丁香假单胞菌MB03中Hfq蛋白及sRNA研究
发布时间：2021-12-12 13:46
丁香假单胞菌是一种常见的植物病原菌,分布广泛且种类众多,目前有四十多个致病变种,甚至在南极洲冰层下都有它的存活迹象,因此近年来引起科学家的高度重视。其中属番茄致病亚种Pseudomonas syringae pv.tomato.DC3000的研究最为集中,DC3000成为研究细菌和植物互作的模式菌株。除此之外,部分含有冰核蛋白的丁香假单胞菌能在-5℃～-2℃情况下引发植物形成冻霜从而对植物造成损害,本研究采用了本实验室从植物冻伤组织中分离得到的一株具有高冰核活性的丁香假单胞菌MB03展开。细菌中的sRNA（small non-coding RNA）是一类不具有编码功能的小型核糖核酸片段,长度介于40 nt-500 nt之间,它们绝大部分位于基因间,对细菌的各项生命活动起调控作用。Hfq是一种在细菌中普遍存在的调控蛋白,其主要作用是作为sRNA的分子伴侣,协助sRNA发挥其作用,使其作用效果更加稳固有效。本课题主线为丁香假单胞菌中的部分sRNA对于调控相关表型（分别是:氧化应激耐受性、线虫取食偏好性、T6SS活性、生物膜、运动性等）的作用,并对sRNA参与细菌氧化应激耐受性的调节机制进行...
【文章来源】： 华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：68 页
【文章目录】：
摘要
Abstract
缩略语表
1 前言
1.1丁香假单胞菌MB03
1.2 sRNA(small non-coding RNA)
1.3 sRNA的分子伴侣Hfq
1.4 本研究涉及的相关表型
1.4.1 生物膜
1.4.2 线虫简介
1.4.3 Ⅵ型分泌系统(T6SS)
1.4.4 运动性
1.4.5 氧化应激
1.5 本研究的目的和意义
2 材料与方法
2.1 实验材料
2.1.1 菌株和质粒
2.1.2 实验所需试剂及配制
2.1.2.1 培养基
2.1.2.2 实验器材
2.1.2.3 质粒抽提、感受态细胞制备与快检
2.1.2.4 PCR、重组质粒构建及琼脂糖经胶电泳
2.1.2.5 以秀丽隐杆线虫为实验对象的生物学测定所需试剂
2.1.2.6 基因敲除试剂
2.2 实验方法
2.2.1 实验技术路线
2.2.2 分子实验
2.2.2.1 PCR 扩增
2.2.2.2 基因敲除
2.2.2.3 大肠杆菌感受态细胞的制备及转化
2.2.2.4 细菌总RNA的提取及去基因组
2.2.2.5 反转录
2.2.2.6 实时荧光定量PCR
2.2.3 表型实验
2.2.3.1 结晶紫法检测细菌生物膜的形成
2.2.3.2 启动子活性检测方法与步骤
2.2.3.3 T6SS活性实验
2.2.3.4 线虫取食偏好性实验
2.2.3.5 运动性实验
2.2.3.6 氧化应激实验
3 结果与分析
3.1 MB03 中预测得到的sRNA及相关特性分析实验
3.1.1 MB03 中部分sRNA的筛选
3.1.2 关于sRNA相关靶基因的通路分析
3.1.3 不同温度下sRNA的表达丰度
3.2 sRNA缺失菌株的构建及不同菌株氧化应激方面的探究
3.2.1 sRNA及 hfq缺失菌株的构建
3.2.2 对缺失菌株氧化应激能力的探究
3.3 缺失菌株其他表型的变化情况
3.3.1 sRNA缺失菌株T6SS活性比较
3.3.2 sRNA基因缺失菌株线虫取食偏好性比较
3.3.3 缺失菌株生物膜形成能力比较
3.3.4 sRNA基因缺失菌株运动性比较
4 小结与讨论
4.1 小结
4.2 讨论
参考文献
致谢
附录 本文所用引物
【参考文献】：
期刊论文
[1]土壤微生物生物地理学：国内进展与国际前沿 [J]. 褚海燕,冯毛毛,柳旭,时玉,杨腾,高贵锋. 土壤学报. 2020(03)
[2]牛源大肠杆菌对秀丽隐杆线虫的致病性研究 [J]. 白慧丽,彭昊,李军,李常挺,陶立,陈忠伟,吴翠兰,潘艳,曾芸,龚俞. 中国畜牧兽医. 2020(03)
