禾谷丝核菌基因组大小的预测及系统发育学分析

发布时间：2021-03-15 20:25

　　丝核菌属（Rhizoctonia）真菌类群繁多、分布范围广泛,大部分类群为植物病原菌,可引发多种严重植物病害。其中,禾谷丝核茵（Rhizoctonia cerealis）可以导致小麦纹枯病,是该病的主要病原菌。茵丝融合群（anastomosis group）是丝核茵最经典的分类方法。目前为止,多核丝核茵共分为14个融合群,双核丝核茵共分为21个融合群。其中禾谷丝核菌是双核丝核茵,属于AG-D融合群。目前对该菌的基因组序列还无报道,对其系统发育学研究也需进一步深入。因此本研究利用实时定量PCR绝对定量的方法对禾谷丝核茵标准菌株R0301的基因组大小进行了预测,并利用翻译延伸因子（translation elongation factor, tef）基因序列对禾谷丝核茵和其他丝核菌融合群进行了系统发育分析,为今后研究禾谷丝核茵的基因组奠定基础。首先用真菌tefA基因通用引物对分离自江苏南京的强致病力禾谷丝核菌R0301菌株的基因组进行了扩增,对克隆测序得到的序列进行Blast分析,结果表明该序列确为禾谷丝核菌的tefA基因序列。应用Southern杂交方法证明了tefA基因在禾谷丝核菌基因... 

【文章来源】：南京农业大学江苏省 211工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：83 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文献综述
    1 小麦纹枯病的研究进展
        1.1 小麦纹枯病的分布和危害
        1.2 病原菌
        1.3 侵染过程及发病症状
        1.4 小麦纹枯病的发生规律以及影响因素
        1.5 小麦纹枯病的防治措施
    2 真核生物基因组学研究进展
        2.1 真核生物基因组的测序技术
        2.2 真核生物基因组大小进化的研究进展
        2.3 比较基因组学与进化分析
    3 丝核菌的遗传多样性研究进展
        3.1 生化技术在丝核菌遗传多样性研究中的应用
        3.2 DNA分子标记在丝核菌的遗传多样性的应用
    4 本研究的主要内容及其意义
    参考文献
第二章 实时定量PCR法预测禾谷丝核菌Rhizoctonia cerealis基因组大小
    摘要
    前言
    1 材料和方法
        1.1 供试菌
        1.2 DNA提取
        1.3 tefA基因部分序列的克隆和测序
        1.4 探针制备
        1.5 Southern blot分析
        1.6 Real-time qPCR
        1.7 基因组大小的计算
    2 结果与分析
        2.1 禾谷丝核菌R0301 tefA基因部分序列的测定
        2.2 探针制备结果
        2.3 基因组DNA酶切结果
        2.4 禾谷丝核菌基因组中tefA基因拷贝数
        2.5 实时定量PCR引物的特异性
        2.6 标准菌株的扩增
        2.7 禾谷丝核菌实时定量PCR
        2.8 禾谷丝核菌基因组大小的预测
    3 讨论
    参考文献
第三章 不同融合群丝核菌的系统发育学分析
    摘要
    前言
    1 材料和方法
        1.1 纹枯病菌菌株
        1.2 真菌基因组DNA的提取
        1.3 真菌基因组DNA PCR扩增的引物设计及扩增测序
        1.4 tefA基因的多态性分析
        1.5 系统发育学分析
        1.6 tefA基因的结构预测
    2 结果与分析
        2.1 同一菌株和同一融合群的tefA多态性研究
        2.2 菌株的系统发育学分析
        2.3 tefA基因的结构和功能预测
    3 讨论
    参考文献
全文结论
攻读硕士期间发表的学术论文
致谢


【参考文献】：
期刊论文
[1]海洋微生物多样性及其分子生态学研究进展[J]. 李祎,郑伟,郑天凌.  微生物学通报. 2013(04)
[2]基于454FLX高通量技术的厚朴叶绿体全基因组测序及应用研究[J]. 李西文,胡志刚,林小涵,李卿,高欢欢,罗国安,陈士林.  药学学报. 2012(01)
[3]基于第二代测序技术的细菌基因组与转录组研究策略简介[J]. 刘万飞,王西亮,赵宇慧,曾瀞瑶,耿佳宁,胡松年.  微生物学通报. 2011(11)
[4]小麦纹枯病的研究进展[J]. 陈健华,张炽昌,徐东方,朱盛艳.  现代农业科技. 2011(01)
[5]构巢曲霉与30种丝状子囊菌的基因组比较[J]. 曾昭清,赵福永,Tom Hsiang,余知和.  遗传. 2010(11)
[6]DNA测序技术的发展历史与最新进展[J]. 解增言,林俊华,谭军,舒坤贤.  生物技术通报. 2010(08)
[7]中国北纬33度地区小麦纹枯病菌的群体组成及致病力研究[J]. 陈莹,李伟,张晓祥,张伯桥,于汉寿,陈怀谷.  麦类作物学报. 2009(06)
[8]植物基因组大小进化的研究进展[J]. 陈建军,王瑛.  遗传. 2009(05)
[9]基于直向同源序列的比较基因组学研究[J]. 潘增祥,许丹,张金璧,林飞,吴宝江,刘红林.  遗传. 2009(05)
[10]真菌基因组学研究进展[J]. 余知和,高元钢,曾昭清,苏坤,肖力,骆名凤.  菌物学报. 2008(05)

硕士论文
[1]我国部分地区禾谷丝核菌的群体遗传结构分析及其定量检测[D]. 郭英鹏.南京农业大学 2012
[2]小麦纹枯病菌的多样性和分子检测[D]. 方正.扬州大学 2003



本文编号：3084766