鳞翅目昆虫基因组中MITEs转座子的鉴定、特征和进化分析

发布时间：2023-03-23 01:29

　　微型反向重复转座子(MITEs)广泛分布于真核生物基因组中,相对于其它物种,MITEs转座子在植物基因组中的研究较为深入。已有的研究表明MITEs转座子在植物中不仅能够促进基因组进化还可以通过多种机制影响邻近基因的表达和结构。鳞翅目昆虫是农林业的主要害虫,随着近年基因组测序技术的发展,已有5种鳞翅目昆虫基因组序列相继被公布。这为本文比较研究不同鳞翅目昆虫基因组中MITEs转座子的含量、种类和进化模式提供了机遇。 由于MITEs转座子家族丰富多样并且不具有编码转座酶的能力,因此无法应用基于同源性搜索的方法将其从基因组中鉴定出来。本文采用基于结构的方法,搜索5个已测序的鳞翅目昆虫(家蚕、烟草天蛾、小菜蛾、帝王蝶和诗神袖蝶)基因组,系统鉴定MITEs转座子在不同鳞翅目昆虫基因组中的含量、种类和分布。进一步应用生物信息学和群体遗传学的方法研究MITEs转座子在不同鳞翅目昆虫中的进化和扩增模式。主要结果如下： 1.五种鳞翅目昆虫中MITEs转座子的鉴定,含量和特征分析 本研究应用MITE-Hunter软件对家蚕、烟草天蛾、小菜蛾、帝王蝶和诗神袖蝶的全基因组进行搜索,并经过一系列人工检索和核对后统...

【文章页数】：60 页

【学位级别】：硕士

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摘要
ABSTRACT
第一章 文献综述
    1.1 转座子的发现
    1.2 转座子的种类与功能
    1.3 MITEs转座子的简介
    1.4 MITEs转座子的鉴定方法
    1.5 鳞翅目转座子的概述
第二章 引言
    2.1 研究背景、目的和意义
        2.1.1 研究背景
        2.1.2 研究日的
        2.1.3 研究意义
    2.2 主要研究内容
    2.3 研究思路和技术路线
        2.3.1 主要研究思路
        2.3.2 技术路线
第三章 五种鳞翅目昆虫中MITEs转座子的鉴定,含量和特征分析
    3.1 数据和软件
    3.2 方法
    3.3 结果与分析
        3.3.1 五种鳞翅目昆虫中MITEs转座子的鉴定
        3.3.2 五种鳞翅目昆虫中MITEs转座子的特征分析和含量
    3.4 讨论
第四章 五种鳞翅目昆虫中MITEs转座子的进化分析
    4.1 方法
    4.2 结果与分析
        4.2.1 五种鳞翅目昆虫中MITEs转座子家族插入时间的估计
        4.2.2 预测五种鳞翅目昆虫中MITEs转座子家族的扩增模式
    4.3 讨论
第五章 全文总结
    5.1 五种鳞翅目昆虫中MITEs转座子的鉴定,含量和特征分析
    5.2 五种鳞翅目昆虫中MITEs转座子的进化分析
第六章 论文创新点
参考文献
在读期间发表论文
致谢



本文编号：3767996