两种新内源RNA病毒的鉴定及相关特性研究
发布时间：2022-12-22 22:49
内源RNA病毒是一类能够侵染不同生物的病毒类群,寄主范围包括植物、真菌及卵菌。侵染寄主时不会引起寄主异常症状,在寄主体内能够持续慢性感染。基因组核酸多为线性双链RNA（dsRNA）,全长在9.8-17.6 kbp之间,编码一个大的ORF,编码框上含有RdRp（RNA-dependent RNA polymerase）、CPS（capsular polysaccharide synthetase）、Hel（viral RNA helicase）或UGT（UDP-glycosyltransferase）等一些保守结构域。有些内源RNA病毒的全长基因组5?末端附近存在一个缺口（nick）,有些内源RNA病毒基因组3?末端会检测出一串连续的胞嘧啶碱基,它们是否在病毒的进化起到一定作用尚不清楚。此外,该类病毒不形成病毒粒子,不编码病毒衣壳蛋白。本研究从植物和真菌两种不同的寄主中分别发现了一种新内源RNA病毒,对其分子特性及部分生物学特性进行了研究,主要结果如下:首先,白粉菌中发现的一种新内源RNA病毒。白粉菌样品采自北京地区感染白粉菌的枸杞植物,利用白粉菌ITS区域和显微形态观察,鉴定了白粉菌病...
【文章页数】：73 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
第1章 绪论
1.1 引言
1.2 双链RNA病毒的简介及分类
1.2.1 双链RNA病毒的简介
1.2.2 双链RNA病毒的分类
1.3 内源RNA病毒的研究进展
1.3.1 内源RNA病毒的发现和发展概况
1.3.2 内源RNA病毒的寄主范围、自然分布及传播
1.3.3 内源RNA病毒的分子特性及基因组结构
1.4 本研究的目的与意义
第2章 穆氏节丝壳内源RNA病毒的分子特征及分类地位
2.1 实验材料
2.1.1 样品采集
2.1.2 菌株、载体及培养基
2.1.3 实验器材及试剂
2.1.4 RT-PCR扩增和检测引物
2.1.5 缓冲液及培养基的配制
2.2 实验方法
2.2.1 CTAB法提总DNA
2.2.2 病毒dsRNA的大量提取
2.2.3 白粉菌ITS区域的PCR扩增
2.2.4 白粉菌ITS区域的克隆和测定
2.2.5 白粉菌显微形态观察
2.2.6 病毒dsRNA的回收纯化
2.2.7 病毒基因组中间序列的克隆
2.2.8 病毒基因组末端序列克隆
2.2.9 病毒基因组序列的拼接和结构分析
2.2.10 病毒的进化分析
2.3 结果与分析
2.3.1 枸杞白粉病病原菌的鉴定
2.3.2 穆氏节丝壳中dsRNA病毒的鉴定及纯化
2.3.3 穆氏节丝壳内源RNA病毒基因组测定
2.3.4 穆氏节丝壳内源RNA病毒的分子特征分析
2.3.5 穆氏节丝壳内源RNA病毒分类地位的确定
2.4 小结与讨论
第3章 瓠瓜内源RNA病毒的分子特性及分类地位
3.1 实验材料
3.1.1 实验样品
3.1.2 菌株、载体及培养基
3.1.3 实验器材及试剂
3.1.4 RT-PCR扩增和检测引物
3.2 实验方法
3.2.1 病毒dsRNA的大量提取
3.2.2 病毒dsRNA的回收纯化
3.2.3 病毒基因组中间序列的克隆
3.2.4 病毒基因组末端序列的克隆
3.2.5 病毒基因组序列的拼接及结构分析
3.2.6 病毒的进化分析
3.3 结果与分析
3.3.1 瓠瓜内源RNA病毒的鉴定及全长克隆
3.3.2 瓠瓜内源RNA病毒分子特征的分析
3.3.3 瓠瓜内源RNA病毒分类地位的确定
3.4 小结与讨论
第4章 瓠瓜内源RNA病毒的部分生物学特性
4.1 实验材料
4.1.1 实验样品
4.1.2 实验试剂及仪器
4.1.3 RT-PCR扩增及检测引物
4.2 实验方法
