盘龙参内生菌多样性及一株内生细菌的抑菌活性研究
发布时间：2021-04-13 18:52
盘龙参（Spiranthes sinensis（Pers.）Ames）是一种重要的中药材,也是一种生态指示植物,具有较高的药用价值及生态价值。近年来,由于人类过度开采及环境污染等问题,导致野生盘龙参的数量急剧下降。植物内生菌是一个潜在的资源宝库,其次级代谢产物丰富,在医疗、农业、工业各方面均有广泛应用。本文以盘龙参为研究对象,通过分离其可培养内生真菌和细菌,分析其内生菌多样性,测定内生菌抑菌活性,从中筛选出具有生防潜力的菌株,分析研究其抑菌机理,以期运用于农业生产中。本研究的主要内容为下:1.从野生盘龙参的根、茎、叶、花序组织中分离内生菌菌株共263株,通过形态学分类和分子生物学鉴定（ITS、16s-r RNA）,内生真菌分属于25个属,其中镰刀菌属（Fusarium,20%）,青霉菌属（Penicillium,8%）和链格孢属（Alternaria,8%）为优势菌属;内生细菌分属于11个属,其中克霍尔德菌属（Burkholderia,19%）、芽孢杆菌属（Bacillus,18%）、假单胞杆菌属（Pseudomonas,17%）和不动杆菌属（Acinetobacter,11%）为优势...
【文章来源】：长江大学湖北省
【文章页数】：68 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
基于16SrRNA构建菌株YZU173017的系统发育树
第3章YZU173017鉴定及全基因组分析25图3-2基于全基因组蛋白序列构建菌株YZU173017的系统发育树Figure3-2Genome-wideproteinsequencephylogenetictreeofstrainYZU1730173.3.3全基因组基本特征通过IlluminaHiseq平台对YZU173017测序，获得原始数据共1143413100bp。原始测序质量分布图如图3-3，从reads的碱基质量分布图可以看出，碱基质量较为一致，碱基A和T、C和G的百分比总和较为接近，图中四种颜色的分界线在均匀随机的情况下波动极小，表明了YZU173017的测序质量较高。为了提高后续分析质量和可靠性，对原始数据清洗去除带有接头和＜20的低质量reads，以及去掉N碱基数目较多的reads（>2），去除50bq以下的reads。经质控后，YZU173017的总序列长度为1137043947bp，序列条数为7610844，Q20值为97.17%，Q30值为92.85%，GC含量为46.59%。
第3章YZU173017鉴定及全基因组分析26图3-3原始数据reads的碱基分布Figure3-3Nucleotidedistributionineachreadpositionofrawdata经质控后的数据进行组装，组装后的详细序列信息如表3-1。组装后共获得30条scaffolds，组装后序列总长度为3,940,997bp，GC总含量46.414%，N的占比率为0.007%。共获得编码蛋白序列2512条，总长度为2438112bp，平均长度为970bp，编码区域占基因组全长的61.9%。表3-1组装结果统计Figure3-1ThestatisticsoftheassemblyresultsTypeNumberNumberofallscaffolds30Totalbase3940997Largestlength1083480No.oflargescaffolds(>1000bps)17Basesinlargescaffolds3936309N50scaffold2N50length988258N90scaf6N90length281222GCcontent46.41%Nrate0.01%Allcontigstotalbase3940697No.oflargecontigs(>1000bps)20Largestlength1083480Basesinlargecontigs(>1000bps)3936009N50length988258N90length162774
【参考文献】：
期刊论文
[1]新型生防微生物因子贝莱斯芽孢杆菌（Bacillus velezensis）的研究与应用[J]. 陶永梅,潘洪吉,黄健,席昕,李鹏,卢志军. 中国植保导刊. 2019(09)
[2]内生微生物和其在作物管理中的潜在应用[J]. 张翼翾. 世界农药. 2019(04)
[3]施用有机-无机复混肥对桑树根际土壤细菌与根系内生细菌多样性的影响[J]. 王帅帅,林刚云,黄小丹,杨尚东,屈达才. 蚕业科学. 2019(04)