[3]易感线虫番茄品种Rutgers遗传转化体系的建立 [J]. 吴文涛,董莹,邓人可,薛美静,张靖,王扬. 西南农业学报. 2020(01)
[4]Effect of graphene oxide exposure on intestinal Wnt signaling in nematode Caenorhabditis elegans [J]. Peidang Liu,Huimin Shao,Yan Kong,Dayong Wang. Journal of Environmental Sciences. 2020(02)
[5]Loss of miR-83 extends lifespan and affects target gene expression in an age-dependent manner in Caenorhabditis elegans [J]. Emmanuel Enoch Dzakah,Ahmed Waqas,Shuai Wei,Bin Yu,Xiaolin Wang,Tao Fu,Lei Liu,Ge Shan. Journal of Genetics and Genomics. 2018(12)
[6]氧化应激诱导剂甲萘醌对脱氮假单胞杆菌代谢过程的影响 [J]. 杨勇,刘群,章帅文,李昆太. 江西农业大学学报. 2018(05)
[7]丁香假单胞菌番茄致病变种DC3000甘油激酶基因的克隆与功能研究 [J]. 刘晓柱,李银凤,于志海,刘晓辉. 河南农业科学. 2018(06)
[8]sRNA phrs调控铜绿假单胞菌生物膜形成的功能研究 [J]. 徐凤琴,黄松音,莫红平,曾俏君,孙婧,周春霞,李红玉. 中华医院感染学杂志. 2017(10)
[9]环丙沙星联合乳铁蛋白多肽嵌合体对铜绿假单胞菌PAO1生物被膜和QS系统信号分子表达的影响 [J]. 章晓燕. 中外医学研究. 2016(05)
[10]下呼吸道感染铜绿假单胞菌产绿脓菌素及生物膜形成能力与耐碳青霉烯类抗菌药物相关性分析 [J]. 孟小斌,古汉福,雷南凤,张国雄,范晓怡. 中华医院感染学杂志. 2015(19)
硕士论文
[1]丁香假单胞菌杀线虫毒性因子PtxA的杀虫活性与作用机制[D]. 田甜.华中农业大学. 2018
[2]固氮施氏假单胞菌非编码RNA NfiS转录后调控氧化胁迫反应[D]. 张宏扬.中国农业科学院. 2018
[3]丁香假单胞菌MB03冰核蛋白基因低温依赖型启动子转录活性的研究[D]. 孟姗.华中农业大学. 2011
本文编号：3536782
【文章来源】： 华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：68 页
【文章目录】：
摘要
Abstract
缩略语表
1 前言
1.1丁香假单胞菌MB03
1.2 sRNA(small non-coding RNA)
1.3 sRNA的分子伴侣Hfq
1.4 本研究涉及的相关表型
1.4.1 生物膜
1.4.2 线虫简介
1.4.3 Ⅵ型分泌系统(T6SS)
1.4.4 运动性
1.4.5 氧化应激
1.5 本研究的目的和意义
2 材料与方法
2.1 实验材料
2.1.1 菌株和质粒
2.1.2 实验所需试剂及配制
2.1.2.1 培养基
2.1.2.2 实验器材
2.1.2.3 质粒抽提、感受态细胞制备与快检
2.1.2.4 PCR、重组质粒构建及琼脂糖经胶电泳
2.1.2.5 以秀丽隐杆线虫为实验对象的生物学测定所需试剂
2.1.2.6 基因敲除试剂
2.2 实验方法
2.2.1 实验技术路线
2.2.2 分子实验
2.2.2.1 PCR 扩增
2.2.2.2 基因敲除
2.2.2.3 大肠杆菌感受态细胞的制备及转化
2.2.2.4 细菌总RNA的提取及去基因组
2.2.2.5 反转录
2.2.2.6 实时荧光定量PCR
2.2.3 表型实验
2.2.3.1 结晶紫法检测细菌生物膜的形成
2.2.3.2 启动子活性检测方法与步骤
