罗伯茨绿僵菌线粒体基因组的测序及注释分析
发布时间：2021-04-14 21:15
线粒体基因组因为快速进化、严格遵守母系遗传等特点已广泛应用到遗传结构与系统分类的生物学研究,是研究真菌系统进化与遗传关系的有效工具。作为昆虫病原真菌中已有普遍应用的绿僵菌属真菌（Metarhizium）,其线粒体基因组数据尚不完整。为了进一步完善绿僵菌属线粒体基因组数据,深入昆虫病原真菌遗传与进化的研究,本论文选取罗伯茨绿僵菌（Metarhizium robertsii）ARSEF 2575,采用PDA固体培养基培养、CTAB法提取总DNA,经高通量测序、PCR扩增、Sanger测序成功组装其线粒体基因组并进行注释分析,结合在NCBI上已有的麦角菌科真菌的相关数据,开展比较线粒体基因组学比较,对17种肉座菌目真菌的14个常见的线粒体蛋白的氨基酸序列进行系统发育关系的重建。结果如下:罗伯茨绿僵菌ARSEF 2575的完整线粒体基因组大小为24945 bp,包含14个常见蛋白编码基因、2个核糖体RNA基因和25个转运RNA基因,蛋白编码基因的种类和排列顺序与已经报道的麦角菌科真菌基本一致。此外,同多数真菌相似,罗伯茨绿僵菌线粒体基因组的蛋白编码基因、tRNA基因以及核糖体RNA基因均有明显...
【文章来源】：山西大学山西省
【文章页数】：54 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
Metarhiziumrobertsii线粒体基因组结构图
的菌种所聚集成的几个分支则距离Metarhizium robertsii亲缘关系较远，从整体上来看，该系统进化树与目前的分类系统基本符合一致。图2-2 基于14个蛋白编码基因构建的系统发育树Figure 2-2 Phylogenetic tree based on 14 protein-coding genes.
Fig.3-3 Intergenic region of Clavicipitaceae mitogenome3.3.6 麦角菌科线粒体基因组的蛋白编码基因以及内含子的比较在麦角菌科真菌中，7个线粒体基因组中呈现比较明显的差异（图3-4），Metarhizium robertsii、Metarhizium anisopliae、Pochonia chlamydosporia、Paecilomyceshepiali之间的蛋白编码基因大小比较类似，而Epichloe属的3个菌种Epichloe festucae、Epichloe hybrid、Epichloe typhina的蛋白编码基因区域则明显较大。将7个菌种的14个蛋白编码基因比较之后，我们发现在Epichloe属的7个基因当中有数量不等的内含子（图3-3）。Epichloe属的3个菌种Epichloe festucae、Epichloe hybrid、Epichloe typhina中的内含子在蛋白编码基因中的位置与大小，内含子数量从1-7不等，7个拥有内含子的基因当中，Epichloe typhina中的cox1基因是含有内含子数量最多的基因，而Epichloefestucae、Epichloe hybrid、Epichloe typhina的nad1基因和Epichloe festucae、Epichloehybrid中的nad2基因是内含子数量最少的基因。从总体上来看
【参考文献】：
期刊论文
[1]线粒体的发现和起源假说[J]. 刘锐. 生物学教学. 2016(11)
[2]线粒体DNA在分子进化研究中的应用[J]. 陈星,沈永义,张亚平. 动物学研究. 2012(06)
[3]植物线粒体结构基因组研究进展[J]. 苏爱国,李双双,王玉美,雷彬彬,刘国政,康定明,华金平. 中国农业科技导报. 2011(03)
[4]一株绿僵菌的分离、鉴定及其生物学特性的初步研究[J]. 严智燕,薛召东,曾粮斌,杨瑞林. 中国麻业科学. 2011(02)
[5]绿僵菌的研究现状及进展[J]. 丁苗苗,于永浩,曾涛. 广西农业科学. 2009(11)
[6]密码子偏性的分析方法及相关研究进展[J]. 吴宪明,吴松锋,任大明,朱云平,贺福初. 遗传. 2007(04)
[7]绿僵菌生物农药的研制与应用[J]. 张礼生,张泽华,高松,农向群. 中国生物防治. 2006(S1)
[8]绿僵菌对椰心叶甲的控制作用研究[J]. 丁福章,张泽华,张礼生,丁伟. 西南农业大学学报(自然科学版). 2006(03)
[9]绿僵菌属系统分类的研究进展(综述)[J]. 黄勃,樊美珍,李增智. 安徽农业大学学报. 2002(02)
[10]不同结构的蛋白编码基因的密码子偏性研究[J]. 顾万君,马建民,周童,孙啸,陆祖宏. 生物物理学报. 2002(01)
博士论文
[1]芒果炭疽病菌抗药性基因tub2的克隆及其转化金龟子绿僵菌的初步研究[D]. 詹儒林.华南热带农业大学 2007
硕士论文
[1]线虫生防菌厚垣普可尼亚菌的基因组学研究[D]. 林润茂.中国农业科学院 2014
[2]优良绿僵菌菌株的筛选及应用性研究[D]. 马丽娟.河北农业大学 2012
本文编号：3138027
【文章来源】：山西大学山西省
【文章页数】：54 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
Metarhiziumrobertsii线粒体基因组结构图
的菌种所聚集成的几个分支则距离Metarhizium robertsii亲缘关系较远，从整体上来看，该系统进化树与目前的分类系统基本符合一致。图2-2 基于14个蛋白编码基因构建的系统发育树Figure 2-2 Phylogenetic tree based on 14 protein-coding genes.