4.2.1 瓠瓜的种植及样品的选择
4.2.2 Trizol法提总RNA
4.2.3 试剂盒提植物总RNA
4.2.4 总RNA的RT-PCR、电泳检测
4.2.5 qRT-PCR的数据处理及分析
4.3 结果与分析
4.3.1 瓠瓜种子携带内源RNA病毒的检测
4.3.2 不同时期内源RNA病毒在瓠瓜中的动态变化
4.3.3 瓠瓜内源RNA病毒与西瓜花叶病毒的含量变化
4.4 小结与讨论
第5章 全文结论
致谢
参考文献
个人简介
附录1 缓冲液及培养基的配制
本文编号：3724203
【文章页数】：73 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
第1章 绪论
1.1 引言
1.2 双链RNA病毒的简介及分类
1.2.1 双链RNA病毒的简介
1.2.2 双链RNA病毒的分类
1.3 内源RNA病毒的研究进展
1.3.1 内源RNA病毒的发现和发展概况
1.3.2 内源RNA病毒的寄主范围、自然分布及传播
1.3.3 内源RNA病毒的分子特性及基因组结构
1.4 本研究的目的与意义
第2章 穆氏节丝壳内源RNA病毒的分子特征及分类地位
2.1 实验材料
2.1.1 样品采集
2.1.2 菌株、载体及培养基
2.1.3 实验器材及试剂
2.1.4 RT-PCR扩增和检测引物
2.1.5 缓冲液及培养基的配制
2.2 实验方法
2.2.1 CTAB法提总DNA
2.2.2 病毒dsRNA的大量提取
2.2.3 白粉菌ITS区域的PCR扩增
2.2.4 白粉菌ITS区域的克隆和测定
2.2.5 白粉菌显微形态观察
2.2.6 病毒dsRNA的回收纯化
2.2.7 病毒基因组中间序列的克隆
2.2.8 病毒基因组末端序列克隆
2.2.9 病毒基因组序列的拼接和结构分析
2.2.10 病毒的进化分析
2.3 结果与分析
2.3.1 枸杞白粉病病原菌的鉴定
2.3.2 穆氏节丝壳中dsRNA病毒的鉴定及纯化
2.3.3 穆氏节丝壳内源RNA病毒基因组测定
2.3.4 穆氏节丝壳内源RNA病毒的分子特征分析
2.3.5 穆氏节丝壳内源RNA病毒分类地位的确定
2.4 小结与讨论
第3章 瓠瓜内源RNA病毒的分子特性及分类地位
3.1 实验材料
3.1.1 实验样品
3.1.2 菌株、载体及培养基
3.1.3 实验器材及试剂
3.1.4 RT-PCR扩增和检测引物
3.2 实验方法
3.2.1 病毒dsRNA的大量提取
3.2.2 病毒dsRNA的回收纯化
3.2.3 病毒基因组中间序列的克隆
3.2.4 病毒基因组末端序列的克隆
3.2.5 病毒基因组序列的拼接及结构分析
3.2.6 病毒的进化分析
3.3 结果与分析
3.3.1 瓠瓜内源RNA病毒的鉴定及全长克隆
3.3.2 瓠瓜内源RNA病毒分子特征的分析
3.3.3 瓠瓜内源RNA病毒分类地位的确定
3.4 小结与讨论
第4章 瓠瓜内源RNA病毒的部分生物学特性
4.1 实验材料
4.1.1 实验样品
4.1.2 实验试剂及仪器
4.1.3 RT-PCR扩增及检测引物
4.2 实验方法
4.2.1 瓠瓜的种植及样品的选择
4.2.2 Trizol法提总RNA
4.2.3 试剂盒提植物总RNA
4.2.4 总RNA的RT-PCR、电泳检测
4.2.5 qRT-PCR的数据处理及分析
4.3 结果与分析
4.3.1 瓠瓜种子携带内源RNA病毒的检测
4.3.2 不同时期内源RNA病毒在瓠瓜中的动态变化
4.3.3 瓠瓜内源RNA病毒与西瓜花叶病毒的含量变化
4.4 小结与讨论
第5章 全文结论
致谢
参考文献
个人简介
附录1 缓冲液及培养基的配制
本文编号：3724203
本文链接：https://www.wllwen.com/kejilunwen/nykj/3724203.html
