高通量测序分析胡萝卜连作与轮作土壤细菌多样性

发布时间：2021-09-05 10:31

　　为了揭示胡萝卜连作与轮作模式中土壤细菌群落结构和多样性特征,并探究两种耕作模式根际细菌群落结构差异,本研究采用Illumina Hi Seq PE250测序平台的双末端测序（Paired-End）法对4组土样的16S r RNA V4区进行测序,并进行生物信息学分析。结果显示,4个样本共获得196 220条有效序列,相同测序深度（28 890条）下,RM.F （胡萝卜-万寿菊轮作根际土壤）样品中的Chao1指数和Shannon指数均高于RM.R （胡萝卜连作根际土壤）样品。RM.F样品中的优势菌纲为α-变形菌（Alphaproteobacteria）、β-变形菌纲（Betaproteobacteria）、γ-变形菌纲（Gammaproteobacteria）及芽孢杆菌纲（Bacilli）。RM.R样品中的优势菌纲是γ-变形菌纲（Gammaproteobacteria）、拟杆菌纲（Bacteroidia）。OTUs比对结果显示,希瓦氏菌属（Shewanella）、Clostridium sensu stricto 1、Parabacteroides、不动菌属（Acinetobacter）... 

【文章来源】：基因组学与应用生物学. 2020,39(05)北大核心CSCD

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【部分图文】：

水稻SET蛋白家族成员系统进化分析及分类:基于拟南芥与水稻SET结构域基因家族成员的蛋白全长,使用邻接法构建系统进化树

通过对KMT3的SET结构域序列比对发现，本组的SET结构域由123～124个氨基酸组成，在数量上相对一致；其中有30个氨基酸位点在所有成员中保持一致(图3)。SDG4与SDG736的SET结构域由124个氨基酸组成，其中有88个氨基酸位点一致(图3)。在本组成员中，拟南芥中与开花或花器官发育相关的成员SDG7、SDG8和SDG26在水稻中的同源基因分别为SDG724、SDG72和SDG708(图2)，水稻中的这3个同源基因也已被报道与开花相关，本组中的SDG4已被报道与花器官的发育相关，但在水稻中的同源基因SDG736尚未报道(图2)，根据进化分析的结果，本研究推测SDG736可能与花的调控相关。因此本研究将对SDG736进行遗传功能的研究，探究SDG736是否也与花的相关调控有关。1.3 SDG736超量达载体构建及转基因拟南芥阳性苗的获得

通过对转基因植株#1、#3、#5的多代筛选后，最终得到他们的纯合子，并在#1、#3、#5植株纯合子后代的基础上进行表型观察及下一步实验。表型分析结果显示超量表达的SDG736拟南芥比野生型拟南芥提前开花(图7)。超量表达拟南芥开花时间为31～32 d，而野生型拟南芥为36～37 d，但在生长时间一致的情况下莲座的数目基本一致。这表明SDG736可能通过调控拟南芥开花途径上的基因表达从而对拟南芥开花时间进行调控；对开花期调控作用的结果与之前生物信息学分析所推测SDG736的功能相关。图3 KMT3亚家族成员SET结构域序列分析

【参考文献】：
期刊论文
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本文编号：3385187