核盘菌病毒多样性及两个新型RNA病毒分子特性分析

发布时间：2017-07-03 19:21

  本文关键词：核盘菌病毒多样性及两个新型RNA病毒分子特性分析

  更多相关文章： 核盘菌 真菌病毒 高通量测序 真菌病毒多样

【摘要】：核盘菌(Sclerotinia sclerotiorum(Lib.)de Bary)是一种重要的植物病原真菌,具有广泛的地理分布和多样化的寄主范围。真菌病毒可以引起植物病原真菌的弱毒特性,具有防治植物真菌病害的潜力。核盘菌中存在丰富的病毒资源,利用弱毒相关病毒防治核盘菌,是菌核病新的潜在生物防治策略之一。本研究通过筛选核盘菌异常菌株,利用高通量测序等技术对核盘菌携带病毒多样性进行分析,获得了以下研究结果。对采集自湖南省、黑龙江省和内蒙古自治区的1800份核盘菌菌核进行纯培养,筛选获得菌落形态异常的菌株125株。生物学测定结果显示筛选的大部分菌株生长速度缓慢,致病力出现不同程度的衰退。高通量测序分析表明125株异常菌株中携带的病毒种类丰富,且多数为未曾报道或分类地位不确定的新病毒。病毒核酸类型有正单链RNA(+ssRNA)病毒、负单链RNA(-ssRNA)病毒、双链RNA(dsRNA)病毒、单链DNA(ss DNA)病毒,其中ss RNA病毒占80%,dsRNA病毒占18%。除裸露病毒科病毒外,共获得78个病毒单一序列信息,隶属于19个已知病毒科和未分类病毒科。菌株230气生菌丝发达,不产生菌核,油菜叶片上不形成病斑,是一株典型弱毒菌株。从中发现了一个新的多股负义链RNA病毒,命名为Sclerotinia sclerotiorum Mirafiore lettuce virus like(SsMi LV)。SsMi LV-RNA1基因组为7832 nt,包含两个推定的开放阅读框(open reading frame,ORF),ORF2编码一个分子量为269KD的假定蛋白,该假定蛋白具有RdRp保守结构域。系统发育分析表明该病毒是蛇形病毒科的新成员,但在遗传进化上与已报道的蛇形病毒科(Ophioviridae)病毒存在一定遗传距离,与真菌立枯丝核菌中发现的真菌病毒聚成一簇。据此研究结果,建议将蛇形病毒科分成两个不同的属,一个寄主为植物,另一个寄主为真菌,以便更好地区分不同病毒的特点。弱毒菌株767生长速度缓慢,产生黄色色素,不形成菌核,致病力丧失。初步研究发现菌株767含有一种新型RNA病毒,命名为Sclerotinia sclerotiorum Norovirus(SsNorV),其RdRp与Bat norovirus具有24%相似性。SsNorV的基因组为11024 nt,编码两个ORF,含有一个RdRp保守结构域。系统发育分析显示该病毒与星状病毒科聚成一簇,但独立形成一支,建议以该病毒为模式种建立一个新的病毒属。SsMiLV和SsNorV可以通过菌丝接触进行水平传播,但SsMiLV仅可以传播到菌株1980中,且传播效率很低仅为5%;而SsNorV可以传播至Ep-1PNA367和1980中,且传播效率较高为75%。
【关键词】：核盘菌 真菌病毒 高通量测序 真菌病毒多样
【学位授予单位】：华中农业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：S432.44;S476
【目录】：

