丰度样性距离矩阵,进行层次聚类分析,再使用 UPGMA 算法构建树状结构,根分类学比对结果,选择优势物种分类,绘制 genus 水平单样品分类系统组成4.3 结果与分析4.3.1 DNA 提取如图 4-1 部分 PCR 电泳图所示:从白及根际土壤提取的总 DNA 经过 1%检测,条带清晰、无拖尾。
24基本能够覆盖样品中所有种群,从而比较真实地来反映土壤样品的菌群群落。图4-2 原核微生物 Shannon 稀释曲线图Fig.4-2 Prokaryotic microorganisms Shannon dilution curve图4-3 真核微生物 Shannon 稀释曲线图Fig.4-3 Eukaryotic microorganisms Shannon dilution curve4.3.3 OTU 聚类分析六处分别为对不同浓度EM处理后一个月的白及根际土壤样品中原核微生物所有样本序列依照序列间距离进行聚类,如图 4-4 所示:根据相似性将空白组样本划分为 2721个 OTU、300-1 样本划分为 2792 个 OTU、400-1 样本划分为 2934 个 OTU、500-1 样本划分为 2965 个 OTU,600-1 样本划分为 2962 个 OTU,700-1 样本划分为 2655 个 OTU,使用 Venn Diagram package 绘制原核微生物所有样本 VENN 图,如图 4-4 所示:其中 6个样本共同包含 2125 个 OTU 单元,,CK-1 特有 596 个 OTU 单元,占其样本的 21.90%;300-1 特有 667 个 OTU 单元
【学位授予单位】:陕西理工大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2019
【分类号】:S154.3
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