Fig.3-3 Intergenic region of Clavicipitaceae mitogenome3.3.6 麦角菌科线粒体基因组的蛋白编码基因以及内含子的比较在麦角菌科真菌中，7个线粒体基因组中呈现比较明显的差异（图3-4），Metarhizium robertsii、Metarhizium anisopliae、Pochonia chlamydosporia、Paecilomyceshepiali之间的蛋白编码基因大小比较类似，而Epichloe属的3个菌种Epichloe festucae、Epichloe hybrid、Epichloe typhina的蛋白编码基因区域则明显较大。将7个菌种的14个蛋白编码基因比较之后，我们发现在Epichloe属的7个基因当中有数量不等的内含子（图3-3）。Epichloe属的3个菌种Epichloe festucae、Epichloe hybrid、Epichloe typhina中的内含子在蛋白编码基因中的位置与大小，内含子数量从1-7不等，7个拥有内含子的基因当中，Epichloe typhina中的cox1基因是含有内含子数量最多的基因，而Epichloefestucae、Epichloe hybrid、Epichloe typhina的nad1基因和Epichloe festucae、Epichloehybrid中的nad2基因是内含子数量最少的基因。从总体上来看
【参考文献】：
期刊论文
[1]线粒体的发现和起源假说[J]. 刘锐. 生物学教学. 2016(11)
[2]线粒体DNA在分子进化研究中的应用[J]. 陈星,沈永义,张亚平. 动物学研究. 2012(06)
[3]植物线粒体结构基因组研究进展[J]. 苏爱国,李双双,王玉美,雷彬彬,刘国政,康定明,华金平. 中国农业科技导报. 2011(03)
[4]一株绿僵菌的分离、鉴定及其生物学特性的初步研究[J]. 严智燕,薛召东,曾粮斌,杨瑞林. 中国麻业科学. 2011(02)
[5]绿僵菌的研究现状及进展[J]. 丁苗苗,于永浩,曾涛. 广西农业科学. 2009(11)
[6]密码子偏性的分析方法及相关研究进展[J]. 吴宪明,吴松锋,任大明,朱云平,贺福初. 遗传. 2007(04)
[7]绿僵菌生物农药的研制与应用[J]. 张礼生,张泽华,高松,农向群. 中国生物防治. 2006(S1)
[8]绿僵菌对椰心叶甲的控制作用研究[J]. 丁福章,张泽华,张礼生,丁伟. 西南农业大学学报(自然科学版). 2006(03)
[9]绿僵菌属系统分类的研究进展(综述)[J]. 黄勃,樊美珍,李增智. 安徽农业大学学报. 2002(02)
[10]不同结构的蛋白编码基因的密码子偏性研究[J]. 顾万君,马建民,周童,孙啸,陆祖宏. 生物物理学报. 2002(01)
博士论文
[1]芒果炭疽病菌抗药性基因tub2的克隆及其转化金龟子绿僵菌的初步研究[D]. 詹儒林.华南热带农业大学 2007
硕士论文
[1]线虫生防菌厚垣普可尼亚菌的基因组学研究[D]. 林润茂.中国农业科学院 2014
[2]优良绿僵菌菌株的筛选及应用性研究[D]. 马丽娟.河北农业大学 2012
本文编号：3138027
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