[4]芽孢杆菌SK007的分类鉴定及其拮抗植物病原菌的功能分析[J]. 靳泽星,秦娅,王洁丽,杜妮妮,李哲斐,陈卫民. 微生物学通报. 2019(10)
[5]盘龙参内生真菌多样性及其拮抗作用研究[J]. 裴东方,吴秋秋,莫俊鑫,金缘,罗欢,邓建新,周燚. 江西农业大学学报. 2019(02)
[6]一株拮抗黄单胞菌的贝莱斯芽孢杆菌的分离和鉴定[J]. 李生樟,陈颖,杨瑞环,张翠萍,刘昭,李逸朗,陈涛,陈功友,邹丽芳. 微生物学报. 2019(10)
[7]贝莱斯芽孢杆菌（Bacillus velezensis）研究进展[J]. 蔡高磊,张凡,欧阳友香,赵昌松,彭宣和,江爱明. 北方园艺. 2018(12)
[8]贝莱斯芽孢杆菌L-1对梨灰霉和青霉病菌的抑制作用评价及全基因组分析[J]. 孙平平,崔建潮,贾晓辉,王文辉. 微生物学报. 2018(09)
[9]药用植物内生真菌资源——一个亟待开发的宝库[J]. 邢晓科. 菌物学报. 2018(01)
[10]华石斛内生真菌组织分布特点及其抑菌活性[J]. 柴晓蕾,宋希强,朱婕. 热带作物学报. 2018(01)
博士论文
[1]贝莱斯芽孢杆菌CMT-6的surfactin合成基因表征及其响应溶氧的调控通路研究[D]. 邓旗.广东海洋大学 2018
[2]内生细菌ZSY-1对番茄灰霉病和早疫病的防治及促生效果研究[D]. 高振峰.山西农业大学 2018
[3]抗真菌化合物bacilysin的制备、抑菌机制研究及结构改造的探索[D]. 王涛.浙江大学 2016
[4]六种药用植物内生真菌的次生代谢产物及其生物活性研究[D]. 王丽薇.浙江大学 2011
硕士论文
[1]中国菊科植物病原链格孢菌大孢子种多样性研究[D]. 罗欢.长江大学 2019
[2]多花黄精叶枯病病原菌鉴定及贝莱斯芽胞杆菌防病促生效果研究[D]. 迟惠荣.浙江大学 2019
[3]多粘类芽孢杆菌HY96-2的全基因组测序分析与生防机制的探索[D]. 程跃娟.华东理工大学 2018
[4]拟无枝酸菌BJA-103的全基因组测序与比较基因组学分析[D]. 柯欣.西北农林科技大学 2018
[5]基于三代测序技术的高产糖化酶黑曲霉工业菌株基因组组装与注释及功能基因比较研究[D]. 林毅英.华南理工大学 2018
[6]贝莱斯芽孢杆菌DY-6的抑菌特性及其对刺参生长免疫和池塘菌群结构的影响研究[D]. 王金燕.上海海洋大学 2018
[7]枯草芽孢杆菌BSD-2全基因组数据挖掘及抗菌物质的分离[D]. 胡彦婷.河北工业大学 2017
[8]贝莱斯芽孢杆菌S6的鉴定、发酵条件优化及其生防作用研究[D]. 杨胜清.吉林农业大学 2017
[9]杨属植物根内生菌及根际细菌多样性研究[D]. 孙岩.中国林业科学研究院 2015
本文编号：3135829
【文章来源】：长江大学湖北省
【文章页数】：68 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
基于16SrRNA构建菌株YZU173017的系统发育树
第3章YZU173017鉴定及全基因组分析25图3-2基于全基因组蛋白序列构建菌株YZU173017的系统发育树Figure3-2Genome-wideproteinsequencephylogenetictreeofstrainYZU1730173.3.3全基因组基本特征通过IlluminaHiseq平台对YZU173017测序，获得原始数据共1143413100bp。原始测序质量分布图如图3-3，从reads的碱基质量分布图可以看出，碱基质量较为一致，碱基A和T、C和G的百分比总和较为接近，图中四种颜色的分界线在均匀随机的情况下波动极小，表明了YZU173017的测序质量较高。为了提高后续分析质量和可靠性，对原始数据清洗去除带有接头和＜20的低质量reads，以及去掉N碱基数目较多的reads（>2），去除50bq以下的reads。经质控后，YZU173017的总序列长度为1137043947bp，序列条数为7610844，Q20值为97.17%，Q30值为92.85%，GC含量为46.59%。