2.2.3.3 T6SS活性实验
2.2.3.4 线虫取食偏好性实验
2.2.3.5 运动性实验
2.2.3.6 氧化应激实验
3 结果与分析
3.1 MB03 中预测得到的sRNA及相关特性分析实验
3.1.1 MB03 中部分sRNA的筛选
3.1.2 关于sRNA相关靶基因的通路分析
3.1.3 不同温度下sRNA的表达丰度
3.2 sRNA缺失菌株的构建及不同菌株氧化应激方面的探究
3.2.1 sRNA及 hfq缺失菌株的构建
3.2.2 对缺失菌株氧化应激能力的探究
3.3 缺失菌株其他表型的变化情况
3.3.1 sRNA缺失菌株T6SS活性比较
3.3.2 sRNA基因缺失菌株线虫取食偏好性比较
3.3.3 缺失菌株生物膜形成能力比较
3.3.4 sRNA基因缺失菌株运动性比较
4 小结与讨论
4.1 小结
4.2 讨论
参考文献
致谢
附录 本文所用引物
【参考文献】：
期刊论文
[1]土壤微生物生物地理学：国内进展与国际前沿 [J]. 褚海燕,冯毛毛,柳旭,时玉,杨腾,高贵锋. 土壤学报. 2020(03)
[2]牛源大肠杆菌对秀丽隐杆线虫的致病性研究 [J]. 白慧丽,彭昊,李军,李常挺,陶立,陈忠伟,吴翠兰,潘艳,曾芸,龚俞. 中国畜牧兽医. 2020(03)
[3]易感线虫番茄品种Rutgers遗传转化体系的建立 [J]. 吴文涛,董莹,邓人可,薛美静,张靖,王扬. 西南农业学报. 2020(01)
[4]Effect of graphene oxide exposure on intestinal Wnt signaling in nematode Caenorhabditis elegans [J]. Peidang Liu,Huimin Shao,Yan Kong,Dayong Wang. Journal of Environmental Sciences. 2020(02)
[5]Loss of miR-83 extends lifespan and affects target gene expression in an age-dependent manner in Caenorhabditis elegans [J]. Emmanuel Enoch Dzakah,Ahmed Waqas,Shuai Wei,Bin Yu,Xiaolin Wang,Tao Fu,Lei Liu,Ge Shan. Journal of Genetics and Genomics. 2018(12)
[6]氧化应激诱导剂甲萘醌对脱氮假单胞杆菌代谢过程的影响 [J]. 杨勇,刘群,章帅文,李昆太. 江西农业大学学报. 2018(05)
[7]丁香假单胞菌番茄致病变种DC3000甘油激酶基因的克隆与功能研究 [J]. 刘晓柱,李银凤,于志海,刘晓辉. 河南农业科学. 2018(06)
[8]sRNA phrs调控铜绿假单胞菌生物膜形成的功能研究 [J]. 徐凤琴,黄松音,莫红平,曾俏君,孙婧,周春霞,李红玉. 中华医院感染学杂志. 2017(10)
[9]环丙沙星联合乳铁蛋白多肽嵌合体对铜绿假单胞菌PAO1生物被膜和QS系统信号分子表达的影响 [J]. 章晓燕. 中外医学研究. 2016(05)
[10]下呼吸道感染铜绿假单胞菌产绿脓菌素及生物膜形成能力与耐碳青霉烯类抗菌药物相关性分析 [J]. 孟小斌,古汉福,雷南凤,张国雄,范晓怡. 中华医院感染学杂志. 2015(19)
硕士论文
[1]丁香假单胞菌杀线虫毒性因子PtxA的杀虫活性与作用机制[D]. 田甜.华中农业大学. 2018
[2]固氮施氏假单胞菌非编码RNA NfiS转录后调控氧化胁迫反应[D]. 张宏扬.中国农业科学院. 2018
[3]丁香假单胞菌MB03冰核蛋白基因低温依赖型启动子转录活性的研究[D]. 孟姗.华中农业大学. 2011
本文编号：3536782
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