• 摘要7-9
• Abstract9-11
• 缩略词表11-12
• 第一章 文献综述12-25
• 1 核盘菌危害及防治12-14
• 1.1 核盘菌与菌核病12
• 1.2 作物菌核病的防治12-14
• 2 真菌病毒的研究进展14-24
• 2.1 真菌病毒的分类14-19
• 2.1.1 真菌双链RNA病毒概述14-16
• 2.1.2 真菌正单链RNA病毒概述16-18
• 2.1.3 真菌负单链RNA病毒18
• 2.1.4 真菌DNA病毒18-19
• 2.1.5 未分类病毒19
• 2.2 核盘菌中已报道的病毒19-22
• 2.3 高通量测序技术与病毒资源挖掘22
• 2.4 蛇形病毒科22
• 2.5 真菌病毒与寄主互作22-23
• 2.6 真菌病毒与生物防治23-24
• 3 本研究的目的与意义24-25
• 第二章 核盘菌病毒多样性分析25-40
• 1 材料与方法25-27
• 1.1 材料和培养基25-26
• 1.1.1 材料25
• 1.1.2 培养基25
• 1.1.3 供试植物25-26
• 1.2 方法26-27
• 1.2.1 核盘菌菌株的分离26
• 1.2.2 菌落形态观察26
• 1.2.3 生长速度测定26
• 1.2.4 致病力测定26
• 1.2.5 菌株总RNA的提取26-27
• 1.2.6 高通量测序27
• 1.2.7 序列分析27
• 2．结果与分析27-38
• 2.1 异常菌株筛选及菌落形态27-29
• 2.2 生长速度测定29
• 2.3 致病力测定29-30
• 2.4. 菌株总RNA提取及质量检测30-31
• 2.5 高通量测序结果分析31-38
• 3. 讨论38-40
• 第三章 核盘菌菌株230中真菌病毒的全长cDNA克隆及生物学特性研究40-53
• 1 材料与方法40-45
• 1.1 材料40-42
• 1.1.1 菌株40
• 1.1.2 培养基40-41
• 1.1.3 试剂及药品41-42
• 1.1.4 载体与引物42
• 1.1.5 仪器与设备42
• 1.2 方法42-45
• 1.2.1 菌丝培养和收集42
• 1.2.2 菌株230中dsRNA的提取42-43
• 1.2.3 菌株230总RNA提取及反转录43
• 1.2.4 病毒的cDNA序列克隆策略43-45
• 1.2.5 序列拼接及分析45
• 1.2.6 病毒在不同菌株间的水平传播45
• 2 结果与分析45-51
• 2.1 菌株230中含有负单链RNA病毒45-46
• 2.2 菌株230菌落异常46
• 2.3 菌株230生长缓慢46
• 2.4 致病力测定46-47
• 2.5 SsMiLV全长cDNA克隆与序列分析47-50
• 2.6 SsMiLV的水平传播特性50-51
• 3 结论与讨论51-53
• 第四章 核盘菌菌株767中真菌病毒的全长cDNA克隆及生物学特性研究53-61
• 1.材料与方法53-54
• 1.1 材料53
• 1.1.1 菌株53
• 1.2 方法53-54
• 1.2.1 菌丝培养和收集53
• 1.2.2 菌株767中dsRNA的提取53
• 1.2.3 菌株767总RNA提取及反转录53
• 1.2.4 病毒的cDNA序列克隆策略53
• 1.2.5 序列拼接及分析53-54
• 1.2.6 病毒在不同菌株间的水平传播54
• 2.结果与分析54-59
• 2.1 菌株767中含有新型RNA病毒54-55
• 2.2 菌株767菌落异常55
• 2.3 菌株767生长缓慢55
• 2.4 致病力测定55-56
• 2.5 SsNorV全长cDNA克隆与序列分析56-59
• 2.6 SsNorV的水平传播特性59
• 3.讨论59-61
• 结论与展望61-63
• 1 结论61-62
• 2 前景与展望62-63
• 附录63-65
• 参考文献65-74
• 致谢74

【相似文献】

中国期刊全文数据库 前10条

1 邓俊花;林祥梅;吴绍强;;假病毒在RNA病毒检测中的应用研究进展[J];中国动物检疫;2009年11期

2 王煜;张七斤;;RNA病毒反向遗传学的研究方法和应用[J];畜牧兽医科技信息;2008年04期

3 钱淑凤;郝玉兰;郑翠玲;;RNA病毒感染性分子克隆的研究[J];中国畜牧兽医;2008年09期

4 李晓成,张燕霞,普淑英,杨承谕,马洪超,陈忠国,孟广校,梁成珠,卢晓中,周维翰,苏培元;从原野库蠓中分离到一株RNA病毒[J];动物检疫;1994年01期

5 温和心;龙英全;蒋荣华;盘宝进;;RNA病毒质控物研究进展[J];动物医学进展;2013年01期

6 周艳;郑海红;袁世山;;RNA病毒的重组机制及其研究进展[J];中国动物传染病学报;2011年06期

7 薛强,仇华吉,童光志;RNA病毒的反向遗传学[J];生物技术通报;2001年04期

8 ;研究发现RNA病毒逃逸机体天然免疫的机理[J];中国家禽;2013年05期

9 何爱华,林光宇,郭永建,关家荣;在猪肠内容物中发现双节RNA病毒感染[J];中国人兽共患病杂志;2003年05期

10 刘杰垣;李健强;;-RNA病毒类的病原性与复制[J];国外兽医学.畜禽疾病;1981年01期

中国重要会议论文全文数据库 前2条

1 鲁会军;韩松;徐一鸣;金宁一;;反向遗传学技术及在其RNA病毒研究中的应用[A];第六届全国会员代表大学暨第11次学术研讨会论文集（上）[C];2005年

2 路斌;袁秀芳;徐丽华;李军星;王一成;;猪主要RNA病毒病多重二温式RT-PCR检测方法的建立及初步应用[A];中国畜牧兽医学会动物传染病学分会第四次猪病防控学术研讨会论文集[C];2010年

中国重要报纸全文数据库 前1条

1 记者 谭嘉;RNA病毒逃过机体免疫“伎俩”被识破[N];健康报;2013年

中国博士学位论文全文数据库 前1条

1 王夏琼;RNA病毒活化NLRP3炎症小体的机制研究[D];中国科学技术大学;2016年

中国硕士学位论文全文数据库 前4条

1 李波;核盘菌弱毒菌株SX276生物学特性及其携带RNA病毒的研究[D];华中农业大学;2016年

2 郑丹;核盘菌病毒多样性及两个新型RNA病毒分子特性分析[D];华中农业大学;2016年

3 滕飞;核盘菌弱毒相关RNA病毒（SsDRV）感染雪腐核盘菌的初步研究[D];华中农业大学;2008年

4 沈辉;一种类水生双RNA病毒的分离与文蛤细胞病理变化研究[D];南京师范大学;2007年

  本文关键词：核盘菌病毒多样性及两个新型RNA病毒分子特性分析

  更多相关文章： 核盘菌 真菌病毒 高通量测序 真菌病毒多样

，

本文编号：514907