第3章YZU173017鉴定及全基因组分析26图3-3原始数据reads的碱基分布Figure3-3Nucleotidedistributionineachreadpositionofrawdata经质控后的数据进行组装，组装后的详细序列信息如表3-1。组装后共获得30条scaffolds，组装后序列总长度为3,940,997bp，GC总含量46.414%，N的占比率为0.007%。共获得编码蛋白序列2512条，总长度为2438112bp，平均长度为970bp，编码区域占基因组全长的61.9%。表3-1组装结果统计Figure3-1ThestatisticsoftheassemblyresultsTypeNumberNumberofallscaffolds30Totalbase3940997Largestlength1083480No.oflargescaffolds(>1000bps)17Basesinlargescaffolds3936309N50scaffold2N50length988258N90scaf6N90length281222GCcontent46.41%Nrate0.01%Allcontigstotalbase3940697No.oflargecontigs(>1000bps)20Largestlength1083480Basesinlargecontigs(>1000bps)3936009N50length988258N90length162774
【参考文献】：
期刊论文
[1]新型生防微生物因子贝莱斯芽孢杆菌（Bacillus velezensis）的研究与应用[J]. 陶永梅,潘洪吉,黄健,席昕,李鹏,卢志军. 中国植保导刊. 2019(09)
[2]内生微生物和其在作物管理中的潜在应用[J]. 张翼翾. 世界农药. 2019(04)
[3]施用有机-无机复混肥对桑树根际土壤细菌与根系内生细菌多样性的影响[J]. 王帅帅,林刚云,黄小丹,杨尚东,屈达才. 蚕业科学. 2019(04)
[4]芽孢杆菌SK007的分类鉴定及其拮抗植物病原菌的功能分析[J]. 靳泽星,秦娅,王洁丽,杜妮妮,李哲斐,陈卫民. 微生物学通报. 2019(10)
[5]盘龙参内生真菌多样性及其拮抗作用研究[J]. 裴东方,吴秋秋,莫俊鑫,金缘,罗欢,邓建新,周燚. 江西农业大学学报. 2019(02)
[6]一株拮抗黄单胞菌的贝莱斯芽孢杆菌的分离和鉴定[J]. 李生樟,陈颖,杨瑞环,张翠萍,刘昭,李逸朗,陈涛,陈功友,邹丽芳. 微生物学报. 2019(10)
[7]贝莱斯芽孢杆菌（Bacillus velezensis）研究进展[J]. 蔡高磊,张凡,欧阳友香,赵昌松,彭宣和,江爱明. 北方园艺. 2018(12)
[8]贝莱斯芽孢杆菌L-1对梨灰霉和青霉病菌的抑制作用评价及全基因组分析[J]. 孙平平,崔建潮,贾晓辉,王文辉. 微生物学报. 2018(09)
[9]药用植物内生真菌资源——一个亟待开发的宝库[J]. 邢晓科. 菌物学报. 2018(01)
[10]华石斛内生真菌组织分布特点及其抑菌活性[J]. 柴晓蕾,宋希强,朱婕. 热带作物学报. 2018(01)
博士论文
[1]贝莱斯芽孢杆菌CMT-6的surfactin合成基因表征及其响应溶氧的调控通路研究[D]. 邓旗.广东海洋大学 2018
[2]内生细菌ZSY-1对番茄灰霉病和早疫病的防治及促生效果研究[D]. 高振峰.山西农业大学 2018
[3]抗真菌化合物bacilysin的制备、抑菌机制研究及结构改造的探索[D]. 王涛.浙江大学 2016
[4]六种药用植物内生真菌的次生代谢产物及其生物活性研究[D]. 王丽薇.浙江大学 2011
硕士论文
[1]中国菊科植物病原链格孢菌大孢子种多样性研究[D]. 罗欢.长江大学 2019
[2]多花黄精叶枯病病原菌鉴定及贝莱斯芽胞杆菌防病促生效果研究[D]. 迟惠荣.浙江大学 2019
[3]多粘类芽孢杆菌HY96-2的全基因组测序分析与生防机制的探索[D]. 程跃娟.华东理工大学 2018
[4]拟无枝酸菌BJA-103的全基因组测序与比较基因组学分析[D]. 柯欣.西北农林科技大学 2018
[5]基于三代测序技术的高产糖化酶黑曲霉工业菌株基因组组装与注释及功能基因比较研究[D]. 林毅英.华南理工大学 2018
[6]贝莱斯芽孢杆菌DY-6的抑菌特性及其对刺参生长免疫和池塘菌群结构的影响研究[D]. 王金燕.上海海洋大学 2018
[7]枯草芽孢杆菌BSD-2全基因组数据挖掘及抗菌物质的分离[D]. 胡彦婷.河北工业大学 2017
[8]贝莱斯芽孢杆菌S6的鉴定、发酵条件优化及其生防作用研究[D]. 杨胜清.吉林农业大学 2017
[9]杨属植物根内生菌及根际细菌多样性研究[D]. 孙岩.中国林业科学研究院 2015
本文编号：3135829
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